세금계산서 과다발행금액이 부가가치세 및 법인세 과세표준의 차감대상인지 여부

○○세무서장이 1999.03.25 청구인에게 결정고지한 1996.2기분 부가가치세 6,353,610원, 1997.1기분 부가가치세 7,960,620원, 1997.2기분 부가가치세9,620,250원, 1998.1기분 부가가치세 34,902,320원, 및 1996사업연도분 법인세 594,570원, 1997사업연도분 법인세 1,700,150원, 합계 60,771,520원의 부과처분은 1996.2기~1998.1기까지의 세금계산서 과다발행금액으로 가산세를 적응한 공급가액 154,405,000원에 대한 위장매출 및 가공매출 여부와 1998.1기분 매출누락금액중 공급가액 91,6713,000원이 중복하여 적응되었는지 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 이를 경정합니다.

처분청은 1998.10월 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 청구법인에 대하여 1996.2기부터 1998.1기까지 경정조사를 실시하여 1999.03.25 부가가치세 4건58,476,800원 및 1996사업연도 법인세 594,570원, 1997사업연도 법인세 1,700,150원, 합계 60,771,520원을 경정고지 하였다. ※ 부가가치세 경정 내역 (단위: 원) 구분 1996.2기 1997.1기 1997.2기 1998.1기 합 계 매출금액 신고금액 637,073,916 625,203,278 742,589,147 468,190,735 2,473,057,076 적출 과세 표준 매입기장누락분매출환산금액 25,875,000 43,703,000 30,262,000 149,554,000 349,394,000 매출기장누락금액 0 0 0 91,673,000 91,673,000 소계 25,875,000 43,703,000 30,262,000 241,227,000 341,067,000 매출과세표준합계 662,948,916 668,906,278 772,851,147 709,417,735 2,814,124,076 가산세 세금계산서과다발행 공급가액 51,220,000 54,827,000 39,238,000 36,120,000 154,405,000 가산세 1,084,400 496,540 784,760 722,400 3,088,100 세금계산서미발행 공급가액 95,273,000 89,133,000 227,067,000 141,016,000 552,489,000 가산세 1,905,460 1,782,660 4,541,340 2,820,320 11,049,780 매출누락분세금계산서미발행 공급가액 25,875,000 43,703,000 30,262,000 241,227,000 341,067,000 가산세 517,500 874,060 605,240 4,824,540 6,821,340 신고ㆍ납부불성실 258,750 437,000 302,628 2,412,278 24,369,876 가산세합계 3,766,110 3,590,260 6,233,968 10,779,538 24,369,876 고지세액 6,353,615 7,960,620 9,260,250 34,902,323 28,476,808 청구법인은 이에 불복하여 1999.05.11 이건 심사청구를 제기하였다.

(1) 1996.2기~1998.1기까지의 세금계산서 과다발행금액 154,405,000원(이하 “쟁점1금액” 이라 한다)은 부가가치세 과세표준에서 차감하여야 하고, 법인세 과세표준에서도 차감하여야 한다.

(2) 1998.1기분 매출누락금액 중 91,673,000원(이하 “쟁점2금액” 이라 한다)은 매출기장누락금액 91,673,000원과 매입누락금액을 부가율로 환산한 매출누락금액 149,554,000원에 중복하여 부가가치세 과세표준에 산입되었으므로 이를 차감하여 야 한다.

청구주장(1)에 대하여, 쟁점1금액은 세금계산서를 가공으로 발행한 금액이 아닌 위장으로 발행한 금액으로서 부가가치세 및 법인세 과세표준에 포함되어야하는바, 당초 처분은 정당하고, 청구주장(2)에 대하여, 쟁점2금액은 청구법인의 매입기장분 중 순매출누락금액이며, 처음부터 매입기장을 누락한 금액을 부가율로 환산한 매출누락 금액인149,554,000원과는 별도의 금액이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 처분청이 쟁점1금액을 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하지 아니한 처분이 정당한지 여부와 쟁점2금액이 매출누락금액에 중복하여적용되었는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제21조 【경정】 제1항에서는 “사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때.

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때.

