청구인이 과세사업인 보관업을 하고 있어 이에 따른 과세사업의 공급가액이 발생할 것이 예상됨에도 과세사업의 공급가액이 전혀 예상되지 않는다고 본 것은 과세ㆍ면세사업의 예정공급가액을 합리적으로 산정한 것이라 볼 수 없음
청구인이 과세사업인 보관업을 하고 있어 이에 따른 과세사업의 공급가액이 발생할 것이 예상됨에도 과세사업의 공급가액이 전혀 예상되지 않는다고 본 것은 과세ㆍ면세사업의 예정공급가액을 합리적으로 산정한 것이라 볼 수 없음
○○세무서장이 1999. 2. 23 청구인에게 1998년 2기 확정 부가가치세 환급세액을 “0”으로 한 결정처분은,1998년 2기 과세기간에 건물 등 신축에 따른 매입세액 92,230,095원과 관련된 공급가액이 실제로 확정될 과세기간의 과세 및 면세사업으로부터 발생이 예상되는 예정공급가액을 재조사하여 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련예정공급가액의 비율로 안분계산한 금액을 매출세액에서 공제하여 경정한다.
청구인은 수생동물 냉동품 제조업을 경영하기 위하여 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 수산물냉동 창고건물 695.92㎡을 1998.8.8 착공하여 1998.11.10 준공하고, 1998년 2기 확정 부가가치세 신고시 위 신축에 따른 냉동ㆍ냉장시설물 등을 제공받고 교부받은 매입세금계산서의 매입가액 922,300,967원, 매입세액 92,230,095원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대하여 전액 매출세액에서 공제하여 신고하였으나, 처분청은 1998년 2기 확정 부가가치세 환급현지조사시 청구인의 과세사업분의 공급가액이 전혀 예상되지 않아 쟁점매입세액은 전액 면세사업관련 매입세액으로서 보아 1999.2.23 쟁점매입세액 92,230,095원을 전액 불공제결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.4.30 심사청구를 하였다.
청구인은 1998년 4월 일반과세사업자로 사업자등록을 하여 실제 사업목적은 배합사료의 공급이었으나 거래선이 확보되지 않아 보류상태이고, 환급현지확인조사당시 실질적으로 과세사업인 냉동(냉장)보관업을 영위하고 있는 바 쟁점매입세액은 전액 환급이 이루어져야 함에도 쟁점매입세액을 전부 불공제함은 부당하다.
청구인은 ○○청에 제출한 자금지원신청서의 내용을 보면, 제품 및 영업상황에 면세판매예상액(1998년 9억, 1999년 28억)이 제시되어 있는 바 1998.12.31 현재 면세사업자가 명백하고, 청구인이 보관업을 하겠다는 계획은 전혀 없는 바 그 후에 사업여건이 변화하여 과세사업을 겸업하는 경우에는 별개의 문제로 당초 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액.
5. (생 략)”이라 규정하고, 같은법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에는 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)”이라 규정하고, 같은조 제4항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라 규정하고, 같은법 시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】에서는 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) － 기공제세액】
2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) － 기공제세액】”이라 규정하고 있다.
(1) 청구인은 수산물 냉동ㆍ냉장품 제조업으로 사업자등록신청을 하여 1998.4.13 처분청으로부터 일반과세사업자로 사업자등록증을 교부받은 사실이 관계서류에 의하여 확인된다.
(2) 쟁점매입세액은 이 건 건물 등 신축에 따른 레미콘대, 전기공사비, 냉동기계대 및 건축공사등임에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 1998년 2기 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액은 없고 쟁점매입세액만 발생한 사실이 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다.
(3) 청구인은 1999.1.14 청구외 ○○해수어류양식수산업협동조합에게 양어용생사료를 공급한 사실이 처분청이 제시한 수매약정서 등 관계서류에 의하여 확인된다.
(4) 처분청의 현지확인조사서에 의하면 청구인은 1999년 1월부터 영업을 개시하면서 다른 사업자의 어류를 보관하여 주는 보관료를 받는 것이 확인되며, 1999년 1기 예정 부가가치세 신고시 과세사업인 어류등 보관업에 따른 공급가액만 신고되었고, 생사료 공급에 따른 면세사업의 공급가액은 없는 것으로 신고된 사실이 나타난다.
(5) 처분청이 제시한 이건 건물등 신축과 관련하여 청구인이 ○○청에 제출된 자금지원신청서의 내용을 보면, 청구인이 면세사업분인 도내의 어류양식장에 생사료를 공급하는 것으로 계획되었음이 확인된다. 위 사실관계 및 관계법령에 비추어 불 때, 청구인이 업종을 수산물냉동ㆍ냉장품 제조업으로 생사료 및 배합사료를 공급하기 위하여 일반과세사업자로 사업자등록증을 교부받은 점과 1998년 2기 과세기간중 면세사업과 과세사업의 공급가액이 없어 과세ㆍ면세사업 겸용으로 사용할 것으로 예정되나 그 실지귀속을 구분하기 어렵다 할 것이므로 이 건 건물등 신축과 관련된 쟁점매입세액은 실지귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당한다 할 것이다. 공통매입세액 안분계산시 예정공급가액이란 공통매입세액과 관련된 공급가액이 실제로 확정될 과세기간에 과세ㆍ면세사업으로부터 발생이 예상되는 공급가액(현재의 시황 등을 근거로 한 사업계획서 등에 따른 합리적 추정금액)을 말하는 것(같은 뜻, 부가 46015-1169, 1994. 6. 10)인 바, 처분청은 쟁점매입세액과 관련 현지확인조사당시 청구인이 과세사업인 보관업을 하고 있어 실제로 과세ㆍ면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간에 보관업에 따른 과세사업의 공급가액이 발생할 것이 예상됨에도 과세사업의 공급가액이 전혀 예상되지 않는다고 본 것은 과세ㆍ면세사업의 예정공급가액을 합리적으로 산정하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청은 쟁점매입세액과 관련 현재의 시황 등을 근거로 사업계획서 등에 의한 면세사업의 예정공급가액과 냉동(냉장)시실ㆍ규모ㆍ보관료산정기준 등을 확인조사하여 보관에 따른 과세사업의 예정공급가액 등을 합리적으로 산정하고 쟁점매입세액을 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 이를 경정함이 타당하다고 판단된다. 이와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의거 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.