실물거래 없는 가공세금계산서로 본 처분에 대해 실지 자재를 매입했다는 주장

○○세무서장이 1998.12.13 청구인에게 결정고지한 1996년 제1기분 부가가치세 1,187,990원의 부과처분은

1. 청구인이 1996년 제1기 부가가치세 확정신고시 매출세액에서 불공제한 매입세액 631,689원을 처분청이 경정시 불공제한 매입세액에서 차감하여 세액을 재경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

처분청은 청구인이 청구외 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○ 대표 ○○○로부터 교부 받은 1996년 1기분 매입세금계산서 2매(공급가액 9,900,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래 없는 가공매입세금계산서로 보아 관련매입세액 990,000원을 매출세액에서 불공제하고 1996년 1기분 부가가치세 1,187,990원을 1998.12.13 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청(1998.12.21신청, 1999.01.27기각결정)을 거쳐 1999.02.10 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점세금계산서는 청구외 ○○으로부터 실지로 자재를 매입하고 교부받았으므로 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다.

대금결제사실이 확인되는 4,545,454원은 실제 공급자로부터 교부받지 않은 사실과 다른 세금계산서의 금액이고, 나머지 4,954,546원은 실물거래 없이 교부받은 가공매입 세금계산서의 금액이므로 관련매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제한다고 규정하고, 제2항 제1의 2호에서는 교부 받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 정우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한, 같은법 시행령 제61조 제1항 및 제4항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액중 면세사업에 관련된 매입세액은 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○상가빌라를 신축하면서 청구외 ○○으로부터 자재를 매입하고 1996.05.20자 공급가액 3,960,000원 및 1996.06.29자 공급가액 5,940,000원의 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하는 바 쟁점세금계산서가 정당하게 교부받은 세금계산서 인지를 살펴보면, 첫째, 처분청이 동래세무서로부터 1998.01.19 수보한 무자료추적조사 관련 파생자료에 의하면, 쟁점세금계산서의 공급자인 청구외 ○○ 대표 ○○○가 ‘확인서’에서 실지거래없이 청구인에게 쟁점세금계산서만을 교부하였다고 조사공무원에게 확인한 점 둘째, 청구인이 제시한 입금표는 공급자가 ○○싱크 ○○○로, 내용은 ○○상가빌라 싱크대금 11,100,000원으로 기재되어 있는 바, 청구인이 대금전액을 쟁점세금계산서의 공급자가 아닌 청구외 ○○○에게 지급한 점 셋째, 청구인이 대금결제에 사용한 기재금액 5,000,000원으로 발행한 가계수표 2매의 배서내용에도 청구외 ○○○와 청구인이 문짝을 납품받았다고 하는 ○○산업 등은 기재되어 있으나 청구외 ○○은 기재되지 아니한 점 등으로 보아 청구인은 청구외 ○○으로부터 직접 자재를 매입하지 아니하고 쟁점세금계산서만 교부받은 것으로 인정된다. 한편, 청구인은 당초 1996년 1기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서의 매입세액 990,000원을 공통매입세액으로 보아 이중 631,689원은 면세사업에 관련된 매입세액으로 안분계산하여 불공제한 사실이 관련 심리자료에 의하여 확인된다. 그러나 처분청은 이 매입세액 631,689원도 당초 신고시 공제된 것으로 오인하고 매입세액 990,000원 전액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정고지하였는 바 이는 신고내용의 확인을 잘못한 결과이므로 매입세액 631,689원은 불공제액에서 차감하여야 한다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.