준공검사시 국가비귀속자산으로 분류된 시설물의 공사비가 과세대상인지 여부

○○세무서장이 청구공단에게 1999.01.02 경정고지한 1995.1기분 부가가치세 118,191,890원, 1995.2기분 부가가치세 12,000,860원, 1996.2기분 부가가치세 245,616,780원 및 1997.2기분 부가가치세 30,819,645,270원 합계 부가가치세 31,195,454,800원은, 1995~1997중 준공한 컨테이너부두 공사중 항만법 제17조 제1항 단서 및 동법 시행령 제17조 제1항의 규정에 의하여 국가비귀속으로 분류된 시설물의 공급가액을 확인후 이를 과세대상에서 제외하여 재경정하며, 나머지 청구는 기각한다.

청구공단은 컨테이너부두의 효율적 개발 및 관리운영을 위하여 한국컨테이너부두공단법에 의하여 설립된 무자본 특수법인으로서 컨테이너부두를 건설하여 해양수산청에 귀속시키고 무상 사용허가를 받아 하역회사 등에 임대하고 있으며, 항만시설의 국가귀속과 관련하여 1995~1997중 준공한 컨테이너부두 공사에 소요된 총 공사비 6,615억원중 해양수산청이 국가귀속자산으로 분류한 시설물의 순공사비 3,698억원만 부가가치세 과세대상으로하여 자진신고 납부하고, 가호안등 국가비귀속으로 분류된 시설물의 공사비(이하“쟁점시설물의 공사비”라한다)에 대하여는 부가가치세 신고 제외하였다. 처분청은 청구공단에 대한 법인세 정기분 조사시 국가비귀속자산으로 분류된 시설물도 무상사용수익 조건의 항만공사와 관련된 항만시설로서 당연히 국가에 귀속되는 것으로 보아 건설자금이자등 간접비를 합한 총공사비를 과세표준으로하여 1995.1기분 부가가치세 118,191,890원, 1995.2기분 부가가치세 12,000,860원,1996.2기분 부가가치세 245,616,780원 및 1997.2기분 부가가치세 30,819,645,270원 합계 4매 부가가치세 31,195,454,800원을 경정결의하여 1999.01.02 청구공단에게 고지하였다. 청구공단은 이에 불복하여 1999.03.31 이건 심사청구를 제기하였다.

(1) 처분청은 청구공단이 1996.08.13 해양수산부에 제출한 보고서에 준공예정 항만시설중 컨테이너크레인을 제외한 모든 시설물을 국가귀속 대상으로 보고하였다는 이유로 1998.03.19과 1998.07.15 발행된 준공확인필증상 귀속ㆍ비귀속 구분을 무시하고 국가비귀속 구분된 자산도 국가귀속자산으로 간주하였으나, 위 1996.08.13자 보고서는 해양수산부가 안전점검 실시와 관련하여 항만시설 현황을 파악하고자 비관리청 항만공사 및 시설물 현황을 보고토록 지시함에 따른 것으로서 동 보고서상에 국가귀속으로 기재되었다하여 국가귀속으로 확정되는 것이 아니고, 준공된 항만시설의 국가귀속여부는 항만법 제17조 및 같은법 시행령 제17조의 규정에 의하는 것으로서, 해양수산청과의 협의를 거쳐 위 법령에 적합하게 국가 귀속자산과 비귀속자산을 구분하였고 해양수산청이 확정하여 준공확인필증으로 확인한 것이므로 ○○해양수산청장등이 청구공단에게 발급한 준공확인필증상의 국가귀속자산만이 기부채납자산으로서의 부가가치세법상 과세대상으로 보아야 한다.

(2) 무상사용기부자산의 부가가치세 과세표준은 해양수산청과 협의하여 결정된 건설자금이자등 간접비를 제외한 순공사비에 의하여 결정하여야 한다.

(3) 부가가치세는 소비세로서 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수하는 것이나, 항만법상 항만공사와 관련된 총사업비의 범위에서 공바시등 뿐만 아니라 항만시설을 국가 등에 기부채납함에 따른 부가가치세도 총사업비의 범위에 포함되어, 동 부가가치세를 국가로부터 거래징수하지 아니하고 청구공단이 직접 납부하고 있어 세금계산서 교부의무가 없음에도 세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 가산세를 부과함은 부당하다.

(4) 국가귀속자산중 항만 진입도로는 공공도로로서 대가성이나 배타적사용권이 없으므로 부가가치세법상의 과세대상거래로 볼수 없다.

