면세사업자 등록번호로 교부받은 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○지구 재건축조합(이하“주택조합”이라 한다)은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에 불량주택 재건축을 위하여 1993.11.16 ○○개발(주)와 재건축 공사도급계약을 체결하고 부가가치세 면세사업자로 1994.08.01 사업자등록(000-00-00000)하여 아파트 98세대 및 상가 4개를 신축 분양하고 부가가치세를 무신고하였다. 처분청은 부가가치세 과세 대상인 국민주택규모 이상의 아파트 18세대 및 상가 분양 4개분 공급가액 1,605,156,783원(1997.2기 공급가액 1,193,172,730원, 1998.1기 공급가액 412,984,053원)에 대하여 일반과세사업자로 직권등록 시킨 후 부가가치세 과세표준에 산입하여 1999.01.12자 1997.2기분 부가가치세 143,180,720원, 1998.1기분 부가가치세 49,558,080원을 결정 고지하였다. 주택조합은 이에 불복하여 이의신청(1999.02.09접수, 1999.03.18결정통지)를 거쳐 1999.06.08 심사청구를 제기하였다.

국민주택규모 이상 아파트 18세대와 상가분양분 4개를 과세사업자로 보아 과세함에 있어 처분청에서 일방적으로 면세사업자 등록번호를 일반과세사업자 등록번호로 직권경정하여 과세사업으로 과세하였다면 이건 과세사업 건물신축과 관련된 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이다.

주택조합이 조합아파트를 신축하기 위하여 면세사업자로 사업자등록을 신청하였으므로 면세사업자로 사업자등록증을 발급한 것은 정당하며, 부가가치세 면세되는 사업자로 등록한 자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 때에는 부가가치세를 제5조 제1항의 규정에 의하여 과세사업자에 대한 사업자등록을 하여야 하며 등록하기 이전의 매입세액은 공제하지 아니하므로(부가22601-1551, 1992.10.14) 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 면세사업등록증을 교부받은 후 부가가치세 과세되는 사업을 영위하는 경우에 면세사업자 등록번호로 교부받은 매입세액을 공제할 수 있는지 여부.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에는 『법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정되어 있고, 같은법 제5조 제1항에는 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다.』라고 규정되어 있으며, 제6항에서 『정부는 필요하다고 인정되는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신.교부할 수 있다』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제7조 제4항에서 “사업자가 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하지 아니하는 경우에는 관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 이건 사실관계를 살펴본다. (1)재건축조합은 노후불량주택을 재건축할 목적으로 1989.11.05 재건축조합 설립 인가를 받고 1993.11.06 ○○건설(주)와 재건축 공사도급계약을 체결하여 1997.06.01 214세대(24평형：18세대, 25평형 92세대,32평형 86세대, 40평형 18세대)가 완공되어 116세대는 조합원이 입주하였고 나머지 98세대는 일반 분양하였으며, 상가 10개중 4개는 일반분양 되었음이 관계서류에 의거 확인된다. (2)조택조합은 영세민들이 주거환경개선을 위한 주택 재건축 사업이 면세사업으로 알고 처분청에 면세사업자 등록신청하여 1994.05.01 면세사업자등록증(000-00-00000)을 교부받은 후 시공업체인 ○○건설(주)에 공사대금을 지급하고 ○○건설(주)로부터 1996.12.20 공급가액 7,500,000천원, 1997.07.22 공급가액 3,086,282천원의 계산서를 각각 교부 받았으며, 1997.07.22자 공급가액 1,845,817천원, 세액 184,581천원(이하“쟁점세금계산서”라 한다)의 세금계산서를 교부받은 후 사업장 관할 세무서에 신고하지 않았음이 확인된다. (3)일반분양한 아파트 96세대중 국민주택규모 이상 아파트 18세대(40평형)을 1997.02기중에 14세대를 분양하고 건물분에 대한 공급가액 1,193,174천원, 세액 119,317천원, 1998.1기중에 4세대를 분양하고 건물분에 대한 공급가액 341,140천원, 세액 34,114천원과 1998.02.14 상가 4개를 228,760천원에 분양하고 건물분에 대한 공급가액 71,843천원, 세액 7,84천원을 신고하지 않아 부가가치세를 과세하였음이 관련서류에 의거 확인된다. 일반분양된 주택중 국민주택규모 이상 아파트와 상가분양은 부가가치세가 과세된다는 사실에 대하여는 주택조합과 처분청간에 다툼이 없으나, 국민주택규모 이상아파트와 상가에 관련된 공사비에 대하여는 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴보면, 부가가치세법상 등록이란 면세사업자로 등록한 것은 이에 해당하지 아니하고 부가가치세 과세사업자로 등록하는 것으로 판결(대법원 96누 8492,1995.11.07)하고 있고, 소득세법에 의하여 면세사업자로 등록한 사업자가 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니하고 과세사업에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에 규정하는 등록전 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니한다고 해석(부가 46015-1889,1997.08.12)하고 있는바 이건의 경우, 주택조합과 ○○건설(주) 사이에 체결한 약정서에서는 국민주택 규모이하 아파트와 국민주택규모 이상 아파트 및 상가를 신축한다고 약정되어 있어 과세 사업과 면세사업을 겸업하였음을 알 수 있고, 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우에는 과세사업자로 사업자등록증을 교부받아야 함에도 주택조합은 주택 재건축 사업을 면세사업자로 사업자등록증을 신청하여 면세사업자등록증을 교부받은 것은 주택조합의 잘못이며, 또한, 과세사업과 관련 사업자등록증을 일반과세사업자로 정정하지 아니하고 당초 발급받은 면세사업자 등록번호로 과세사업에 관련된 매입세금계산서를 교부받았으므로 이는 등록전 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니한다고 하겠다. 그렇다면, 쟁점세금계산서를 등록전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분청의 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.