세금계산서를 토지관련 매입으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 1998.12.14. 청구인에게 결정고지한 1995년 2기분 부가가치세 31,185,000원, 1996년 2기분 부가가치세 50,400,903원, 1997년 1기분 부가가치세 104,059,990원, 1997년 2기분 부가가치세 110,000,011원, 1998년 1기분 부가가치세 76,996,102원 합계 372,642,006원의 처분은, 청구인의 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 일대에 물류창고를 건설하면서 물류창고 부지조성과 진입도로의 공사비 3,387,654,455원(부지조성공사비 3,351,200,000원, 진입도로공사비 36,454,545원)중 구 법인세법 시행규칙 별표1에 규정하는 구축물에 해당하는 금액을 재조사하여 산출하고 구축물에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 경정한다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 일대에 물류창고를 건설하면서 물류창고 부지조성공사와 진입도로 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 청구외 ○○산업(주)(이하 “시공회사”라 한다)에 발주하고 시공회사로부터 쟁점공사와 관련하여 1995년 2기부터 1998년 1기 사이에 3,387,654,500원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 동 매입세액을 각 과세기간별의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 자진신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서는 토지관련 매입액에 해당한다하여 동 매입세액을 불공제하여 1998.12.14. 청구인에게 1995년 2기분 부가가치세 31,185,000원, 1996년 2기분 부가가치세 50,400,903원, 1997년 1기분 부가가치세 104,059,990원, 1997년 2기분 부가가치세 110,000,011원, 1998년 1기분 부가가치세 76,996,102원 합계 372,642,006원을 1998.12.14. 청구인에게 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.02.05 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점공사비 3,387,654,500원중 옹벽, 배수로, 포장도로, 진입도로 등의 공사비는 감가상각 대상자산인 구축물관련 공사로서 토지조성과 관련없는 공사이므로 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

청구인 스스로 쟁점공사관련 공사비 전액을 토지에 대한 자본적지출로 보아 토지계정에 회계처리하였고, 쟁점세금계산서상에도 부지조성공사대금으로 표시되어 있으며, 청구인의 물류창고 신축공사는 토지 조성공사 이외의 건물 및 구축물부분은 시공회사가 아닌 청구외 (주)○○에게 발주하였는바, 쟁점공사비 전액은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적지출에 해당하므로 쟁점세금계산서를 토지관련 매입세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 토지관련 매입액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하였고, 같은법 시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다”고 규정하고 있으며, 1995.03.30 개정 전 법인세법 시행규칙 별표1의 【고정자산 내용연수표】 제3호 (6)목에는 “안벽, 잔교, 방벽, 제방, 방파제탑, 상수도, 수조 및 용수댐”을 규정하고, (7)목에서는 “포장도로, 포장로면”을 규정하고 있다. 또한, 국세기본법 제14조 제2항 에서는 “세법중 과세표준의 계산에 관한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 쟁점공사중 옹벽, 배수로, 포장도로, 진입도로등은 구축물에 해당되므로 이들 공사비에 대한 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서의 금액 모두가 토지에 대한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하였다.

2. 토지와 구분되는 건물ㆍ구축물 등의 건설공사와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 되어있고(같은뜻, 재무부 부가 46015, 1995.02.03, 국심94중6000, 1995.09.16외 다수), 구축물에 관하여는 1995.03.30 이전 법인세법 시행규칙 별표1에서는 자산별로 구분하여 열거하였다가 법 개정후 업종별 자산으로 일괄 규정하여 구축물의 범위에 관하여 명확히 정의한바 없으나, 1995.03.30 개정된 법인세법 시행규칙이 감가상각제도를 개편하여 일괄 상각을 할 수 있도록 하면서 개정된 것으로 종전에 규정과 달리 자산의 분류도 개정된 것으로 보기는 어려우며 조문개편에 불과한 것으로 보아 종전의 규정을 적용하여 판단하여야 할 것이다(같은뜻, 심사 97부가8163, 1998.01.09). 그러므로 쟁점공사비중 옹벽, 배수로, 포장도로, 진입도로공사비 등은 위 별표1의 고정자산 내용년수표상 감가상각자산인 구축물에 해당하는 것으로 판단되며 동 관련 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 할 것이다.(같은뜻, 국심94서 1432, 1995.03.04, 국심 94서4423, 1995.01.07)

3. 청구인은 쟁점공사관련 공사비 전액에 대하여 회사 장부상 토지계정에 회계처리하여 구축물 가액을 별도로 구분기장하지 아니하였음이 첨부된 장부사본에 의거 확인된다.

4. 청구인은 쟁점공사중 진입도로에 대하여는 1997.12.20일 ○○군 군수로부터 사도법제4조에 의거 사도 설치허가(제93-6호)를 받아 설치한 물류창고 진입을 위한 포장도로로서 ○○군에 기부채납되었는바, 부가가치세법 기본통칙5-3-8...17에서는 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공금하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으므로 동 공사비의 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 할 것으로 판단된다. 위 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 비록 청구인이 쟁점공사관련 공사비를 전액 토지계정에 일괄 기장하였다 할지라도 국세기본법 제14조 의 실질과세 원칙에 의거 명칭이나 형식에 불구하고 실질 내용에 따라 판단하여야 할 것이고, 위 별표1에 해당하는 구축물관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당함에도 쟁점세금계산서 모두에 대하여 불공제한 처분청은 구축물 가액이 불분명한 이건을 재조사하여 정확한 구축물의 가액을 산출하고 그 가액에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.