교회가 대신 부담한 주차장사용료를 면세전용으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.03.12 청구법인에게 경정한 부가가치세 321,851,696원(1956년 1기분 30,686,525원, 1996년 2기분 71,364,012원, 1997년 1기분46,3B6,608원, 1997년 2기분 43,175,227원, 1998년 1기분 130,239,324원)의 부과처분 및 1998년 2기분 부가가치세 35,173,006원의 환급처분은,

1. 주차장공사비에 과다배분되었다고 보아 매입세액을 볼공제한 공사비3,322,896,000원중 공사비 2,282,656,000원(별지 표1 참조)에 대한 매입세액은 매출세액에서 이를 공제하고,

2. 면세전용한 것으로 보아 볼공제한 매입세액 227,141,177원은 매출세액에서 이를 공제하여 경정합니다.

3. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하는 학교법인으로서 학교 내에 ○○관(강당, 체육관)과 지하주차장을 신축하기 위하여 청구외 ○○교회와 청구외 ○○토건주(주)(이하 “○○토건(주)”라 한다)는 1995.07.06 ○○관공사금액과 지하주차장 공사금액을 구분하지 아니하고 일괄하여 공사금액 22,300,000천원에 공사도급계약을 체결하였으나 1995.12.22 이사회에서 주차장을 청구법인의 수익사업으로 할 것을 의결하여 1996.02.01 주차장업에 대하여 청구법인 명의로 사업자등록을 하고, 1996.02.03 청구법인을 도급자로 하여 지하주차장 공사를 공사금액(공금가액) 8,200,000천원으로 총공사에서 분리하여 도급계약하였다가 이후 공사비가 증액되어 1998.06.30 공사금액(공급가액) 11,500,000천원으로 변경하여 도급계약을 체결하였으며, 청구외 ○○토건(주)로부터 위 공사와 관련하여 공급가액11,500,000천원(매입세액 1,150,000천원)의 매입세금계산서를 교부받아 1996년1기분~1990년 2기분 부가가치세 과세기간에 당해 매입세액을 공제하여 환급 신고하였다. 청구외 ○○교회는 청구법인의 교직원과 청구외 ○○교회의 직원 및 교인등이 주차장을 사용할 수 있도록 청구법인과 월 주차료 11,850,000원에 1998.10. 1 사용계약을 체곁하고 청구법인의 교직원이 사용하는 주차료를 청구외 ○○교회가 부담하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사를 하여 청구법인이 1996.02.03 도급계약시 주차장공사비의 간접경비와 1998.06.30 변경도급계약시 증액된 주차장공사비를 과다하게 배분한 것은 매입세액을 많이 공제받기 위한 것으로 보아 1996.02.03 도급계약시의 총직접공사비중 주차장 직집공사비의 점유비(32.75%, 이하 “분리계약시의 직접공사비 점유비”라 한다)를 기준으로 산정한 주차장 간접경비와 증액된 주차장공사비를 초과하는 3,322,896천원에 대한 매입세액을 불공제하고, 청구외 ○○교회가 청구법인의 교직원이 사용하는 주차료를 대신 부담한것은 청구법인의 자가사용으로 면세전용한 것으로 보아 주차장공사비중 주차장 사용가능대수(468대)중 교직원사용대수(130대)에 해당하는 부분에 대한 공사금액 2,271,417,778원에 대한 매입세액을 불공제하여 1999.03.12 청구법인에게 부가가치세 321,851,696원(1996년 1기준 30,686,525원, 1996년 2기분 71,364,012원, 1997년 1기분 46,386,608원, 1997년 2기분 43,175,227원, 1998년 1기분 130,239,324원)을 경정고지하고, 1998년 2기분 부가가치세 신고시 신청한 환급세액 328,695,920원중 293,522,814원을 부인하여 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.5.11 이 건 심사청구를 하였다.