(1) 청구공단이 국가 비귀속자산이라고 주장하는 가호안, 급ㆍ배수시설, 울타리, 포장, 박지준설, 옥외가스시설 등은 항만 시설과 구분할 수 있는 별개의 시설이 아니라 항만시설과 일체를 이루어 부두기능을 발휘하는 하나의 시설로서, 청구공단이 1996.08.13일 해양수산부에 제출한 국가 귀속, 비귀속시설현황의 공문에 의하면 ○○항 4단계 컨테이너 터미널 축조공사 등의 항만시설 중에 하역장비인 컨테이너크레인만 비귀속자산으로 분류하였을 뿐 그 외의 시설물은 전부 국가에 귀속한다고 되어있으며, 청구공단이 조성하여 국가에 귀속시킨 6개의 항만시설 중 ○○항 4단계 콘테이너 터미널과 ○○항 1간계 컨테이너 터미널이외의 4개 항만시설은 포장ㆍ배구시설 및 전기시설 등 관련 일체를 국가에 귀속 시켰을 뿐아니라, 청구공단이 비귀속자산이라고 주장하는 시설물은 항만시설에 부속된 종물로서 별개의 자산으로 분류할 수 없는 “항만시설”로서 당연히 국가에 귀속되어야 할 자산이므로 과세대상이다. 다만 항만시설운영(수익사업)을 위하여 청구법인의 전용목적으로 설치한 하역장비인 컨테이너크레인은 국가귀속대상 제외자산으로 비귀속자산에 해당된다.

(2) 항만시설의 조성을 목적으로 설치된 부서에 종사하는 직원의 인건비,경비,공사비에 충당된 차입금의 지급이자등은 항만시설의 공사원가에 포함되는 것으로서 부가가치세 과세표준의 결정은 총사업비에서 부가가치세를 제외한 금액으로 하여야 한다.

(3) 항만시설을 국가에 기부하고 무상사용수익권을 취득한 경우에는 부가가치세 과세대상이 되고 이에따라 당연히 세금계산서를 교부하여야 하다.

(4) 항만진입도로는 항만시설의 일부분으로서 국가에 기부채납하고 무상사용수익권을 취득한 것이므로 부가가치세법상의 과세대상이다.

• 가. 해양수산청의 컨테이너부두 준공검사시 국가비귀속자산으로 분류된 쟁점시설물의 공사비가 부가가치세법상 과세대상에 해당하는지 여부

(1) 사실관계

○○ㆍ○○해양수산청은 1995~1997중 준공된 아래 항만시설에 대한 국가귀속ㆍ국가비귀속자산을 구분 분류하여 준공확인필증(별첨 참조)을 교부 (1998.03.19, 1998.07.15)한 사실이 ○○해양수산청장 및 ○○해양청장이 발행한 사실확인서 및 준공확인필증에 의하여 확인되고 있다. ※ 항만시설별 사업비 내역 (단위: 백만원) 항만시설명 준공일자 합계 귀속 비귀속 귀속ㆍ비귀속 직접비 직접비 간접비 일반공작물 하역장비 소계 공단사옥 1995.06.19 4,171 3,912 0 0 0 259

○○부두 1996.08.24 33,723 10,403 0 22,971 22,971 349

○○부두 1997.07.25 19,364 18,534 0 0 0 830

○○부두 1997.11.02 44,982 25,870 0 17,8830 17,883 1,229

○○항 4단계 1997.12.31 311,891 173,076 78,928 40,175 119,103 19,712

○○항 1단계 1997.12.22 247,377 137,988 52,909 39,323 92,232 17,157 합계 661,508 369,783 131,837 120,352 252,189 39,536 청구공단은 컨테이너부두의 효율적 개발 및 관리운영을 위하여 한국컨테이너부두공단법에 의하여 설립된 무자본 특수법인으로서 컨테이너부두를 건설하여 해양수산청에 귀속시키고 무상 사용허가를 받아 하역회사 등에 임대하고 있으며, 항만시설의 건설과 관련하여 1995~1997중 준공한 컨테이너부두 공사에 소요된 총공사비 6,615억원중 해양수산청이 국가귀속자산으로 분류한 시설물의 순공사비 3,698억원만 부가가치세 과세대상으로 하여 자진신고 납부하고, 가호안등 국가비귀속으로 분류된 시설물에 대하여는 부가가치세 신고 제외하자, 처분청은 청구공단에 대한 법인세 정기분 조사시 국가비귀속자산으로 분류된 시설물을 무상사용수익 조건의 항만공사와 관련된 항만시설로서 당연히 국가에 귀속되는 것으로 보아 건설자금이자등 간접비를 합한 총공사비를 과세표준으로 하여 경정결의한 사실이 경졍결의등 관련증빙에 의하여 확인되고 있다.

