귀속이 불분명한 공통매입세액을 안분계산 방법

○○세무서장이 1999.03.09 청구인에게 결정고지한 1997년 2기분 부가가치세 9,429,520원의 처분은 신고납부불성실 가산세 857,230원을 제외하고 경정하고 나머지는 이를 기각한다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 335.50㎡, 주택 250.74㎡,근린생활시설 770.3㎡(이하“쟁점부동산”이라 한다)를 1997.10.23 ○○건설(주)로부터 1,015,000,000원에 매입하고 건물분에 대한 공급가액 550,000,000원 세액 55,000,000원의 세금계산서를 교부받아 1997.11.21 부가가치세 환급신청시 매입세액 55,000,000원을 환급신청하였다. 처분청은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 단서규정에 의하여 과세면적과 면세면적을 구분할 수 있는 경우에는 면적비율로 안분계산하게 되어 있으므로 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 면세관련 매입세액을 불공제하여 1999.03.22 청구인에게 부가가치세 9,429,520원을 추가로 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.03.26 심사청구를 제기하였다.

청구인이 매입한 쟁점부동산은 주상복합건물로서 층별 용도별 가격차가 매우 크므로 적정한 층별의 가격을 결정한 다음 안분계산함이 원칙인데도 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 과세한 처분은 부당하며, 경정청구에 의거 처분청이 부가가치세를 환급한후, 당초 결정이 잘못된 것을 알고 환급세액을 추징함에 있어 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

쟁점부동산은 과세면적과 면세면적이 구분이 되므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 단서 규정에 의거 공통매입세액을 과세사업과 면세사업의 면적비율로 안분계산하여 면세관련 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 귀속이 불분명한 공통매입세액을 안분계산함에 있어 과세사업과 면세사업의 사용면적 비율에 의거 면세관련 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부와 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세 제17조 제2항 제4호 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산을 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다 다만,예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는때에 정산한다 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ”으로 규정하고, 총공급가액 제4항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순서에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다

1. 총매입가액(공통매입세액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정면적사용의 비율로 규정되어 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구인은 쟁점부동산을 ○○건설(주)로부터 1,015,000천원에 매매하기로 1997.10.13 계약을 체결하고 계약시 계약금 100,000천원을 지급한후 1997.10.15 중도금 450,000천원을 지급하고 잔금 465,000천원은 1997.10.23 지급과 동시에 건물분에 대한 공급가액 550,000천원, 세액 55,000천원의 세금계산서를 교부받아 1997.11.21 월별조기환급신고한데 대하여, 처분청은 건물분에 대한 매입세액중 면세(주택면적분)관련 매입세액 13,506,522원과 가산세 1,350,652원을 차감하여 부가가치세 40,142,826원을 환급하였다.

(2) 청구인은 부가가치세 환급세액이 부당하다하여 공통매입세액을 안분계산함에있어 과세.면세공급가액 비율로 재정산하여야 한다는 내용으로 1998.02.04 과세표준 및 세액의 경정청구한데 대하여, 처분청이 1998.04.27 추가로 부가가치세 8,572,298원을 환급하였음이 관련서류에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 ○○청 감사시 현지시정 지시를 받고 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 단서 규정에 의거 과세면적과 면세면적이 구분되므로 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 부가가치세 9,429,528원(가산세 857,230원)을 경정결정하였음이 조사서 및 부가가치세 결정결의서에 의거 확인된다. 그렇다면, 청구인이 매입한 쟁점부동산의 과세면적과 면세면적이 구분되는 경우 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 과세한 처분이 정당한지에 대하여 살펴보면. 이건 관련 법령에의하면, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율에의하여 면세관련 매입세액을 불공제한다고 규정하고 있고 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통매입세액을 안분하는 방법의 순위를 ① 매입가액비율,②예정공급가액비율,③예정사용면적비율로 하도록 규정되어 있으며, 다만,건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적비율을 위의 ①,②에 우선하여 적용한다고 규정하고 있는바, 이건의 경우 청구인이 매입한 쟁점부동산의 용도는 근린생활시설 및 주택으로서 건물총면적 1,021.04㎡중 지하1층~지상4층 면적 770.3㎡은 근린생활이고, 지상 5층,6층 면적 250.74㎡은 주택으로 사용하고 있는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 과세면적과 면세면적이 구분이 되는데 반해, 건물분에 대한 공통매입세액은 면세분과 과세분이 구분되지 않으므로 귀속이 불분명한 것으로 판단된다. 위와같은 사실을 종합하여 보면 건물분에 대한 공통매입세액은 실지귀속이 불분명하므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 단서 규정에 의하여 과세,면세면적 비율로 매입세액을 안분계산하여 경정고지한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 한편, 처분청은 청구인이 공통매입세액을 면세.과세공급가액 비율로 재정산하여 환급하여 달라고 경정청구에 대하여 부가가치세를 환급한후, 당초 결정이 잘못되었다는 이유로 환급한 부가가치세 추징시 가산세를 적용하였으나, “가산세”라함은 세법에 규정하는 의무를 태만히 함으로서 각세법이 규정하는 바에 따라 본세에 가산하여 부과하도록 규정되어 있고, 환급세액을 증가시키는 경정 등의 청구는 정부가 조사결정하도록 규정되어 있는바, 이건의 경우, 청구인이 신고한 경정청구서에 대하여 처분청이 조사에 의거 정당한 것으로 판단하여 부가가치세를 환급하였으며, 이는 처분청의 판단 잘못에 기인한 것일뿐 청구인이 세법에 규정한 의무를 해태한 것으로 볼 수는 없다고 하겠다. 이러한 사실로 보아 당초 환급세액을 추징함에 있어 신고.납부불성실 가산세 857,229원을 가산하여 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부는 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에의하여 주문과 같이 결정한다.