판매사업장에서 면세포기신고를 한 경우에 면세포기의 효력은 제조사업장에서도 그 효력이 발생하므로 수출재화와 관련한 의제매입세액은 제조사업장에서 공제받을 수 있는 것임
판매사업장에서 면세포기신고를 한 경우에 면세포기의 효력은 제조사업장에서도 그 효력이 발생하므로 수출재화와 관련한 의제매입세액은 제조사업장에서 공제받을 수 있는 것임
○○세무서장이 1999.01.04 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 1,354,264,400원(1996년 1기분 186,437,680원, 1996년2기분 324,121,470원, 1997년1기분 245,314,650원, 1997년2기분 339,657,850원, 1998년1기분 258,732,750원)은 이를 취소한다.
청구법인은 정부재투자기관인 ○○냉장(주)의 지점법인으로 축산물을 도축 가공하여 포장육(이하 “쟁점재화”라 한다)을 일본에 수출하고 그 원재료에 대한 의제매입세액 1,231,149,254원(이하 “쟁점 의제매입세액”이라 한다)을 다음과 같이 매출세액에서 공제하여 신고한데 대해 처분청은 청구법인이 면세포기신고서를 제출하지 아니하였으므로 쟁점 의제매입세액은 공제대상이 아닌 것으로 보아 그 매입세액을 불공제하고 부가가치세 1,354,264,400원을 다음과 같이 경정결정 고지하였다. (단위: 천원) 기 별 수출금액 의제매입세액 고지세액 매입금액 공제율 세 액
1996. 1기 2,692,239 3,559,265 5/105 169,488 186,438
1996. 2기 5,693,459 6,187,773 5/105 294,655 324,121
1997. 1기 8,736,043 7,656,788 3/103 223,013 245,315
1997. 2기 15,196,111 10,301,439 3/103 308,779 339,658
1998. 1기 11,606,514 7,237,900 3/103 235,211 258,732 합 계 43,924,366 34,943,165 1,231,146 1,354,264 청구인은 이에 불복하여 1999.04.01 본 심사청구를 제기하였다.
청구법인이 쟁점 의제매입세액으로 공제받은 쟁점재화는 본점법인이 관할세무서에 면세포기신고서를 제출하고 수출한 것이므로 의제매입세액의 공제대상에 해당되어 의제매입세액공제신고에 따라 의제매입세액을 공제ㆍ환급하였음에도 처분청이 추후 그 신고가 잘못한 것으로 보아 이를 불공제한 과세처분은 신의칙에 위배되어 부당하다.
부가가치세는 사업장별 과세원칙에 따라 면세포기신고와 의제매입세액공제신고는 사업장별로 신고하도록 되어 있음에도 청구법인은 면세포기신고서를 제출한 사실이 없으므로 의제매입세액을 불공제한 과세처분은 정당하고, 처분청은 청구법인의 신고가 정당하다는 공적견해를 표명한 사실이 없으므로 본 건은 신의칙의 적용대상이 아니다.
② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.』라고 규정하고 있고 같은법 제12조 【면 세】 제4항에서 『사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용대상이 되는 것과 제1항 제11호ㆍ제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다』라고 규정하고 있으며 같은법 시행령 제47조 【면세포기신고】 제1항에서 『법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용대상이 되는 경우와 제37조 제1호에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하고 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 한다』라고 규정하고 있다. 같은법 제17조 【납부세액】 제3항에서 『사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 원재료로하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제62조 【의제매입세액계산】에서 『① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제받을 수 있는 금액은 부가가치세 면제를 받아 공급받은 면세 농산물 등의 가액에 총리령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 하고
② 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 하며
④ 제60조 제1항 및 동조 제2항의 규정은 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여 이를 준용한다』라고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙 제19조 【의제매입세액계산】 제1항에서 『영 제62조 제1항에서 “총리령이 정하는 을”이라 함은 103분의 3을 말한다.(1995.03.31개정)』라고 규정하고 있고 같은법 시행규칙 부칙(1993.12.31, 재무부령 제1957호) 제5조 【의제매입세액공제율에 관한 경과조치】에서 『제19조의 개정규정을 적용함에 있어서 제조업을 영위하는 사업자에 대하여는 1996년 12월 31일까지는 종전의 규정에 의한다』라고 규정하고 있으며 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】에서 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다』라고 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 ○○도 ○○군에 소재한 최첨단 육가공시설을 갖춘 종합육가공 공장으로 1996년부터 축산농가로부터 수매한 생돈을 도축 가공하여 부산물은 청구법인이 직접 국내에 판매하고, 가공제품중 일부는 서울에 소재한 본사의 판매조직을 통하여 일본으로 수출하고, 나머지는 국내시장에 판매하였다.