(2) 관계법령 부가가치세법 제1조 (과세대상) 제1항에서 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입거래에 대하여 부과한다고 규정하고 있다. 항만법 제12조 제1항 에서 비관리청은 항만공사를 완료한 때에는 지체없이 공사준공보고서를 관리청에 제출하고 준공확인을 받아야 하고, 제17조 제1항에서는 제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은법 시행령 제17조 제1항에서는 법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 항만시설은 다음 각호와 같다고 규정하고 있다.

1. 하역장비시설, 화물의 이송시설, 배관시설 및 계근시설

2. 싸이로(국가의 소유로 되어 있는 싸이로를 비관리청이 증축하는 경우를 제외한다)ㆍ저유시설ㆍ헛간 및 위판장 시설

3. 선박이나 수상구조물의 건조 등을 위하여 설치한 시설

4. 설치자의 전용목적으로 설치한 돌핀ㆍ부잔교ㆍ계선부표등 계류시설과 선가대 및 얼음의 생산공급시설

5. 선박승무원을 위한 휴게소ㆍ숙박소ㆍ진료소 및 위락시설 등 후생복지시설

6. 항만종사자를 위한 교육ㆍ연수시설

7. 항만시설을 사용하는자의 업무용시설

8. 기타 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 필요가 없다고 인정하는 시설

(3) 판단 항만시설의 국가 귀속여부는 항만법령에 의하여 결정되는 것으로 ○○ㆍ○○해양수산청과 청구법인간의 협의를 거쳐 준공확인필증에 쟁점시설물을 국가비귀속으로 구분 표시하여 준공하였고, 이건 심사청구 심리자료로 제출된 해양수산청의 사실확인서에도 국가비귀속으로 구분 표시된 사실이 확인되고 있으며, 국가비귀속의 사유는 비귀속시설 대부분이 영구시설이 아닌 상시운영중에 유지, 보수 및 새로이 대체 설치가 필요한 시설로서 시설의 효율적 관리를 위하여 국가에 귀속시킬 필요가 없다고 판단하였기 때문인 것으로 보이는 바, 공적문서인 해양수산청의 준공확인필증과 사실확인서상 쟁점시설물이 국가비귀속자산으로 구분 표시되어 있다면 이는 일응 위 항만법령의 규정에 부합되게 국가 비귀속자산으로 결정된 것으로 인정하여야 할 것이므로, 쟁점시설물이 국가에 사실상 귀속된 것으로 간주하여 동 시설물의 공사비를 과세대상에 포함한 처분청의 처분은 부당한 것으로 파단된다.

• 나. 국가귀속자산에 대한 부가가치세 과세표준을 해양수산청과 합의된 순공사비에 의할 것인지 도는 총사업지(부가가치세 제외)에 의할 것인지

(1) 사실관계 청구공단은 항만시설의 건설과 관련하여 1995~1997중 준공한 컨테이너부두 공사에 소요된 총공사비중 해양수산청이 국가귀속자산으로 분류한 시설물의 순공바시만을 부가가치세 과세표준으로 하여 자진신고 납부하였으나, 처분청은 순공사비외에 건설자금이자등 간접비를 합한 총공사비를 과세표준으로 하여 경정결의한 사실이 경정결의서 등 관련증빙에 의하여 확인되고 있다.

(2) 관계법령 부가가치세법 제13조 (과세표준) 제1항 2호에서 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한, 항만법 제17조 제3항 에서 비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있고, 같은법 시행령 제18조 제1항에서는 법 제17조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 총사업지는 당해 항만공사의 준공확인일을 기준으로하여 당해 항만공사와 관련된 다음 각호의 기준에 따라 산정한 제비용을 합산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

1. 조사비 2. 설계비 3. 공사비 4. 보상비 5. 부대비 6. 건설이자 7. 부가가치세 8. 이윤

(3) 판단 재화나 용역을 공급하고 금전이외의 대가를 받는 경우공급한 재화나 용역의 과세표준은 시가에 의하는 것인바, 신축건물의 시가는 건축에 소요된 총비용을 말하는 것으로서, 항만시설의 조성을 목적으로 설치된 부서에 종사하는 직원이 인건비,경비,공사비에 충당된 차입금의 지급이자등은 항만시설의 공사원가에 포함되는 것이고, 항만법 제17조 제2항 및 동법 시행령 제18조에서 총사업비의 범위를 조사비,보상비,부대비,건설이자,부가가치세 및 이윤 등 제비용을 합산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 점으로 보아 상기 항만시설의 제작원가 및 부대비용과 건설자금이자 등을 합산한 금액을 국가귀속자산의 시가로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 국가에 귀속시킨 국가귀속자산에 대하여 부가가치세 과세표준을 전시법에서 규정한 총사업비 범위중 부가가치세를 제외한 금액으로 결정한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.(국세청 부가46015-1021, 1997.05.08 같은 뜻임)