(1) ○○관과 주차장 건물은 별개의 공사현장으로 주차장공사비를 직접공사비 점유비(32.75%)를 기준으로 간접비 및 증액된 공사비를 산정한 것은 합리적인 계산방법으로 볼 수 없고, ○○관은 신학기에 사용하기 위하여 1998.04.15 준공검사를 받고 주차장은 1998.09월경 공사 완료하여 증액된 공사비 43억원중 33억원이 주차장 공사비로 소요되었는데도 정당한 근거없이 주차장 공사비를 과다분배분되었다고 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 지하 주차장은 수익사업을 영위하기 위하여 신축한 것이며 이를 부가가치세 과세사업에 직접 사용한 것인데 청추법인의 교직원이 부담할 주차료를 청구외 ○○교회가 대신 부담하였다고 하여 이를 처분청이 청구법인의 자가사용으로 면세전용한 것으로 보아 관련 매임세액을 분공제한 처분은 부당하다.

(1) 청구법인은 1995.07.06 당초 도급계약시 ○○관과 주차장 공사비를 구분하지 아니하여 계약하고 같은 작업일지 및 동일한 공사감독하에 일괄하여 관리하였으며, 청구법인은 자의로 매입세액을 많이 공제받기 위하여 주차장공사비중 간접비용과 증액된 공사비를 과다배분한 것이므로 직접공사비 점유비를 기준으로 산정한 금액을 적정한 주차장 공사비로 보아 초과된 공사비에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 교직원이 부담할 주차료를 청구외 ○○교회가 부담한 것은 세법규정을 회피하여 주차장 전체가 수익사업에 사용한 것으로 보이도록 하기위한 것으로서 이는 청구법인이 자가사용한 것으로 면세사업에 전용한 것이므로 관련 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 주차장 신축공사의 분리계약시(1996.02.03) 간접비와 변경계약시(1996.06.30) 증액된 공사비(직접공사비 및 간접경비)를 분리계약시의 직접공사비점유비(32.75%)를 기준으로 산정한 공사비를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 처분이 정당한 지를 가리는데 있다.

(2) 청구법인의 교직원이 사용하는 주차장의 주차료를 ○○교회에서 대신 부담한 것을 청구법인의 면세전용으로 보아 주차장공사비를 총 주차사용가능대수중 교직원의 주차사용대수를 기준으로 안분계산한 공사비를 초과하는 금액에 대한 관련 매입세액을 불공제한 처분이 정당한 지를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 제2항 에서 “사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.”라고 규정하고, 같은 법 시행령 제15조 [자가공급의 범위] 제1항에서 “법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사용 또는 소비되는 재화”라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 제1항 에서 “사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 〃납부세액〃이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 〃매출세액〃이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 〃매입세액〃이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”이라고 규정하고, 같은 조 제2항에서 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 1의 2.(생략).

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. (생략).

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 ” 으로 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 “제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 피타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의확정신고와 함께 관할세무세장에게 이를 신고납부하여야 한다.”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 <쟁점(1)에 대하여 본다.>

