폐업일 이후에 세금계산서를 발행한 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.07.02 청구법인에게 결정고지한 199년 1기분 부가가치세 10,109,450원의 처분에 대하여,

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 지상 공장건물(무허가 건물포함) 1,811.05㎡ 및 기계장치 매입에 대한 공급가액을 222,235,524원으로 하여, 이에 대한 매입세액 22,223,552원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 2필지 공장용지 2,642㎡, 공장건물 2,350.08㎡,기계기구 4대(이하“쟁점건물 및 기계장치”라 한다)에 대하여 청구외 법인으로부터 매입세금계산서 (1999.02.03 공급가액 281,129,916원, 세액 28,112,992원 이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 1999.1기 예정 부가가치세 신고시 매입세액 공제하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점건물 및 기계장치 경락일 현재 폐업자인 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 이건 1999.07.02 매입세액 불공제하고 가산세 8,488,208원을 가산하여 1999.1기 예정분 부가가치세 10,109,450원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 08. 30.이건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 청구외 정영신의 부동산과 청구외법인의 소유인 쟁점건물과 기계장치를 ○○법원으로부터 경락받아 ○○법원에 세금계산서를 발행하여 줄 것을 요청하였으나 거절하자 전소유자인 청구외 법인이 계속사업자로 확인되어 청구외 법인의 소유인 쟁정건물과 기계장치에 대한 쟁정세금계산서를 교부받은 것이 정당함에도 청구외법인의 폐업일 이후에 교부받은 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

청구외법인은 1998.기 확정 부가가치세를 무실적으로 신고하여 사실상 폐업상태이므로 경락일 현재 폐업자로 보아야 하며 청구외법인이 폐업일 이후에 교부한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구외법인이 폐업일 이후에 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부
• 나. 관계법령 부가가치세법 제5조 제4항 에서 『제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단선의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다』 같은법 시행규칙 제6조 【폐업일 기준】 제1항에서 『법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만 “이하생략”』이라고 규정하고 있고 같은조 제2항에서 『폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다” 고 규정하고 있다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액.

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구외 법인이 쟁점건물 소재지에서 프라스틱 제조업으로 1995.07.03 신규 개업하여 사업을 영위하다가 사업부진으로 청구외 정영신 소유의 부동산과 청구외법인소유인 쟁점건물 및 기계장치가 ○○법원에 임의 경매개시(98타경 32228)가 되자, ○○법원에서 청구외 ○○○의 부동산과 청구외법인의 소유인 쟁점건물및기계장치에 대하여 감정평가를 ○○감정평가법인 ○○지사에 의뢰하여 다음과 같이 평가하였으며, 청구법인이 위의 부동산 등을 1998.12.18 경락가액 535,100,000원에 경락받았음이 감정평가서 및 수원지방법원 낙찰허가 결정서에 의거 확인된다. 다음 (단위: 원) 종별 면적 및 수량 평가금액 소유자 비고 공장용지(도로포함) 2,642㎡ 518,292,000

○○○ 기숙사 및 수위실 539.03㎡ 148,673,980

○○○ 소 계 666,965,980 공장건물(미등기건물 포함) 1,811.05㎡ 337,226,000

○○산업(주) 청구외법인소유 기 계 기 구 5대 223,744,000

○○산업(주) 소 계 560,970,000 합 계 1,227,935,980

(2) 청구외법인의 소유인 쟁점건물 및 기계장치에 대한 세금계산서를 발행함에 있어 양도가액(경락가액) 535,100,000원을 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 제3호의 규정에 의거 위 감정평가액의 비율로 안분계산하여 청구외법인의 소유분인 쟁점건물 및 기계기구에 대한 쟁점세금계산서를 청구외법인이 청구법인을 공급받는자로 하여 1999.02.03 발행하였으며, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받아 1999.1기 예정부가가치세 신고시 매입세액공제 신고하였음이 신고서에 의거 확인된다.

