계산서를 교부받은 후 수정세금계산서를 교부받을 시 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 1998.12.24 청구인에게 경정청구에 의한 1997.2기 확정분 부가가치세 환급거부통지는 거래처 ○○로부터 교부받은 1997.2기 확정분 매입세금계산서 16매 294,003,900원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 이를 경정한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 사업장에서 핸드백 임가공 및 수출업을 경영하는 자로 1997년 2기 확정기간중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 지하 ○○번지에 사업장을 둔 ○○ ○○○(이하“거래처 ○○”라한다)로부터 계산서 16매 294,003,900원을 교부받아 1997.2기 확정분 부가가치세 신고하였으나 1998.10.09 정상세율을 적용한 수정매입세금계산서 16매 294,003,900원을 첨부하여 부가가치세 매입세액 환급을 경정청구하였다. 처분청은 당초 면세거래분으로 보아 계산서를 교부받은 경우 수정세금계산서를 교부받았다하더라도 경정청구의 대상이 될 수 없다하여 1998.12.21 환급거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.02.11 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 거래처 ○○가 발행한 계산서를 영세율 매입세금계산서로 잘못 알고 교부받았으나 곧바로 시정하여 1997.2기 확정기간내에 영세율 세금계산서를 정당하게 재교부받았으나, 거래처 ○○는 영세율 매출세금계산서합계표를 기한내에 정당하게 신고하였고 이후 정상세율을 적용한 수정세금계산서를 발행 청구인에게 교부하여 경정청구기한 내에 수정세금계산서를 첨부하여 경정청구하였으므로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급하여야 한다.

당초 면세 계산서를 교부받아 신고한 경우 공급시기 이후 수정세금계산서를 발행할수 없어 경정청구에 의하여 환급할 수 없다.

• 가. 쟁점 1997.2기 확정 부가가치세 신고시 매입계산서합계표에 기재하여 제출하였으나 거래상대방은 영세율매출세금계산서 매출분으로 정당하게 신고한 경우, 그 후 정상세율 적용에 따른 수정세금계산서를 교부받아 경정청구할 때 이를 매입세액에서 공제할수 있는 지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 는 제1항에서 매출세액에서 공제되는 매입세액에 관한 사항을 규정하면서 제2항에서는 매입세액이 공제되지 아니하는 사항을 제1호에서 제5호에 걸쳐서 정하고 있는 데, 같은 조 제12항 제1호는 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 다른 경우의 매입세액”은 매출세액에서 공제되지 아니하도록 하면서 같은항 단서에서 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 하여 본문에 해당되어 매입세액이 공제되지 아니한다 할지라도 단서에 해당되는 경우에는 매입세액이 공제되도록하고 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 같은 법 시행령 제1항 제1호 및 1의2호의 규정에서, 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정(세금계산서)에 의하여 교부받온 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서 합계표를 과세표준수정신고시 또는 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 정정하는 경우에는 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997년2기 과세기간중 거래처 ○○로부터 쟁점계산서를 교부받아 1997.2기 확정 부가가치세 신고시 매입계산서합계표에 기재하여 제출하였으며,이후 1998.10.09 수정매입세금계산서를 첨부하여 부가가치세 환급 경정청구하였다. 이에 처분청은 당초 면세 계산서를 교부받아 신고한 경우 수정신고의 대상이 아니므로 경정청구에 의하여 환급할수 없다하여 환급거부통지하였다.