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, 첫째, 1995.07.06 당초계약시 청구외 ○○교회와 시공회사인 청구외 ○○토건(주)가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구법인의 학교내에 ○○관(지하 3층~지상3층) 16,757.81㎡ 및 지하 주차장 (지하 1층, 2층) 16,734.86㎡의 신축공사를 공사금액(공급가액) 22,300,000천원(직넙공사비 20,030,000천원, 간접경비 2,270,000천원)으로 일괄계산한 사실이 당초도급계약서에 의하여 확인된다. 둘째, 청구법인은 이사회의 의결을 거쳐 1996.01.11 주차장사업을 수익사업으로 법인등기부에 등재하고 1996.02.01 처분청에 주차장업을 수익사업으로 사업자등록하였으며, 1996.02.03 당초계약에서 지하주차장 신축공사를 분리하여 도급자를 청구외 ○○교회에서 청구법인으로 변경하고, 공사금액 8,200,000천원(직접공사비 6,559,141천원, 간접경비 1,640,858천원)으로 별도로 분리계약하고, ○○관 신축공사는 도급자를 청구외 ○○교회로 하여 공사금액 14,100,000천원(직접공사비 13,470,859천원, 간접경비 629,141천원)으로 계약한 사실이 청구외 ○○토건(주)와 체결한 도급계약서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구외 ○○토건(주)와 청구법인은 1998.06.30 도급계약시 ○○관 및 주차장의 증액(정산ㆍ추가)된 공사비 4,300,000천원을 ○○관 증액공사비에 1,000,000천원(직접공사비 955,508천원, 간접공사비 44,492천원), 주차장 증액공사비 3,300,000천원(직접공사비 2,639,834천원, 간접공사비 660,165천원)을 배분하여 1996.02.03 체결한 도급계약을 변경하여 계약한 사실이 확인된다. 넷째, 청구법인과 청구외 ○○토건(주)가 1996.02.03 ○○관과 주차장 신축공사 분리계약시 청구법인과 청구외 ○○토건(주)가 작성한 주차장 신축공사 내역서에 의하면 총 직집공사비의 32.75%를 주차장의 직접공사비 배분하였으나 주차장의 간접경비는 총 간접경비의 72.28%를 배분하고, 또한, 증액된 공사비(직접공사비 및 간접원가) 4,300,000천원은 ○○관 1,000,000천원, 주차장 3,300,000천원(76.7%)으로 배분하였으며, 주차장 증액공사비 3,300,000천원은 직접공사비에 2,639,835천원(증액된 총직접공사비 3,595,343천원의 73.42%), 간접경비에 660,165천원(증액된 총간접경비 704,657천원의 93.69%)을 배분한 사실이 공사비총괄내역서등 관계서류에 의하여 확인된다. 다섯째, ○○관의 지하식당은 1998.03.12부터 사용하였으며, 강당은 1998.05.16부터 사용하였음이 청구법인의 사용일지등 관련서류에 의하여 확인되며, 청구외 ○○토건(주)의 공사일보에 의하면 청구외 ○○토건(주)는 ○○관 및 주차장 건설공사의 사용자재 및 작업현황 등을 동일한 공사감독과 같은 작업일지에 의하여 일괄하여 관리하였으며 1998. 07월부터 1998.09월까지 주차장공사에 공사자재가 집중적으로 투입되었음이 확인된다.

