철도청을 대행하여 제공한 고속철도건설용역의 부가가치세 과세대상 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 한국고속철도공단법에 따라 고속철도 건설을 목적으로 설립된 비영리무자본 특수법인으로써, 고속철도건설과 관련하여 매입한 매입세액 1998.2기 예정분 28,000,790,120원과 1998.2기 확정분 30,780,047,460원 합계 58,780,837,580원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 처분청에 환급신고하였으나, 처분청은 재정경제원(소비46015-263, 1997.08.29)의 유권해석에 의하여 쟁점매입세액에 대한 환급을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.12.24 이의신청을 거쳐 1999.04.14 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 고속철도 완공 후, 비록 법률에 의하여 강제된다고 할지라도, 자산과 부채를 일괄하여 철도청으로 승계시키므로 이는 법적으로 철도청이 재화와 용역을 공급받는 조건으로 청구법인은 부담하여야 할 부채를 철도청이 포괄하여 인수하는 것이므로 대가관계에 있는 유상공급에 해당되고, 또한, 법률상의 원인에 의하여 철도청에 포괄승계시키는 행위는 부가가치세법상의 재화와 용역의 공급에 해당되므로, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

청구법인은 국가를 대신하여 고속철도 건설사업을 영위한 사실상 정부업무를 대행하는 단체로, 정부출연금 및 자체차입금 등을 재원으로하여 고속철도사업을 수행하여, 준공 후에는 자산 및 부채를 그대로 철도청에 승계시키는 것이므로 동사업에 대한 대가관계는 없는 것으로 봄이 타당할 뿐만 아니라 재경원의 유권해석(소비 46015-263, 1997.08.29에서도 쟁점매입세액은 불공제대상으로 보고 있으므로 환급을 거부한 당초 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 처분청이 청구법인을 과세사업자로 보지 아니하여 쟁점매입세액을 불공제 한 처분이 정당한 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 한국고속철도 건설공단법 제18조 제1항 에서는 “철도청은 제7조의 규정에 의하여 공단이 건설한 고속철도와 고속철도의 역세권 및 고속철도 연변의 개발사업등과 관련하여 취득한 재산ㆍ시설 및 그 운영에 관한 권리(이하 ‘자산’ 이라한다)와 당해 자산과 관련된 채무 등의 의무(이하 ‘부채’ 라한다)를 각 사업이 종료되는 때에 이를 포괄하여 승계한다. 단서생략”이라고 규정하고 있다. 그리고, 부가가치세법 제7조 제1항 에서는 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나, 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 제12조 제1항 제18호에서는 “국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역”은 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입 또는 재화 및 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있으나, 같은조 제2항 제4호에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 철도청이 재화와 용역을 공급받는 조건으로 청구법인이 부담하여야 할 부채를 철도청이 포괄하여 인수하는 것이므로 대가관계에 있는 유상공급으로 보아야 하고, 법률상의 원인에 의하여 철도청에 포괄승계하여 소유권을 이전하는 행위이므로 부가가치세 과세사업에 해당되어 매입세액을 공제하여야 한다는 주장인 바, 청구법인은 자본금 없이 정부출연금 및 자체차입금등을 재원으로 국가를 대신하여 관련법률인 한국고속철도공단법 제18조 제1항에 의하여 청구법인이 건설한 고속철도와 고속철도의 역세권 및 고속철도 연변의 개발사업등과 관련하여 취득한 재산ㆍ시설 및 그 운영에 관한 권리와 당해 자산과 관련된 채무 등의 의무를 각 사업이 종료되는 때에 이를 포괄하여 철도청에 승계하도록 규정되어 있어, 이때 자산과 더불어 승계되는 부채는, 사업종료시에 있는 그대로만 승계하게 될 것이므로 자산의 반대급부로 볼 수 없어 청구법인은 사업종료시에 고속철도건설관련자산 등을 무상으로 철도청에 공급하는 것으로 판단되며, 또한, 청구법인이 고속철도를 건설하여 자산 등을 국가에 귀속시키는 것은 사실상 정부의 업무를 대행하는 것에 해당되며, 국가에서 직접 고속철도를 건설할 경우에 관련매입세액을 공제할 수 없는 점 등을 모아보면, 청구법인이 고속철도건설공사를 완료하여 이를 철도청에 인계하는 사업은 부가가치세가 과세되는 사업에 해당한다고 볼 수 없으므로 관련 매입세액을 공제하지 않은 당초 처분은 정당한 것(같은뜻: 재경원 소비46015-263, 1997.08.29 - 수도권신공항건설공단의 수도권신공항 건설사업은 부가가치세가 과세사업에 해당하지 않으므로 관련 매입세액은 공제되지 않는 것으로 해석한 바 있고, 신공항공단이나 고속철도공단 양자의 상황이 동일하다고 판단한 바 있음)으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 바 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.