여객 및 차도선에 의한 여객운송수입에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각한다.

처분청은 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입 1995년 제1기분 188,246,434원, 1995년 제2기분 291,150,208원, 1996년 제1기분 211,747,949원, 합계 691,144,591원을 부가가치세 과세표준누락금액으로 하여 부가가치세 1995년 제1기분 20,707,100원, 1995년 제2기분 32,026,520원, 1996년 제1기분 23,292,270원, 합계 76,025,890원을 1999. 1. 2 청구법인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 1. 12 이 건 심사청구를 제기하였다.

(청구주장 1) 처분청이 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입을 과세수입으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. (청구주장 2) 청구법인이 개업한 이래 12년간 여객 및 화물운송수입을 구분하여 화물운송수입에 대해서만 부가가치세를 신고납부하였고 처분청이 청구법인에 대하여 부가가치세 경정조사를 할 때에도 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입을 부가가치세 면세수입으로 적용하는 등 적극적인 의사표시가 있었음에도 부가가치세를 과세한 것은 소급과세이므로 부당하다.

(1) 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입은 부가가치세법 제12조 제1항 제6호 단서 및 같은법 시행령 제31조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세 과세대상이고,

(2) 이 건 과세처분은 청구법인의 명백한 법령위반사항을 재경정한 것이므로 새로운 세법의 해석 또는 관행에 의한 소급과세에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 (쟁점 1) 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입이 부가가치세 과세대상인지 여부 (쟁점 2) 이 건 과세처분이 새로운 세법의 해석 또는 관행에 의한 소급과세인지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제21조 제1항 에서 “사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 정정한다. 제1호. 확정신고를 하지 아니한 때 제2호. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략)”라고 규정하고, 같은법 제12조 제1항 제6호 단서 및 같은법 시행령 제31조 제3호에서 자동차운송겸용여객선에 의한 여객운송용역은 부가가치세 면제대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제18조 제2항 에서 “국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 미를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”고 규정하고 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 쟁점 1에 관하여 살펴본다. 처분청은 1996. 8. 청구법인에 대하여 부가가치세 경정처분할 때에 여객운송수입은 면세수입금액으로, 화물운송수입은 과세수입금액으로 보고 과세표준을 안분계산하여 과세하였다가 1999. 1. 2 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입금액 691,144,591원을 과세수입금액으로 보아 이 건 부가가치세를 재경정고지한 사실이 관련 심리자료에 의하여 확인된다. 청구법인의 3○○호 및 ○○호는 여객선이므로 그 여객운송수입금액은 부가가치세가 면제되는 것이나, 이를 제외한 여객 및 차도선은 자동차운송겸용여객선으로서 앞에서 살펴본 부가가치세법 제12조 제1항 제6호 및 같은법 시행령 제31조 제3호 다목의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이다(같은뜻: 부가2601-2345, 1985. 12. 2, 부가46015-2533, 1996. 12. 11). 따라서 처분청이 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다. 다음으로 쟁점 2에 관하여 살펴본다. 청구법인은 처분청이 1996년 경정처분할 당시 부가가치세 과세제외하였던 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 소급과세로서 부당하다고 주장한다. 그러나, 국세기본법 제18조 제3항 에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고(대법90누8947, 1991. 5. 28), 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있는 것이다(대법90누9360, 1991. 10. 22). 이 건의 경우 국세청장은 1985. 12. 2 부가 22601-2345호 예규에 의하여 자동차운송겸용여객선에 의하여 공급한 운송용역은 부가가치세가 과세됨을 밝힌 바 있을 뿐만 아니라, 청구법인이 1985년 개업한 이래 계속하여 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입을 면세수입금액으로 신고하여 왔음에도 처분청에 의하여 부가가치세의 납부문제가 거론된 적이 없었다 하여 처분청이 부가가치세 면세대상이라고 견해표명을 한 것이라고 할 수 없는 바, 처분청이 1996년 경정처분할 당시 청구법인의 여객 및 차도선에 의한 여객운송수입에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견하여 이를 조사하여 재경정한 처분은 정당한 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.