(3) 처분청은 청구외법인이 1998.2기 확정 부가가치세 신고시 무실적으로 신고하여 사실상 폐업상태이므로 경락일 현재 폐업자로 보아야 하며 폐업일 이후 교부한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분에 대하여, 청구법인은 청구외법인이 계속사업자로 확인되어 쟁점세금계산서를 교부받은 것이 정당함에도 이건 매입세액 불공제한 처분은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구외법인의 1998.2기~1999.1기 부가가치세 신고 내용을 보면, 청구외법인은 1998.2기 예정 부가가치세 신고시 공급가액 43.080천원으로 신고하였고, 1998.2기 확정부가가치세 신고시 실적이 없는 것으로 신고하였으며 1999.1기 예정부가가치세 신고시 공급가액 332,052천원, 매입가액 27,172천원으로 신고하였음이 부가가치세 신고서에 의거 확인된다. 둘째, 청구외법인이 폐업일자를 1999.05.31로하여 폐업신고하였고 처분청에서도 청구외법인이 1999.05.31 폐업한 것으로 처리하였음에도 처분청은 실지폐업 여부에 대한 조사없이 청구외 법인의 소유인 쟁점건물 및 기계장치가 경매진행중에 있고 1998.2기 확정 부가가치세 신고시 실적이 없다는 이유만으로 막연히 1998.2기 예정일 이후에는 사실상 폐업상태이므로 경락일 현재 폐업자로 보았으나, 이는 사실 조사를 소홀히 한점이 인정된다. 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 부가가치세법 제5조 제4항 에서는 등록한 사업자가 폐업하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 정부에 신고하도록 규정하고, 동법 시행규칙 제6조 제1항에서는 폐업일의 기준을 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 정의하고 있고, 제2항에서는 폐업한 때가 명백하지아니한 경우에는 폐업신고서의 접수일을 폐업일로 규정하고 있는바, 부가가치세법상 1차적으로 사업자에게 폐업신고의무를 부여한 점과 청구외법인의 사업장이 경매가 진행중에도 1998.7~9월에도 사업을 영위하여 부가가치세 신고한 점, 1999년 1기예정 기간중에는 쟁점세금계산서 발행한 것 외에도 6개 거래업체에 14장의 매출세금계산서를 발행하였고, 6개업체로부터 매입세금계산서를 교부받은 점으로 보아 청구외 법인이 쟁점건물 경락일 현재(1998.12.18) 계속사업자에 해당되며 청구외법인이 처분청에 폐업의사를 표시한 1999.05.31을 실지 폐업일로 봄이 타당하다고 판단된다. 한편, 청구외법인의 소유인 쟁점건물 및 기계장치에 대한 과세표준을 계산함에 있어 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 제3호의 규정에 의거 과세표준 안분계산이 정당한지에 대하여 살펴보면, 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 토지가액과 건물가액을 실지거래가액으로 계산함을 원칙으로 하되, 그 토지,건물가액의 구분이 불분명하다고 하더라도 분양가액, 장부가약, 감정가액등이 있는 경우에는 지방세법에 의한 과세시가표준액보다 이들을 우선 적용토록 함으로써 보다 실지 거래가액에 가까운 합리적인 방법으로 안분계산토록 하는데 있는 바,(국심93서1300, 1993.09.11 같은뜻) 이건의 경우 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제3호 규정에 의거 감정평가한 가액으로 인분계산한 것에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 청구외법인은 경락된 건물중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 1필지 지상에 기숙사 및 수위실 연면적 539.03㎡을 청구외법인의 소유로 보아 쟁점건물 및 기계장치에 대한 과세표준을 281,129,916원으로 계산하여 쟁점세금계산서를 발행하였으나, <계산내역: {535,109,000원(경락가액)×청구외법인의 건물 및 기계장치(709,643,980원/감정가액(1,227,935,980원)}×100/110=281,129,916원> 기숙사 및 수위실 면적 539.03㎡이 청구외 ○○○ 소유임이 확인되므로 기숙사 및 수위실 감정가액 148,673,980원을 청구외법인이 소유지분에서 차감하여 쟁점건물 및 기계장치에 대한 안분계산을 하면, 부가가치세 과세표준이 222,235,524원으로 산출되며 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서상 공급가액이 재계산한 공급가액보다 58,894,392원(281,129,916원-222,235,524원)이 높은 가액으로 발행되었음이 확인된다. 그렇다면, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, 세금게산서의 필요적 기재사항 중 일부가 사실과 다른 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입세액공제가 되지 아니하나, 예외적으로 필요적 기재상황중 일부인 공급가액이 사실과 다른 때에는 그 사실과 다른 부분에 대하여만 매입세액을 공제하지 아니한다(국세청 부가 22601-156, 1986.07.31)고 해석하고 있는 바, 이건의 경우 당초 발행한 세금계산서상 공급가액이 정당한 거래가액보다 높은가액으로 발행하였다 하더라도 사실과 다른 부분만 매입세액을 불공제하고 정당한 거래인 쟁점건물 및 기계장치의 부가가치세 과세표준액 222,235,524원을 공급가액으로 하여 동 매입세액 22,223,552원을 공제함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.