사실과 다른 세금계산서로 본 처분에 대해 실제 상가를 매입했다는 주장의 당부

○○세무서장이 1998.10.12 청구인에게 결정고지한 1998.1기분 부가가치세 29,316,720원은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○호에서 부동산 임대업을 영위하는 사업자로 위 사업자 상가 44.59㎡(이하“쟁점상가”라 한다)를 1998.05.25.취득하고 ○○구 ○○가 ○○번지에 사업장을 둔 청구의 ○○토건(주) [이하“○○토건(주)”라 한다]으로부터 1998.04.15일자 공급가액 40,000,000원, 1998.05.20 150,000,000원, 1998.06.20 54,306,500원 합계 244,306,500원의 매입세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라한다)를 수취하여 1998.1기에 매입세액 24,430,600원을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점상가의 사실상 사업주체는 청구의 ○○연립재건축조합임에도 시공업체인 청구의 ○○토건(주)로부터 사실과 다른세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 1998.10.02 부가가치세 29,316,725원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 처분청에 이의신청(신청: 1998.12.05, 결정: 1999.01.21)을 거쳐 1999. 04. 20일 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구의 ○○토건(주)는 ○○연립재건축조합으로부터 공사신축비용을 쟁점상가로 대물변제 받았고, 청구인은 청구의 ○○토건(주)로부터 쟁점상가를 1998.05.25 취득하고 매입세금계산서를 교부받아 1998.1기 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였으므로 관련 매입세액은 공제하여야 한다.

쟁점상가의 사실상 건축주가 청구의 ○○연립재건축조합인 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인되고 있음에도 세금계산서를 청구의 한양연립재건축조합으로부터 수취하지 아니하고 청구의 ○○토건(주) 명의로 수취하였고, 거래시기가 상이하므로 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입세액 불공제하여 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공사시공업체로부터 받은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제2조 제1항 및 제6조에서 “영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다”고 하고, 재화의 공급은 매매계약,가공계약,교환계약등 계약상 또는 법률 상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제16조 및 제17조의 규정을 모아보면, 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 등기부상 쟁점상가의 소유자인 청구외 ○○연립재건축조합으로부터 취득하였음에도 시공업체에 불과한 청구외 ○○토건(주)로부터 매입세금계산서를 수취하였고, 공급시기가 상이하므로 사실과 다른세금계산서를 교부받았다는 의견이고, 청구인은 청구의 ○○토건(주)이 한양연립재건축조합으로부터 공사신축비용 등의 대가로 대물변제 받은 쟁점상가를 청구외 ○○토건(주)로부터 취득하고 세금계산서를 교부받아 1998.1기 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였다는 주장 인바, 첫째, 쟁점상가가 소재한 ○○동 ○○아파트 재건축사업승인을 위하여 ○○구청에 제출되어 있는 ○○연립재건축조합과 청구외 ○○토건(주) 사이에 체결한 아파트공사도급계약서에 의하면, 청구외 ○○연립재건축조합은 ○○토건(주)와 39세대 아파트 및 상가신축도급공사를 체결하여 아파트 39세대중 20세대는 조합원이 소유하고 나머지 아파트 19세대와 상가는 공사대금 및 기타비용으로 청구외 ○○토건(주)에게 제공하기로 약정하였음이 확인된다. 둘째, ○○토건(주)이 위 아파트 및 상가의 분양에 대하여 ○○토건(주) 명의로 분양안내 한 사실과 상가매수인인 청구의 ○○○, ○○○, ○○○의 상가분양대금 중 일부분이 ○○토건(주)의 예금계좌 (계좌번호:000-00-0000-000)로 무통장 입금된 사실이 무통장입금표 등에 의하여 확인되고 있다. 셋째, 청구외 ○○토건(주)는 상가 및 아파타를 분양후 피분양자가 분양대금을 완납하면 분양대금을 완납한 피분양자 명부를 작성하여 ○○연립재건축조합에 소유권이전등기를 의뢰하였고 그 명부에 청구인이 포함되어 있었음이 1998.04.02 청구외 ○○토건(주)가 ○○연립재건툭조합에 내용증명우편으로 보낸 상가소유권이전등기 의뢰 서한에 의하여 확인되고 있다. 넷째, 상가공급 계약서상 대금지급은 계약시 5,000,000원 나머지 잔금은 입주시에 지급하도록 되어 있음에도 쟁점세금계산서는 1998.04.15, 1998.05.25, 1998.06.20로 3회에 걸쳐서 발행되었으므로 처분청은 쟁점세금계산서는 공급시기가 상이하다는 의견이나, 입주일이 언제인지 처분청은 밝히지 못하므로 등기부등본상 소유권 이전일로 판단되며, 또한 사실거래임이 상가 등기부등본에 의거 확인되고 공급시기가 같은 과세기간 이므로 사실과 다른 세금계산서로 보기 어렵다고 판단된다(같은뜻,대법 87누57, 1987.06.23). 다섯째, 처분청의 조사복명서를 보면 청구인의 남편의 채권으로 쟁점상가의 대가를 지급하였으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다는 의견이나, 이는 남편이 부인인 청구인에게 채권을 증여한 것으로 보아 증여세를 부과하는 것은 별론으로 하더라도 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어렵다고 판단된다. 위 사실과 관련법령을 종합해 볼 때, 청구외 ○○토건(주)는 아파트공사도급계약서에 약정된 바와 같이 공사비용 등의 대가로 아파트 19세대와 쟁점상가 등을 대물변제받아 청구인등에게 분양한 것으로 판단되고, 등기상 소유자인 청구외 ○○연립주택조합 및 ○○토건(주)에 대한 매출누락등을 확인하여 과세하는 것은 별론으로하더라도, 청구인이 청구외 ○○토건(주)로부터 교부받은 세금계산서는 적법한 세금계산서이며, 거래 사실이 확인되고 같은 과세기간에 교부받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼수 없으므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다. 따라서 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.