(2) 청구인은 거래처 ○○의 착오로 계산서용지로 발행된 영세율매입세금계산서를 세무대리인의 착오로 면세분 거래로 그대로 신고하였으나, 거래처 ○○는 1997.2기 부가가치세 확정신고시 영세율 매출로하여 정당하게 신고한 이후 1998.10.01 정상세율을 적용함에 따른 수정매출세금계산서를 발행하여 98.10.31 관련 부가가치세를 납부하였고, 청구인도 1997.2기 부가가치세 확정신고기한 이내에 정당한 세금계산서를 재교부 받은 이후 거래처 ○○로부터 1998.10.01 수정세금계산서를 교부받아 이를 첨부하여 경정청구하였으므로 매입세액으로 공제하여야 한다는 주장이고 처분청은 당초 면세 계산서를 교부받아 신고한 정우 수정신고의 대상이 아니므로 경정청구에 의하여 환급할수 없다는 의견으로

(3) 이건의 경우 1998.10.01 경정청구시 청구인이 거래처 ○○로부터 교부받은 수정세금계산서가 정당한 수정세금계산서에 해당하는 지를 가리는 데 있어 전시법 규정에 의하면 수정세금계산서는 세금계산서를 교부한 후 당해 세금계산서의 기재 사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우와 당초교부한 세금계산서의 공급가액에 추가되는 금액, 즉 증감사유가 발생한 경우에 교부하여야하고 당초에 세금계산서를 교부하지 아니하였거나 세금계산서의 교부시기에 적법하게 세금계산서를 교부하지 아니한 경우와 면세거래로 보아 계산서를 발부한 경우에는 세금계산서를 교부하지 아니한 경우에 해당하므로 수정세금계산서를 교부 할수 없는 것인 바 사실을 살펴보면, 첫째, 거래처 ○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○시장 지하 ○○번지에서 가방도소매업을 영위하는 사업자로 수출용 가방 등을 거래처에 납품하고 있으며 청구인과는 1997.01월부터 거래하여 1997.1기 부가가치세 기간중에 영세율매출공급가액을 세금계산서 2매 44,275,000원, 1997.2기 예정기간중 영세율매출공급가액을 세금계산서 5매 38,190,000원, 1997.2기 확정기간 중에 영세율매출공급가액을 세금계산서 16매 294,003,900원으로 하여 부가가치세 법정신고기한 내에 신고하면서 이건 관련된 쟁점계산서상의 공급가액 294,003,900원도 영세율매출세금계산서 교부분으로하여 신고한 사실이 청구외 거래처 ○○의 부가가치세 신고시 첨부된 매출처별세금계산서 합계표에 의하여 확인되고 있으며, 둘째, 거래처 ○○는 1997.2기 확정기간중에 영세율 적용되는 것으로 보아 영세율세금계산서를 교부하였으나 추후에 영세율이 적용되지 아니한 정상세율을 적용하여 수정세금계산서를 발행 1998.10.01 부가가치세 수정신고하였고, 남산세무서장은 무납부 결정고지하여 1998.10.31 관련 부가가치세를 납부한 사실이 부가가치세 수정신고서 및 납세고지서겸 영수증서에 의하여 확인되고 있다. 셋째, 거래처 ○○는 당초 영세율매출세금계산서를 교부한 것을 착오로 계산서 서식을 이용하여 교부하였지만 즉시 계산서를 폐기토록하고 영세율세금계산서를 교부하고 영세율매출분으로하여 정당하게 신고하였다고 사실확인서를 첨부하여 확인하고 있으며, 거래처인 청구외 ○○가 발행한 당초 계산서를 보면 서식은 계산서이나 비고란에 “임가공(영세율)”로 기재하여 교부한 점으로 보아 영세율세금계산서를 교부할 것을 착오로 계산서서식으로 교부하였었다는 청구주장은 사실인 것으로 보여진다.

(4) 위와 같은 사실로 미루어 볼때, 거래 ○○는 이건 재화를 1997.2기중 청구인에게 공급하면서 착오로 계산서를 교부하였다가 같은 과세기간내에 영세율세금계산서를 재교부하였고, 이건 재화의 거래가 영세율이 아닌 정상세율 적용대상인 사실을 뒤늦게 알고 법정신고기한 내에 적법하게 수정세금계산서를 교부한 것으로 인정된다. 그렇다면, 청구인이 적법한 세금계산서를 교부받으면서 거래징수 당한 매입세액의 환급을 요구하는 내용의 경정청구는 적법하다 할 것이므로 환급을 거부한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.