(2) 청구법인이 생산한 제품에 대한 의제매입세액은 부산물가액을 차감한 원재료매입가액을 수출품과 내수품의 중량기준으로 안분계산한 후 그 가액에 의제매입세액공제율 5/105(1997년 이후는 3/103)을 곱하여 계산하고, 그 금액을 매출세액에서 차감하여 신고한 사실이 부가가치세 신고서 및 의제매입세액공제신고서에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인의 본사가 1991.04.29 관할세무서인 ○○세무서에 면세포기신고서를 제출한 사실과 청구법인이 1998.03.19 관할세무서인 ○○세무서에 면세포기신고서를 제출한 사실이 그 사본에 의하여 각각 확인된다.
(4) 청구법인이 5개 과세기간동안 의제매입세액공제신청서를 제출하고 공제받은 의제매입세액중 1998.03.19 면세포기신고서를 제출하기 직전까지 공제받은 의제매세액이 공제대상이 아닌 것으로 보아 쟁점의제매입세액을 불공제하여 과세한 사실이 부가가치세 및 경정결의서 및 조사복명서에 의하여 확인된다. 관계법령과 사실관계를 종합하여 심리 판단한다. 전시한 법령에 의하면, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자중 부가가치세 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 영세율 적용대상이 되는 재화의 공급에 대하여 관할세무서장에게 면세포기신고서를 제출하여 부가가치세 면제를 포기할 수 있다고 규정하고 있다. 본사에서 제출한 면세포기신고서가 지점법인에도 효력이 있는지에 대해 살펴보면, 부가가치세는 사업장별 과세원칙에 따라 면세포기신고서와 의제매입세액공제신고서는 사업장별로 제출하는 것이 원칙이지만, 본 건과 같이 총괄납부승인을 받은 청구법인(제조사업장)이 원재료를 매입하여 면세재화를 생산하고 이를 내부거래를 통해 본사(판매사업장)에서 수출하는 경우 수출시 면세재화가 과세재화로 전환되어 수출되는 것이므로 면세포기신고서는 수출하는 사업장에 제출하는 것도 무방한 것으로 판단된다. 왜냐하면, 제조사업장에서 생산된 재화는 내부거래를 통해 판매사업장에 보내지게 되므로 제조사업장의 경우 재화를 수출한 사실이 없어 면세포기효력이 없고, 판매사업장의 경우는 제조한 사실이 없어 의제매입세액을 공제받지 못하여 결과적으로 제조사업장에만 제출된 면세포기신고서는 실효성을 확보할 수 없기 때문이다. 그렇다면, 면세포기신고제도는 면세재화를 수출하는 사업자에 대한 조세지원제도로서 재화가 수출되는 시점에서 그 효력이 발생하는 것이고, 의제매입세액은 제조사업장이 공제받는 것으로 판단되어 청구법인의 본사가 부가가치세법 제12조 제4항 및 같은법 시행령 제47조 제1항에 의하여 면세포기신고서를 제출하고 재화가 수출된 경우라면 지점의 쟁점재화가 내부거래로서 본점에 이전된 것이므로 그 수출재화를 생산한 청구법인이 의제매입세액공제신고서를 제출하고 공제받는 의제매입세액은 지점에 면세포기신고서가 제출되지 않았다 하더라도 본사가 신고한 면세포기신고서 사본이나 의사에 따라 이루어진 것으로 보여진다. 한편, 청구법인이 제시한 종업원의 업무노트 기록에 의하면 청구법인의 본사가 관할세무서에 신고한 면세포기신고서 사본이 1996년 1기 부가가치세 확정신고시 청구법인의 관할세무서에 제출된 사실이 인정되는 바, 이는 청구법인이 관할세무서에 면세포기의사를 표시한 것으로 볼 수 있다 하겠으며, 특히 청구법인이 1996년 1기부터 1998년 1기까지 5개 과세기간동안 의제매입세액공제신고를 하고 그 세액을 공제ㆍ환급받았다면 이는 청구법인이 지속적으로 면세포기의사를 표시한 것으로 보아야 한다. 이러한 정황으로 비추어 볼 때, 청구법인은 부가가치세법 제17 제3항에 의하여 의제매입세액을 공제받을 수 있다고 판단되므로 처분청이 의제매입세액을 불공제한 과세처분은 잘못인 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.