• 다. 국가귀속시킨 데에 따른 과세거래에 대하여 세금계산서 미교부가산세등을 적용한 처분이 정당한지 여부

(1) 사실관계 청구공단은 항만공사와 관련된 총사업비의 범위에 부가가치세도 포함되어 있어 사실상 국가귀속에 따른 부가가치세를 국가등으로부터 거래징수하지 아니하고 청구법인 직접 납부하므로 세금계산서 교부의무가 없는 것이라 하여 세금계산서를 발행하지 아니한 사실이 부가가치세 신고서등 관련증빙에 의하여 확인되고 있고, 이부분에 대하여는 서로 다툼이 없다.

(2) 관계법령 부가가치세법 제16조 제1항 에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 세금계산서를 교부하여야 한다고 규정하고, 같은법 제16조 제4항 및 동법 시행령 제57조에서 다음각호에 규정하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 교부하지 아니할수 있도록 규정하고 있다.

1. 택시운동ㆍ노점ㆍ행상 기타 재무부령이 정하는 사업을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역

2. 소매업 또는 목욕ㆍ이발ㆍ미용업을 영위하는 자가 공급하는 재화 또는 용역

3. ~6호는 생략함 같은법 제22조 제2항 제1호에서는 사업자가 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에는 그 공급가애에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있다. 또한, 항만법 시행령 제18조 제1항 에서는 법 제17조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 총사업비는 당해 항만공사의 준공확인일을 기준으로하여 당해 항만공사와 관련된 다음 각호의 기준에 따라 산정한 제비용을 합산한 금액으로 한다고 규정하고,

1. 조사비 2. 설계비 3. 공사비 4. 보상비 5. 부대비 6. 건설이자 7. 부가치세 8. 이윤 동 부가가치세는 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 토지 및 항만시설을 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 경우 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 납부하는 세액을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 판단 부가가치세법 제16조 제4항 및 동 시행령 제57조에서 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우를 규정하고 있는 바, 모든 과세사업자는 동 규정에서 정한 경우이외에는 세금계산서를 교부하여야 하는 것으로서, 청구공단의 국가귀속에 따른 과세거래는 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우에 해당되지 아니하고, 이 건의 경우와 같이 사업자가 항만시설 등을 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 사용할 것을 조건으로 국가귀속시키는 것은 세금계산서를 교부하여야하는 부가가치세 과세대상거래(국세청부가46015-391,1995.02.27)로서 세금계산서를 교부하여야 함에도 불구하고 이를 교부하지 아니하였으므로 세금계산서 미교부가산세등을 부과한 처분청의 처분은 타당한 것으로 판단되다.

• 라. 국가귀속된 자산중 항만의 진입도로가 과세대상에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.

(1) 사실관계 청구공단은 1995~1997중 준공한 항만의 배후 진입도로 70,792㎡를 준공하여 국가에 귀속하였으나, 배후진입도로는 공공도로로서 청구공단에게 배타적사용권이 없어서 대가성이 없는 것이라고 판단하여 부가가치세 신고를 누락하였고, 처분청은 이건 배후진입도로도 항만시설의 일부분으로 부가가치세법상의 과세대상으로 보아 경정결의한 사실이 경정결의서등 관련증빙에 의하여 확인되고 있다.

(2) 관계법령 부가가치세법 제7조 제7항 에서 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 판단 청구공단은 국가귀속자산중 항만 진입도로는 공공도로로서 대가성이나 배타적사용권이 없다하여 과세대상거래로 볼수 없다고 주장하고 있으나, 항만시설을 준공하여 시설물을 국가에 귀속시킨다는 부관에 따라 한 항만진입도로 등의 준공 후 귀속행위와 그 항만시설의 무상사용수익권과는 실질적 경제적 대가관계가 있다고 할 것이고, 항만진입도로를 국가 등에 귀속시킴으로써 그 대가로 그 경제적 가치에 상응하는 만큼의 무상사용수익권이 더 주어졌다고 보아야 할 것이므로, 항만진입도로의 준공후 귀속행위 역시 부가가치세 과세대상 거래에 해당된다 할것으로서 청구주장은 이유 없는 것으로 판단된다. 따라서, 청구주장 가~라와 같이 심리한바 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.