사업자등록 전 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

청구인과 청구외 김○○은 청구외 김○○의 소유인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 대지 5,533㎡, 지상에 여관 및 근린생활시설 2,089.04㎡(이하 “쟁점여관”이라 한다)를 신축하고자, 1997.10.04 (주)○○건설(이하“청구외법인”이라 한다)와 도급액 1,045,000천원에 도급계약을 체결한 후, 동일자로 계약금에 대한 세금계산서를 청구인의 명의로 공급가액 136,363천원, 세액 13,636천원(이하“쟁점세금계산서”라 한다)으로 교부받아 1997.2기 부가가치세 신고시 부가가치세를 환급신청하여 환급 받았다. 처분청은 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서는 사업자등록신청서 접수일(1997.10.09)이전에 교부받았으므로 등록전 매입세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 1999.03.11 청구인에게 1997년 2기분 부가가치세 15,000,000원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.04.24 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 처 김○○과 함께 여관업을 영위하고자 공동으로 건축허가를 얻어 공동사업자로 사업자등록증을 하여야 했으나, 사업자등록신청서 작성시 사업자를 청구인, 김○○으로 기재하여야 할 것을 착오로 김○○ 1인만 기재하여 1997.10.02 사업자등록증이 교부되기전인 1997.10.07 사업자등록을 신청(같은 장소,같은 업종)하여 각각 사업자등록증을 교부받았으나, 청구인이 추가로 사업자등록을 신청한 사업장,업종, 상호가 먼저교부받은 청구외김○○와 동일하여 공동사업자임이 확인되는데도 처분청의 착오로 각 각 사업자등록증을 발급하였는바, 비록 청구인의 명의로 교부받은 쟁점세금계산서가 등록전에 교부받았다하더라도 공동사업자인 청구외 김○○의 사업자등록 신청일이후에 교부받았으므로 이건 등록전의 매입세액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

청구인은 처와 공동사업자라고 주장하면서 쟁점여관 신축과 관련 매입세금계산서를 청구인의 사업자등록번호로 계속적으로 교부받아 부가가치세 환급세액을 교부받은 사실이 있어 청구주장은 타당성이 없으므로 이건 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 매입세액불공제한 이 건 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에는 『법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정되어 있고, 같은법 제5조 제1항에는 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.』라고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제7항에는 『법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로한다.』라고 규정되어 있다. 한편, 부가가치세법 제9조 제1항 에는 『재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에는 『사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 이건 사실관계를 보면,

(1) 청구인의 처 소유 토지에 여관 및 근린생활시설을 신축코자 당초 청구인의 명의로 1997.09.08 쟁점여관의 건축허가를 득한후, 1998.09.22 청구인의 처 김○○으로 건축주가 변경된 다음, 1997.10.08 건축주가 다시 청구인과 청구외김○○ 공동으로 변경된 사실이 ○○시장이 발급한 공문서(도시 58551-2769, 1997.10.08)에 의거 확인되며,

(2) 사업자등록 신청서 및 발급내용을 확인한바, 청구외 김○○ 명의로 1997.10.02 사업장 관할세무서에 사업자등록을 신청하여 1997.10.10 사업자등록증(000-00-00000)을 교부받았으며, 청구인은 청구외 김○○의 사업자등록증이 발급되기전인 1997.10.09 청구외 김○○와 같은 사업장,업종,상호로 사업자등록증을 신청하여 1997.10.15 사업자등록증(000-00-00000)을 교부받았음이 사업자등록신청서 등에 의거 확인되거 있다.

(3) 청구인과 청구외 김○○은 공동으로 쟁점여관을 신축코자 청구외법인과 도급금액 1,045,000천원으로 1997.10.04 계약을 체결하고 동일자로 공사계약금 150,000천원(부가세포함)에 대한 세금계산서를 청구인의 명의로 교부받아 처분청으로부터 부가가치세를 환급받았으며, 여관은 현재 신축중인 것으로 확인된다.

○○지방국세청 감사지적으로 등록전에 쟁점세금계산서를 교부받았다하여 매입세액 불공제한데 대하여, 청구인과 청구외 김○○이 공동사업자로 공동사업자등록을 신청하여야 함에도 착오로 같은 사업장에 청구인과 청구외 김○○이 각각 사업자등록증을 교부받았지만 실지공동사업자이고 쟁점세금계산서 교부일에는 공동사업자인 청구외 김○○이 사업자등록을 신청한 상태에서 교부받은 쟁점세금계산서는 등록전 세금계산서로 볼 수 없으므로 매입세액은 공제하여야 한다는 주장인바, 이에 대하여 살펴보면, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에서 『법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』라고 규정하고 있고, 등록은 등록신청일을 기준으로 한다 라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제1호 에서 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우에는 매입세액을 공제한다고 규정하고 있는바, 이건의 경우, 청구인과 청구외김○○이 사업자등록증을 각각 교부되었으나, 청구인과 청구외 김○○은 부부지간이고, 쟁점여관을 신축함에 있어 공동사업자로 건축허가 및 도급계약이 체결된 점과 사업장이 동일하고, 업종,상호등이 일치하며, 당초 청구외김○○ 명의로 사업자등록증을 신청하였다가 사업자등록증을 교부받기전에 동일한 사업장에 청구인의 명의로 사업자등록증을 신청하였지만, 한 사업장에 동일한 업종으로 청구인과 청구외 김○○ 명의로 각각 사업자등록증이 발급될 수 없는데도 이를 교부한 것은 처분청의 업무 착오에 기인한 것으로 보여진다. 따라서, 청구인과 청구외 김○○의 사업자등록증이 별도로 교부되었다 하더라도 실지 공동으로 사업을 영위하고 있는 점으로 미루어 보아 공동사업자로 보는 것이 합리적이라고 판단된다. 그렇다면, 청구인 명의로 교부받은 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제 받을수 있는 지에 대하여 보면, 교부받은 세금계산서의 필요적기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나, 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제한다고 규정하고 있는바, 이건의 경우, 공동사업자인 청구외 김○○이 최초로 1997.10.02 사업자등록신청한 후 쟁점여관 신축과 관련 1997.10.04 도급계약을 체결하고 동일자로 계약금 150,000천원을 청구외법인에게 지급한 사실이 입금표에 의거 거래사실이 확인되며, 도급계약 체결전에 사업자등록을 신청한 사실이 확인되는바, 공동사업자인 청구인의 사업자등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서는 등록전 매입세액으로 볼 수 없으므로 이건 매입세액을 공제하는 것이 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.