협력단에게 공급하고 계약서상에 표시된 계약금액에 부가가치세가 포함 여부

○○세무서장이 청구인에게 1999.06.11. 결저고지한 1998년 2기분 부가가치세 812,290원은, 청구인이 ○○협력단에 공급한 거래금액 68,733,000원의 110분의 100에 해당하는 금액을 과세표준으로하여 경정한다.

청구법인은 ○○협력단(이하 “협력단” 이라 한다)과 맺은 물품공급계약서(이하 “쟁점계약서” 라 한다)에 의하여 1998.12.14.부터 1998.12.31.까지 8회에 걸펴 68,733,000원의 물품(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 공급하고 각각의 계약금액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 세액을 제외한 공급가액에 대하여 세금계산서를 발행하고 동 공급가액을 과세표준으로 하여 1998.2기 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 협력단과 맫은 쟁점계약서상의 계약금액은 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것으로 보아 동 계약금액 전체인 68,733,000원을 부가가치세 과새표준으로 경정하여 부가가치세 812,290원을 1999.06.11. 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.09.02. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인이 협력단과 맺은 쟁점계약서상에는 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지에 대해 별도의 언급이 없으나 실질적으로 부가가치세를 포함한 가액으로 계약한 것이므로 처분청이 본건 계약서상의 계약금액에 부가가치세가 포함되지 않은 것으로 보아 부가가치세 과세표준을 경정결정한 처분은 부당하다.

청구법인이 협력단과 맺은 쟁점계약서상에 부가가치세에 대한 별도의 약정이 없으므로 청구법인이 협력단에게 재화를 공급하고 받기로 한 계약금액을 부가가치세 과세표준으로하여 경정결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 협력단에게 공급한 쟁점물품에 대한 쟁점계약서상에 표시된 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 제1항 에서 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액” 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 받는 경우에는 그 대가

2. 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가』라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제48조 제1항에서는 『법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.』라고 규정하고 있으며 같은법 기본통칙 13-48-1 【세액이 별도 표시되지 아니한 경우의 과세표준 및 세액계산】 에서는 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다.”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 이 건 사실관계를 보면, 처분청은 청구법인이 면세사업자인 협력단에 대외무상원조 공여물품을 공급하는 행위가 부가가치세법상 영세율이 적용되지 않음에도 부당하게 영세율을 적용하였는지에 대해 조사하였으나 청구법인은 동 행위에 대해 영세율을 적용하지 않고 다만, 계약금액을 공급대가로 보아 계약금액에서 부가가치세를 제외한 공급가액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며, 처분청이 이를 부인하였음을 알 수 있다. 청구법인은 비영리사업자인 협력단이 대외무상원조를 위해 발주한 물품을 물품공급계약에 의거 협력단이 지정한 장소로 공급하여 왔으며, 계약서별로 각각 품명, 수량, 단가, 금액 및 납품조건 등을 명시하고 있으나 위 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지, 아니면 부가가치세를 별도로 하는지에 대해서는 특별히 언급되어 있지 않으며 다만, ‘본 계약서에 명시되지 않은 사항에 대해서는 관계법령 및 일반 상관례에 따라 상호 협의하여 결정한다.’라는 조항이 있을 뿐임을 알 수 있다. 일반적으로 거래당사자간에 재화 또는 용역에 대한 공급계약을 할 때에는 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부를 명시하는 것이 보통이나 쟁점계약서에는 이 부분에 대해 별도의 언급이 없고, 처분청의 조사서에도 본 건 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지에 대한 구체적인 언급이 없이 ‘공급대가로 신고한 금액’ 으로만 기재되어 있음이 확인된다. 그렇다면, 청구법인이 협력단과 맺은 쟁점계약서상의 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 명시되어 있지 않고 처분청의 조사내용에 의해서도 위 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지의 확인이 명백히 인정되지 않는 이건의 경우 전시한 부가가치세법 기본통칙의 규정에 의거 거래금액에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아야 할 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 쟁점계약서상에 계약금액에 부가가치세가 포함되어 있는지에 대한 별도의 약정이 없이 재화를 공급하고 계약금액대로 대가를 수령한 데 대해 처분청이 수령한 금액을 공급가액으로 보아 이 건 부가가치세의 과세표준으로하여 경정결정한 처분은 법령을 적용함에 있어 오류를 범하였다고 판단된다. 이상과 같이 심리한 바 이건 심사청구는 청구주장에 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제695조 제1항 제3호 에 의거 주문과 같이 결정합니다.