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때“라고 규정하고 있으며 같은조 제2항에는 “사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령이 정하는 바에 의하여 추계경할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모ㆍ종업원수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량ㆍ동력사용량 기타의 조업현황에 비추어 허위임이 명백한 때“ 라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 청구주장(1)에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점1금액이 처분청의 조사시 세금계산서 과다발행 금액으로서 가산세를 적용받은 금액으로 부가가치세 과세표준 및 법인세 과세표준에서 차감하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은 쟁점1금액이 세금계산서를 가공으로 발행한 금액이 아닌 위장으로 발행한 금액이므로 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하지 아니하였다. 살피건대, 처분청이 쟁점1금액을 세금계산서 과다발행 금액으로 보아 가산세를 적용한 사실은 처분청의 경정결의서 및 조사복명서에 의하여 확인이 되고, 다툼이 없는 사실이나, 처분청은 동 금액이 세금계산서를 가공발행한 금액이 아닌 위장발행한금액으로 보아 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하지 아니하였는바, 청구법인 주장대로 쟁점1금액을 세금계산서 가공발행금액으로 보아 법인세 과세표준에서 차감하면, 청구법인의 1996사업연도분 소득금액은 신고시 46,946,843원이나 7,273,157원의 결손이 발생하게 되고, 1997사업연도분 소득금액은 신고시53,011,372원이나 11,053,628원의 결손이 발생하게 된다. 또한, 청구인이 이건 심사청구서에서 부가가치세를 신고할 때마다 매입액 전액을 매출로 계상하여 신고하였다고 하였으나, 동 금액을 부가가치세 과세표준에서차감하면, 1996.2기분은 매출금액이 608,728천원으로서 같은기간 매입금액 610,227천원보다 오히려 1,499천원이 부족하게 되고, 1996.2기분~1998.1기분 평균부가율이7%로서 동업종의 전국평균부가율 20.6%보다 낮게 된다. 한편, 처분청이 제시한 조사복명서 및 거래처별 매출내역서를 보면, 일부 업체에는 세금계산서를 과소발행하고, 일부 업체에는 세금계산서를 과다발행하였다는 내용 뿐이며, 청구법인이 어떤 거래처에, 얼마의 제품을 매출하고, 어떤 거래처에세금계산서를 위장으로 발행했는지에 대한 구체적인 조사내용을 알 수 없다. 위 확인된 사실을 종합하여 보면, 쟁점1금액은 청구법인이 세금계산서를 가공으로 발행한 금액인지, 위장으로 발행한 금액인지에 대한 사실이 확인되지 아니하므로 처분청은 이에 대하여 재조사한 후, 확인된 사실에 따라 부가가치세 및 법인세를 경정함이 타당한 것으로 판단된다. 다음으로 청구주장(2)에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점2금액이 청구인이 신고한 매입금액 중 1998.1기에 순수하게 매출누락금액으로, 같은기간 매입누락금액 131,649천원을 당해업체의 부가율로 환산한 매출누락금액 149,554천원과는 다른 금액으로 보았으나, 청구법인은 쟁점2금액이 이미 부가율로 환산한 매출누락금액에 포함되어 있음에도 다시 중복하여 부가가치세 및 세금계산서 미발행 가산세가 적용되었다는 주장이므로 이를 살피면, 처분청과 청구법인은 매입누락 금액을 부가율로 환산한 매출누락금액에 대하여는 다룸이 없으나, 쟁점2금액에 대하여 청구법인은 실제 거래처 등을 밝히지 못하면서 중복되었다는 주장 뿐이고, 처분청이 제시한 조사복명서에 의하면, 청구법인이 보관하고 있는 장부상 매출금액과 신고금액과의 차액인 쟁점2금액과 조사ㆍ확인한 매입누락금려을부가을로 환산한 금액을 합하여 매출누락금액으로 하여 부가가치세를 과세하였음이 확인되나, 쟁점2금액이 매입누락금액을 부가율로 환산한 금액과 중복되지 아니하였는지 확인하기 어렵다. 그렇다면, 처분청은 쟁점2금액이 1998.1기분 매출기장누락금액 및 매입누락금액을 부가율로 환산한 매출누락금액으로 중복되었는지 여부에 대하여 재조사한 후 그 결과에 따라 부가가치세를 정정하여야 할 것이다.

이상과 같이 심리한 바 이건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.