공통매입세액을 사용면적 비율에 따라 안분계산한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 ○○병원 건물 8,048.74㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 일부는 임대하고 일부에서는 의료업을 영위하고 있는 사업자로서, 1994년 2기~1998년 1기 과세기간에 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 예정사용면적비율에 의하여 안분계산하여 부가가치세 464,637,660원을 환급받았다. 처분청은 청구인이 부가가치세 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 1998년 1기 확정 부가가치세 신고시 공통매입세액을 정산하여 신고하여야 함에도 이를 이행하지 않았다하여 부가가치세법 시행령 제61조의2 규정에 따라 공통매입세액을 정산하여 면세사업분 매입세액 384,464,160원을 불공제하고, 임대보증금에 대한 간주임대료 과소신고분 115,890원을 과세표준에 가산하여 1998.10.01 청구인에게 1998년 1기 부가가치세 422,923,320원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.11.02 이의신청을 거쳐 1999.01.22 심사청구하였다.

청구인은 병원으로 일괄임대하기 위하여 쟁점건물을 신축하였으며, 경제여건상 부득이하게 일시적으로 일부만 임대하고 일부는 병원을 운영하고 있을 뿐, 현재 일괄임대를 추진중에 있음에도, 처분청이 이러한 사정을 감안하지 아니하고 단지 준공시점의 사용면적비율을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

청구인이 자가사용 및 임대목적의 쟁점건물을 신축하여 1998.04.23 준공검사를 받은 후 그 일부면적에 1998.05.01자로 의료업을 개시하고, 일부는 임대한 사실이 확인되므로 부가가치세법 제61조의2 규정에 따라 공통매입세액을 안분계산 및 정산하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물에 대한 부가가치세 공통매입세액을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 과세기간의 사용면적비율에 따라 안분계산 및 정산하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 에 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1호 내지 3의2호 생략.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하면서, 같은 법 시행령 제61조 제1항에는 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.(단서생략) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 』 이라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순서에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조의2에는 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총 공통매입세액×(1-과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액)-기공제세액}

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총 공통매입세액×(1-과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적)-기공제세액}』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료 및 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없는 인정사실에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인되고 있다. 첫째, 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 1994년 2기~1998년 1기 과세기간에 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 예정사용면적비율에 따라 안분계산하여 매입세액을 공제받았다. 둘째, 청구인은 쟁점건물을 신축하여 1998.04.23자로 준공검사를 받은 후 1998.05.01자로 쟁점건물의 일부에서 의료업을 개시하고 있으며, 일부는 임대하는 등 1998년 1기 과세기간부터 쟁점건물을 사용하고 있으나, 같은 과세기간의 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 정산신고하지 아니하였다. 셋째, 처분청은 위 1998년 1기 과세기간의 쟁점건물 이용현황(전체면적 8,048.74㎡, 면세사업 사용면적 5,673.30㎡, 과세사업 사용면적 1,184.08㎡, 공통사용면적 1,191.36㎡)에 따라 공통매입세액을 안분계산 및 정산하여 기 공제받은 매입세액 384,464,160원을 불공제하였다.

(2) 청구인은 쟁점건물을 병원에 일괄임대할 목적으로 신축하였으나, 경제여건상 부득이하게 일시적으로 쟁점건물의 일부에서 병원을 운영하고 있을 뿐, 현재 일괄임대가 추진중에 있으므로 1998년 1기 과세기간의 사용면적을 기준으로 공통매입세액을 안분계산 및 정산한 것이 부당하다고 주장하고 있으나, 앞에서 본 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 및 제61조의2 규정에 의하면, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 그 예정사용면적비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하되, 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 정산하도록 정하고 있음에 비추어 볼 때, 청구인이 1998.04.23 쟁점건물을 신축하여 1998.05.01부터 임대 및 부가가치세 면세사업인 의료업에 사용한 이 건의 경우에는 그 사용면적이 확정된 1998년 1기 과세기간의 사용면적비율에 따라 공통매입세액을 안분계산 및 정산하여야 할 것이므로, 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.