축산업자에게의 축산설비 매출의 부가가치세 과세 여부와 공급한 축산설비가 영세율 적용대상인지 여부

처분청은 농어촌 구조개선사업과 관련 축산업자가 청구인으로부터 축사시설등 공사용역을 제공받은 사실에 대해 관할군청등에 제출한 축산시설 등 시공한 비용내역서에 첨부된 영수증등 수집된 자료에 의하여 청구인이 1996.01.05 청구외 이○○에게 착유시설 1조를 20,000,000원(공급대가)에 공급한 사실 및 1997년 05월 청구외 박○○에게 축산시설 등을 25,100,000원(공급대가)에 제공한 사실등이 확인되고, 청구인이 위 매출금액을 신고누락한데 대하여 1999.05.07 청구인에게 1996년 1기분 부가가치세 440,000원 및 1997년 1기분 부가가치세 2,509,990원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.08.05 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 축산기자재를 판매하는 사업자로서 거래처인 축산농민이 구입한 축산설비를 설치만 해주었고, 축산업자의 요구에 의하여 금액기재가 없는 영수증을 교부하였으나, 축산업자가 시설비 전체를 임의기재하여 해당군청등에 제출한 것으로 이를 매출금액으로 보아 신고누락하였다고 부가가치세를 과세함은 부당하며, 청구인이 축산업자에게 공급한 착유기 및 냉각기 설비는 조세감면규제법 제99조에 의하여 부가가치세 영세율 적용대상이므로 영세율을 적용하여 부가가치세를 경정하여야 한다.

축산업자가 관할군청등에 공사비 내역을 제출하면서 공사비에 대한 증빙으로 청구인이 발행한 영수증을 제출하여 이를 기준으로 대출금을 수령한 바 있으며, 위 영수증에 의하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하며, 축산설비 공사대금은 조세감면규제법에 의한 영세율적용대상이 아니므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 축산업자에게 축산설비를 매출하였는 지와 공급한 축산설비가 조세감면규제법 에 의한 영세율 적용대상인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제99조 【부가가치세 영세율의 적용】에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ축산업협동조합법ㆍ엽연초생산협동조합ㆍ 인삼협동조합법 또는 임업협동조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 것 가.~다. (생략)

• 라. 축산인력부족을 보완하고 축산업의 생산성향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있고, 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 시행령 제3조 【농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재의 범위】 제4항에서 “법 제99조 제4호 라목에서 축산업용기자재로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 축산업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 축산업용기자재로서 총리령이 정하는 것을 말한다”라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규정 시행규칙 제2조의 2【축산업용기자재의 범위】에는 “영 제3조 제4항에서 축산업용기자재로서 총리령이 정하는 것이라 함은 별표4의 축산업용 기자재를 말한다”라고 규정하고, 같은 규칙 [별표4] 영세율이 적용되는 축산용기자재 제26조에 ‘착유기’, 제29조에 ‘우유냉각기’를 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 축산업자인 청구외 이○○ 및 박○○가 구입한 축산설비를 설치만 해주고 금액이 기재되지 아니한 영수증을 요구해와 이를 들어주었으나 축산업자가 관할군청 등에 임의로 시설비 전체를 영수증에 기재하여 제출하였다고 주장하면서 축산업자의 확인서를 제시하고 있다.

(1) 국가에서 지원사업인 농어촌 구조개선사업 관련 축산업자가 축산시설 등을 청구인으로부터 제공받았다고 청구인이 발행한 영수증을 해당 군청 등에 제출한 사실이 수집된 자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 축산업자가 영수증에 임의로 금액을 기재하여 관할군청등에 제출하였다고 주장하나, 이에 대해 축산업자를 상대로 사문서위조 및 행사 등으로 다툼이 없는 점, 청구외 이○○ 및 박○○의 확인서상 청구인으로부터 착유기 등을 구입한 사실이 확인되는 점, 축산업자인 청구외 박○○가 일부 작업을 하였다고 하나 청구인이 축산시설을 판매 및 설치를 하는 사업자로서 실질적으로 총괄하여 공급하였다고 판단되는 점으로 보아 축산업자가 임의로 영수증에 금액을 기재하였다고 보기 어렵다 하겠다.

(3) 청구인은 청구외 이○○외 1인에게 축산시설 설치만 해주었을 뿐 축산시설을 판매한 사실이 없다고 주장하나, 청구인이 교부한 영수증 등에 의하여 실제 매출액 45,100,000원임이 확인되는 반면에, 이와 매출금액이 다른 사실에 대해 확인할 수 있는 객관적인 증빙서류(실제계약서, 금융자료등)을 제시하지 못하고 있다. 따라서, 위와 같은 사실에 비추어 볼 때 청구외 이○○외 1인이 농어촌 구조개선사업 관련 축산시설을 하고서 해당 관할군청 등에 청구인으로부터 축산시설을 구입한 사실에 대해 청구인이 발행한 영수증을 제출하였고, 이는 공적서류로서 그 신빙성이 인정되는 바, 처분청에서 청구인이 실질적으로 축산업자에게 축산시설을 판매 및 설치 등을 한 것으로 영수증상 거래금액을 매출로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 할 것이다. 한편, 청구인은 청구외 이○○외 1인에게 공급한 ‘착유기’ 및 ‘냉각기’는 조세감면규제법상 영의 세율이 적용하는 것이므로 이를 적용하여 부가가치세를 경정하여야 한다는 주장이다.

(1) 청구인이 1996년 1기분에 청구외 이○○에게 파이프라인 착유기 1조를 20,000,000원에 공급한 사실과 1997년 1기분에 청구외 박○○에게 파이프라인 착유기 1조 14,000,000원및 냉각기 1조 3,150,000원을 공급한 사실이 처분청에서 수집한 영수증에 의하여 확인된다. 조세감면규제법 제99조 등에 축산용기자재 등에 대한 부가가치세를 영의 세율을 적용토록 규정한 취지는 당해 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 부가가치세를 면제함으로써 축산농가 또는 축산업자의 경제적 부담을 감소시키려 하는 데 있다 할 것인 바, 영세율을 적용받는 재화 또는 용역을 제공한 사람이 완성품을 만들어 제공하든 그 차이는 없다 할 것이므로(같은 뜻, 국심 99구 380호, 1999.09.02) 청구인이 축산업자에게 공급한 착유기 및 냉각기는 조세감면규제법 제99조 및 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 시행규칙 제2의 2 별표4의 축산업용 기자재에 포함되므로 부가가치세 영세율의 적용대상에 해당된다 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구인이 청구외 이○○외 1인에게 공급한 착유기 및 냉각기에 대한 매출금액에 대하여 조세감면규제법에 의한 부가가치세 영세율적용을 배제하여 과세한 이건 처분은 관련법령을 잘못 적용한 것으로 판단된다. 이상과 같이 심리한 바, 이건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.