축산물 분뇨처리시설이 과세사업에 공하여지는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인이 청구외 (유)○○건설외 1인으로부터 축산물 분뇨처리시설(계분창고 및 발효시설기계로 이하 “쟁점시설”이라 한다) 설치에 대한 세금계산서 2매(1997.11.26 35,000,000원, 1997.12.15 127,000,000원)를 교부받아 1997.2기 확정 부가가치세 신고시 매입세액 16,000,000을 매출세액에서 공제하는 것으로 신고하여 1998.2월 부가가치세 16,200,000원을 환급받은데 대해 처분청은 쟁점시설이 과세사업에 공하여지는 시설이 아니고 면세사업에 관련된 시설에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 1997.2기 귀속 부가가치세 17,820,000원을 1999.07.14. 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 08. 06. 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점시설은 유기질비료를 제조판매할 목적으로 시설투자한 고정자산으로, 과세사업에 공하여지는 시설임에도 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 결정고지한 처분은 부당하다.

청구법인은 유기질비료를 직접 제조하는 것이 아니라 쟁점시설에서 면세재화(육계)의 부수재화인 계분을 단순히 저장ㆍ발효만 시킨 상태로 비료제조업체에 공급하는 것으로 쟁점시설을 면세사업에 대한 시설투자로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점시설이 과세사업에 공하여지는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 고 규정하면서 제4호에 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액”』이라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제12조 【면세】에서 『제1항에 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.고 규정하면서, 제1호에 “가공되지 아니한 식료품 (식용에 공하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물을 포함한다)”을 열거하고 있으며, 제3항에 “제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.”』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 본다.

(1) 청구법인은 계란 생산ㆍ판매 및 육추(중닭)사육판매를 하는 사업체로 1997년 정부로부터 축산분뇨처리시설 자금으로 121,600,000원을 지원(보조 및 융자)받아 자부담을 포함하여 178,200,000원 상당의 쟁점시설을 설치하였으며(계분창고 137,700천원, 발효시설기계 38,500천원), 거래상대방으로부터 각각 매입세금계산서를 교부받은 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 1997.11.07. 유기질비료 제조업을 추가하여 사업자등록정정을 처분청에 신청한 후, 쟁점시설을 매입하고 교부받은 세금계산서를 1997.2기 부가가치세 신고시 매입세액이 공제되는 것으로 신고하였음을 알 수 있으나, 실제로 유기질비료를 제조한 사실은 없는 것으로 확인 된다.

(3) 처분청이 쟁점시설의 사용실태를 확인하기 위해 청구법인에 출장하였을 당시 청구법인은 “쟁점시설을 갖추기 이전의 계분상태는 수분과다로 인하여 처리가 곤란하여 용역업체에게 월 100~150만원 상당의 비용을 지불하고 처리하여 왔으며, 쟁점시설 설치 이후에도 1998년도에는 생산되는 계분자체의 수분이 다소 향상되었으나 상품성을 인정받지 못하여 오다가 1999.04월부터 비료생산업체인 ○○공사에 계분을 공급하고 있다.”고 확인하고 있음을 알 수 있다. 관계법령과 사실관계를 종합하여 살펴본다. 전시한 법령에 의거 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함)은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이므로, 쟁점시설이 이에 해당하는 지를 보면 청구법인은 부가가치세가 면세되는 축산업(성계, 육추 등을 사육)을 하는 사업자로 동 사업과 관련하여 필수적으로 발생하는 계분으로 인하여 인근지역의 수질 및 환경이 오염되므로, 이를 방지하기 위해 정부에서 일정액의 자금을 보조 및 융자의 형태로 지원하여 축산분뇨처리시설을 설치하도록 유도함으로써 청구법인이 나머지 시설자금을 부담하여 쟁점시설을 설치한 것으로 미루어 볼 때 쟁점시설은 면세되는 축산업에 필수적으로 부수되는 재화인 계분을 처리하기 위한 시설이라 할 것이므로, 쟁점시설이 과세사업인 유기질 비료를 제조하기 위해 설치한 것이라는 청구법인의 주장은 사실에 부합하지 아니하며, 쟁점시설에 대한 매입세액은 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액에 해당하는 것으로 보아야 할 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 1997.12월 쟁점시설을 설치한 후 청구시점까지도 과세사업인 유기질비료를 제조한 사실이 없고, 다만 처분청이 쟁점시설의 이용실태를 확인한 시점이후인 1999.07월부처 계분을 저장ㆍ발효만 시킨 상태로 타 비료제조업체에 일부 공급한 사실이 확인되는 것으로 보아 쟁점시설이 계분의 생산에 일부 공하여졌다고는 볼 수 있겠으나 청구법인이 생산하는 계분은 별도의 특별한 가공과정을 거친 것이 아니고 단순히 자연발생된 계분을 건조 및 발효만 시킨 상태로서 면세재화인 축산물에 부수되는 재화라고 할 것이므로 쟁점시설이 계분의 생산에 사용되었다 하여 과세사업에 공하여진 것으로 볼 수는 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.