(2) 청구법인은 ○○관과 주차장 공사는 별개의 공사현장으로 청구법인이신고한 공사비가 실제로 소요되었음에도 근거없이 주차장의 간접경비 및 증액공사비(직접공사비와 간접경비)를 분리계약시의 직접공사비 점유비(32.75%)를 기준으로 매입매입액을 불공제한 처분 부당하다는 주장인 바 이를 살펴보면, 첫째, 처분청은 1996.2.3 분리계약시 총 직접공사비 20,030,000천원중 주차장 직접공사비에 6,559,141천원을 배분한 것은 적정하게 배분하였다고 인정한 사실이 처분청의 관계서류에 의하여 확인되고, 총직집공사비중 주차장 직접공사비의 점유비는 32.75%임을 알 수 있고, 1998.06.30 변경계약시의 증액된 총직접공사비중 주차장 직집공사비 점유비는 73.42%임을 알 수 있다. 둘째, 건설공사에 있어 간접경비는 특정 공사대상에 직접적으로 추적하여 부과할 수 없는 원가로서 배분에 있어 간접경비 발생과 밀접힌 인과관계가 있는 요인에 따라 합리적인 배분기준에 따라야 하는 것인 바, 특수한 사유가 규명되는 경우를 제외하고는 일반적적으로 발생된 직접공사비에 비례하여 발생되는 경비라 할 것이므로 청구법인은 1996.02.03 분리계약시 ○○관 및 ㅣ주차장의 총간접경비 2,270,000천원중 1,640,859천원(72.28%)을 주차장 간접경비에 배부낳고, 1998.06.30 ○○관 및 주차장에 증액된 간접경비 704,657천원중 660,165천원(93.69%)을 주차장 간접경비에 배분하였으나 청구법인은 주차장공사에 간접경비와 과다하게 배분된 것에 대하여 합리적인 이유를 밝히지 못하고 있다. 셋째, 처분청은 1998.06.30 변경계약시 증액된 공사비 4,300,000천원중3,300,000천원을 주차장 신축공사에 배분한 것은 주차장 신축공사에 공사비를 과다하게 배분되었다고 보아 증액된 주차장 공사비 3,300,000천원에 직접공사비 점유비를 곱하여 산출된 감액(1,080,750천원)보다 초과된 금액(2,219,250천원)을 과다배분된 금액으로 하여 관련된 매입세액을 불공제하였으나, ○○관 신축공사는 신학기에 학생들이 사용하기 위하여 주차장공사보다 먼저 완공하였으며 지하식당은 1998.03.12부터, 강당은 1998.05.16부터 사용하였음이 청구법인의 사용일지 등에 의하여 확인되고, 또한 시공자인 청구외 ○○토건(주)의 공사일보에 의하면 1998.07월부터 1998.09월까지 주차장공사에 건축자재등이 집중적으로 투입된 사실이 확인되는 점으로 보아 증액된 공사비중 직접공사비는 주차장공사에 정상적으로 투입된 것으로 판단되므로 처분청이 직접공사비와 간접접경비를 구분하지 아니하고 증액된 전체금액에 대하여 분리계약시 직접공사비 점유비를 기준으로 과다배분된 금액을 산출한 것은 불합리하다 할 것이고, 건설공사에 있어 직접공사비는 특정 공사대상애 직접적으로 띠id퍽 쉽게 추적하여 부과할 수 있는 원가초서 건축ㆍ설비ㆍ전기ㆍ토목공사에 직접적으로 소요되는 관련 자재등의 투입비용이라 할 것이므로 이는 일정한 기간의 직집공사비에 비례하며 증가 또는 감소되는 비용으로 볼 수 없으며, ○○토건(주)에서 작성한 설계변경내역서상 공정별(건축, 설계, 전기, 토목)로 직접공사비의 내역이 확인됨에도 처분청은 배분된 직접공사비의 실지 사용용도에 대한 구체적인 사실확인을 하지 아니하고 단지 추정으로 주차장의 직접공사비가 과다배분되었다고 보아 이를 부인한 것은 합당하지 못하므로 처분청청이 직접공사비가 과다하게 배분되었다는 사실에 대하여 구체적으로 입증하지 못한 이 건의 경우에 증액된 직접공사비는 주차장 신축에 실제 소요된 공사비로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

(3) 위 사실관계등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 신고한 주차장의 직집공사비는 실지 귀속에 따라 공사비를 적정하게 배분한 것으로 보이고, 간접경비가 ○○관 및 주차장에 공통적으로 발생되는 데도 합리적인 배분기준에 따라 배분하지 아니하고 임의적으로 주차장의 간접경비에 배분한 것으로 판단되므로, 첫째, 1996.02.03 분리계약시 주차장의 간접경비(1,640,859천원)는 처분청의 경정내용과 같이 총간접경비(2,270,000천원)에 주차장의 직접공사비 점유비(32.75%)를 곱하여 산정한 간접경비(743,425천원)보다 초과배분된 주차장의 간접경비(897,434천원)에 대한 매입세액을 불공제한 것은 정당하고, 둘째, 처분정이 1990.06.30 증액된 주차장의 직접공사비(2,639,835천원)를 증액된 총직집공사비(3,595,342천원)에 분리계약시의 직접공사비 점유비(32.75%)를 곱하여 산정한 직접공사비(1,177,475천원)를 초과한다고 보아 관련 매입세액을 불공제한 것은 부당하다고 할 것이므로 불공제한 직접공사비(1,462,360천원)에 대한 매입세액은 매춘세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단되며, 셋째, 1998.06.30 증액된 주차장의 간접경비(660,165천원)는 별지【표1】과 같이 증액된 주차장의 총 간접경비(704,657천원)에 ○○관 및 주차장의 증액된 총직접공사비(3,595,343천원)중 주차장의 직접공사비(2,639,835천원) 점유비(73.42%)를 곱하여 산정한 간접경비(517,359천원)보다 초과배분된 주차장의 간접경비(142,806천원)에 대한 매입세액을 불공제하는 것이 합리적이라 할 것이다. <쟁점(2)에 대하여 본다>

