합병기일 전에 매입한 거래를 사업의 양수로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 청구법인에게 1999. 05. 15 경정 고지한 1998년 2기분 부가가치세 121,561,250원은 청구법인이 1998. 08. 24 청구외 (주)○○로부터 수취한 매입세금계산서의 매입세액 109,466,335원을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것으로하여 이를 경정한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 의료 제조업과 부동산 임대업을 영위하는 지점법인으로 ○○구 ○○동 ○○번지에서 유아용 도서 및 잡지출판업과 고속도로휴게소업을 영위하는 (주)○○(이하 “본점법인”이라 한다)와 합병예정인 청구외 (주)○○(이하 “피합병법인”이라 한다)로부터 면저지라이크라 등 원자재를 구입하고 작성일자를 1998.08.24로, 공급가액을 1,094,663,345원으로한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 1998.2기 예정분 부가가치세 신고시 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구법인과 피합병법인과의 거래는 부가가치세법 제6조 제6항 에 의한 사업의 양도에 해당하고, 사업의 양도는 재화의 공급으로 보지 하니한다는 규정에 의하여 1999.05.15 쟁점 세금계산서의 매입세액을 불공제하고 1998.2기분 부가가치세 121,561,250원을 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.06.11 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점 세금계산서와 관련된 원자재 구입거래는 합병계약과 관련이 없는 별도의 거래로 사업의 양도에 해당하지 아니하고, 사업의 양도에 해당한다 하더라도 이를 규정한 세법조항의 본래 취지로 볼 때 부가가치세를 거래징수하고 적법하게 신고 납부하였다면 재화의 공급에 해당하므로 당초 처분을 취소하여야 한다.

사업의 양도ㆍ양수 계약이 사업장내의 시설물, 비품, 재고상품, 건물 및 대지 등 대상목적에 따라 부분별, 시차별로 별도로 이루어졌다 하더라도 결과적으로 사회통념상 사업전부에 관하여 행하여진 것이라면 사업의 양도ㆍ양수에 해당되는 것이므로(국세기본법 기본통칙 4-2-24...41), 합병계약에 의하여 합병이 진행되는 과정에서 피합병 법인의 재고자산을 양수한 것은 재화의 공급이 아닌 사업의 양도에 해당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 피합병법인의 원재료를 합병기일 이전에 매입한 거래를 사업의 양도로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 있는지 그 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】제1항과 제6항에서 『①재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다』라고 규정하고 있고, 『⑥재화를 담보로 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다(1998.12.28 개정 전)』라고 규정하고 있으며 같은법 시행령 제14조 【재화공급의 범위】에서 『법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 현금판매ㆍ외상판매ㆍ할부판매ㆍ장기할부판매 조건부 및 기한부 판매ㆍ위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것』이라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제17조 【담보제공과 사업양도】 제2항(1998.12.31 개정 전)에서 『②법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다.

(1) 처분청은 청구법인이 피합병법인으로부터 원재료를 구입하고 쟁점 세금계산서를 수취한 거래는 부분별로 사업을 양도ㆍ양수한 경우에 해당하고, 사업의 양도는 재하의 공급으로 보지 않는 것이라는 관계법령의 규정에 의하여 쟁점 세금계산서의 매입세액을 불공제 하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 원재료 매매거래 당시 피합병법인의 사업에 대한 권리와 의무가 본점법인으로 승계되지 아니하였고, 사업의 양도에 관한 계약을 체결한 사실이 없으며, 쟁점 세금계산서는 합병계약과는 별도의 매매계약에 따라 원재료를 구입하고 대금을 지급한 것이므로 합병계약에 포함된 거래로 볼 수 없으며 합병기일 전에는 피합병법인 명의로 거래를 할 수 있는 것이고, 또한 실제 거래도 발생하였으므로 당초 처분은 취소하여야 하며, 설령, 사업의 양도에 해당된다 하더라도 청구법인이 자금부담을 무릅쓰고 부가가치세 과세거래로 처리하여 세금계산서를 수수한 경우에는 이를 재화의 공급으로 보는 것이 사업의 양도를 규정한 세법조항의 합목적성에 부합되는 것이므로 처분청의 매입세액 불공제 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 사실관계와 관계법령을 종합하여 살펴본다. 먼저 본점법인과 피합병법인의 원재료 매매거래가 사업의 양도에 해당하는지 본다.

