프로그램 개발용역 공급이 부가가치세 면세되는 용역의 공급에 해당되는지 여부

○○○세무서장이 1999. 2. 13 청구법인에게 결정고지한 1997. 2기 부가가치세 21,873,280원, 1998. 1기 부가가치세 30,784,250원, 1998. 2기 부가가치세 59,850,000원 및 1997년 귀속 법인세 46,186,520원은1. 청구법인이 컴퓨터프로그램 개발용역을 공급하고 청구외 ○○데이타시스템주식회사로부터 받은 127,000,000원, ○○정보통신주식회사로부터 받은 60,000,000원, ○○데이타시스템주식회사로부터 받은 330,000,000원을 부가가치세가 면세되는 매출로 하여 당해 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하고,2. 1997년 귀속 법인세 결정시 손금불산입한 외주가공비 100,000,000원은 당해 사업연도의 손금으로 하여 이를 경정하고,3. 나머지 청구주장은 기각한다.

청구법인은 컴퓨터 운용프로그램을 개발하는 법인으로 1997년 2기부터 1998년 2기까지 청구외 ○○데이타시스템주식회사 외 3개 업체(이하 “매출처”라 한다)에 컴퓨터 프로그램 개발용역을 공급하고 그 대가로 546,656,000원(이하 “쟁점매출”이라 한다)을 수취받고, 이를 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 신고하지 아니하였으며, 청구외 ○○정보시스템주식회사에 지급한 외주가공비 100,000,000억원(이하 “쟁점비용”이하 한다)을 각 사업연도 소득금액 계산시 손금으로 계상하였다. 처분청은 쟁점매출을 부가가치세 과세대상으로 보아 1997년 2기분부터 1998년 2기분까지의 부가가치세 112,477,530원을 경정결정고지하고, 쟁점비용을 부당행위계산의 부인 대상으로 보아 손금불산입하여 1997년 귀속 법인세 46,186,500원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 4. 26 본 심사청구를 제기하였다.

청구법인의 쟁점매출은 전자계산조직을 이용한 소프트웨어 개발 용역에 대한 대가로서 부가가치세 면제되는 용역이므로 부가가치세 과세한 처분은 부당하며, 쟁점비용은 정당한 비용을 지급하고 각 사업연도의 소득금액 계산시 계상한 것으로서 이를 부인하여 법인세 과세한 처분 또한 부당하다.

청구법인이 매출처에 공급한 쟁점매출은 인력지원에 대한 대가로서 부가가치세법시행령 제35조 라목에 해당하는 부가가치세가 면세되는 용역에 해당하지 아니하며, 쟁점비용은 특수관계 있는 청구외 ○○정보시스템주식회사와의 거래로서 거래 내용상 지급의무 없는 경비이므로 부당행위계산 부인 규정에 따라 손금불산입하여 법인세 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1. 쟁점매출의 공급이 부가가치세 면세되는 용역의 공급에 해당되는지 여부와 쟁점2. 쟁점비용이 부당행위계산의 부인 대상에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제12조 【면세】제1항에서 「다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ∼ 12. (생략)

13. 저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

14. (이하 생략)」라고 규정하고 있고, 동법시행령 제34조【인적용역의 범위】에서 「법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.

1. (생략)

2. 개인ㆍ법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 가.∼다 (생략)

• 라. 학술연구용역ㆍ기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발 용역
• 마. (이하 생략)」라고 규정하고 있으며, 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 심리판단 먼저 쟁점1에 대하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점매출이 부가가치세 면세되는 거래임을 증명하기 위하여 매출처와의 거래 내역에 대한 계약서 사본을 제출하였으며, 각 매출처별 공급내역을 살펴보면, 청구외 ○○데이타시스템주식회사와의 계약서를 보면 ○○터미널 제반업무시스템구축에 따른 소프트웨어개발사업으로서 청구법인이 전 공정의 책임을 지고 개발하는 것으로 명시되고, 개발된 소프트웨어의 저작권이 청구법인에 있음이 명시되어 있다. 청구외 ○○정보통신주식회사와 계약내용 또한 청구법인의 책임에 의하여 개발하며, 하자에 대한 보증등의 의무가 명시되어 있다. 청구외 ○○○데이타시스템주식회사의 거래 내역 역시 용역내역서에 명시된 개발을 청구법인의 책임하에 수행하게 되어 있으며, 하자 발생에 대하여도 청구법인이 지는 것임이 명시되어 있다. 청구외 ○○정보시스템주식회사와의 계약서 2건은 내용상 청구법인의 인력을 단순제공하는 것으로 되어 있다. 따라서, 청구법인은 신설법인의 한계로 인하여 전시한 청구외 ○○데이타시스템주식회사 외 2개업체와의 거래금액 517,000,000원은 각 사업의 당초 수주자로부터 도급형식을 빌어 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발 용역을 제공한 사실이 확인되므로 단순한 인력제공으로 보아 부가가치세 과세한 처분청의 결정은 잘못인 것으로 판단된다. 다만, 청구외 ○○정보시스템주식회사에 공급한 29,656,000원은 단순한 인력지원에 대한 대가임이 확인되어 법령에 의한 부가가치세 면세대상 용역이 아닌 것으로 판단된다. 쟁점매출내역 (단위: 원) 매출처 사업명 계약기간 총공급가액 비고

○○데이타시스템(주)

○○터미널 제반공사 시스템 구축 97.05.12-97.11.12 127,000,000

○○정보통신(주)

○○도로공사 BPR 및 통합정보시스템 구축 97.09.01-98.08.31 60,000,000

○○정보시스템(주)

○○은행 대외계 업무분리 구축개발 97.04.28-97.05.31 5,040,000

○○정보시스템(주)

○○은행 대외계 업무분리 구축개발 97.05.26-97.12.31 24,616,000

○○데이타시스템(주)

○○전자 프로젝트 MTS컨설팅 및 신시스템간 인터페이스 기술용역 98.01.01-98.06.30 330,000,000 다음, 쟁점2에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 청구외 ○○정보시스템주식회사에 지급한 쟁점비용을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 손금불산입하였으며, 청구법인은 “○○전자(주) 정보시스템 구축사업”에 대한 수주대가와 영업지원 등에 따라 지급하였음을 주장하고 그 근거로서 청구외 ○○정보시스템주식회사와의 계약서 및 지급증빙을 제시하고 있다. 처분청은 청구법인이 청구외 ○○정보시스템주식회사에 1997년 지급한 100,000,000원을 부당행위의 계산 부인대상으로 보는 근거로서 청구외 ○○정보시스템주식회사가 청구법인의 지분율 51％를 차지하고 있는 특수관계법인이며 지급의무 없는 비용을 지출한 것임을 밝히고 있으나, 쟁점비용은 청구법인이 “○○전자(주) 정보시스템 구축사업”에 대한 수주의 대가와 영업지원에 따른 지급액임이 확인되므로, 처분청이 부당행위의 계산 부인대상에 해당한 것으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.