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, 첫째, 청구외 ○○교회는 청구법인 교직원의 복지후생을 위하여 주차료를 대신 지급하기로 의결한 사실이 청구외 ○○교회의 회의록에 의하여 확인되고, 청구법인은 청구외 ○○교회와 1998.10.01 주차장 사용대상자, 사용시간 및 임대료 산출기준에 대한 주차장 사용계약(1년간, 연장가능)을 체결하였음이 주차장사용계약서에 의하여 확인되며,

○ 청구법인, ○○고등학교, ○○고등학교의 교직원: 월 40,000원 f 130대 = 5,200,000원

○ ○○교회 직원: 월 40,000원 ×20대 = 800,000원

○ ○○교회 교인: 주일, 수요일, 금요일, 시간대별 월 5,850,000원

○ 총 임대료(매월) = 위 합계액 11,850,000원(부가가치세 포함) 청구법인은 청구외 ○○교회로부터 받은 주차장사용료에 대하여 부가가치세를 신고납부한 사실이 부가가치세 과세표준신고서 등 관계서류에 의하여 확인된다. 둘째, 처분청은 청구법인의 교직원이 사용하는 주차장 사용대수(130대)애 대한 주차료를 청구외 ○○교회에서 대신 부담하는 것은 해당 주차장을 청구법인이 자가사용한 것으로 면세전용에 해당된다고 보아 총 주차가능대수(468대)중 교직원사용대수(130내)에 해당하는 주차장 공사비의 매입세액을 아래와 같이 산정하여 227,141천원을 불공제한 사실이 처분청의 조사관계서류 및 경정결의서에 의하여 확인된다.

○ 총 주차장공사비 매입세액: 1,150,000천원

○ 공사비중 부인 매입세액액: 332,289천원

○ 차감된 공사비 매입새액: 817,711천원

○ 면세 해당 매입세액: 817,711천원 × 130/468 = 227,141천원

(2) 이 건의 경우 청구법인의 교직원이 사용하는 주차장의 주차료를 ○○교회에서 대신 부담한 것을 청구법인의 면세전용으로 볼 수 있는 지에 대하여 본다. 첫째, 청구법인이 수익사업을 하기 위하여 주차장을 운영하면서 주차장 이용자에 대하여는 주차장 이용요금을 받고 있으며, 청구법인이 청구외 ○○교회와 주차장 사용계약을 체결하고 청구외 ○○교회로부터 주차장 사용료를 받아 부가가치세를 신고납부한 사실이 확인된다. 둘째, 부가가치세법 제6조 에서 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에는 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있으므로 청구법인이 청구법인의 교직원에게 주차장을 무료로 사용하도록 하여 주차료를 받지 않는 경우에는 자가 공급으로 볼 수 있는 면이 있으나, 청구법인 교직원의 주차료를 청구외 ○○교회가 대신 부담한 것은 자가 공급에 해당되지 않는다 할 것이고, 청구법인 교직원의 주차료를 청구외 ○○교회가 대신 부담한 것은 청구법인이 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 공제여부와는 관련이 없는 사안이라 할 것이다. 셋째, 사업자가 주차장시설을 건설하여 주차장 이용자로부터 주차장 이용요금을 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이므로 동 주차장시설건설비에 대한 부가가치세 매입세액은 공제받을 수 있는 것(부가46015-326, 1999.02.06)인 바, 처분청이 청구법인의 교직원이 사용하는 주차료를 청구외 ○○교회가 대신 부단한 것을 청구법인의 자가사용으로 면세전용한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 것은 잘못되었다고 판단된다. 이와 같이 실리한 바, 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 페3호에 의거 주문과 같이 결정한다.