(1) 본점법인과 피합병법인은 1998.04.30 다음의 <표>와 같은 내용의 합병계약을 체결하였고, 1998.06.20 본점법인의 임시주주총회에서 합병계약을 승인하였으며, 1998.06.22 합병 및 채권자 이의제출공고, 1998.08.24 채권자 이의제출기간 만료, 1998.08.26 ○○신문에 『합병경과보고』공고(합병보고주주총회에 같음) 등의 절차를 거쳐 본점법인은 합병기일인 1998.08.31 피합병법인 자산, 부채 및 권리의무 일체를 승계하고 같은 날 합병등기를 완료하였다. <표> 합병법인 (주)○○출판사 피합병 법인 (주)○○ 합병기일

1998. 08. 31 인수내용 자산ㆍ부채 및 권리의무 일체 합병대가 본점법인주식 104,146주(ⓐ5,000원) 교부주식 비율 1: 0.95 기타 합병교부주식 총액은 520,730천원이고, 합병기일 등은 합의에 의하여 변경할 수 있음.

(2) 본점법인은 합병기일 전인 1998.08.24 피합병법인의 원재료를 인수하고 쟁점 세금계산서를 수취하였으며 원재료 대금 중 10억원은 1998.08.18에, 잔액 204,124,680원은 1998.08.27에 현금으로 지급하였다면 관련 회계전표, 입금표, 지출결의서 등의 사본을 제시하고 있고, 이 거래와 관련하여 본점법인과 피합병법인은 별도의 원재료 매매계약을 체결 (1998.08.18)하였다.

(3) 피합병법인은 1998.2기 과세기간 개시일부터 합병등기일까지 이 건 원재료 매매거래를 포함하여 총 5,017백만원의 제품매출액이 발생하였고 2,269백만원의 매입거래가 있었는 바, 피합병법인은 합병계약을 체결한 이후에도 합병기일까지는 계속하여 사업을 영위할 수 있는 것이고 합병당사자 간에도 거래할 수 있는 것이므로 이 건 원재료 매매거래는 일반적인 상거래로 보는 것이 타당하다고 할 것이며, 처분청이 쟁점 세금계산서와 관련한 원재료 매매거래가 특수관계자간의 거래로 부당행위계산부인 규정의 적용대상인지 그 여부를 조사하는 것은 별론이다. 한편, 관계법령에서 “사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있고, 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 않는 관계법령의 취지에 대하여 대법원 판례(대법원 82누 86, 1983.06.28)에서 “사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하는 취지는 사업의 양도는 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만아니라, 사업의 양도는 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이와같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업의 양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 피하여야 한다는 조제 내지 경제정책상의 배려에 연유한다 할 것이다”라고 판시하였다. 그러므로 사업 양도자가 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 않는다는 조세 내지 경제정책상의 배려에도 불구하고 사업의 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부한 후 이에 대한 부가가치세를 신고납부하였다면 사업양수자의 매입세액은 사업 양수장의 매출세액에서 공제되어야 할 것인 바, 피합병법인은 1998.07.01~1998.08.31까지를 과세기간으로하는 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서의 공급가액을 당해 과세기간의 매출과세표준에 포함하여 신고 납부한 사실이 부가가치세 신고서와 매출처별세금계산서합계표 및 부가가치세 납부 영수증(납부세액 277,486,250원)에 의하여 확인되고, 총괄납부승인(승인번호 2140025)을 받은 본점법인의 지점인 청구법인이 쟁점 세금계산서를 수취하고 쟁점 세금계산서의 매입세액을 1998.2기 예정분 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제한 것은 적법한 신고라고 할 것이므로 쟁점 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.