대물변제로 상가를 취득하고 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○호에서 부동산임대업을 영위하는 사업자로 위 사업장 상가 31.85㎡(이하“쟁점상가”라 한다)를 1998.02.10 취득하고 ○○구 ○○가 ○○번지에 사업장을 둔 청구외 ○○토건(주) 〔이하 “○○토건(주)”라 한다〕 으로부터 1998.02.10일자 공급가액 176,534,000원의 세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라한다)를 수취하여 1998.1기 예정 부가가치세 신고시 매입세액 17,653,400원을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점상가의 사실상 사업주체는 청구외 ○○조합임에도 시공업체인 청구외 ○○토건(주)로부터 사실과 다른세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 1998.12.10 부가가치세 21,184,080원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.01.07일 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구외 미래○○(주)는 ○○조합으로부터 공사신축비용을 쟁점상가로 대물변제 받았고, 청구인은 청구외 ○○토건(주)로부터 쟁점상가를 1998.02.10 취득하고 세금계산서를 교부받아 1998.1기예정분 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였으므로 관련 매입세액은 공제하여야 한다.

쟁점상가의 사실상 건축주가 청구외 ○○조합인 사실이 등기부등본등 등에 의하여 확인되고 있음에도 세금계산서를 ○○조합으로부터 수취하지 아니하고 청구외 ○○토건(주) 명의의 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제하였으므로 매입세액 불공제하여 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공사시공업체로부터 받은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제2조 제1항 및 제6조에서 “영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다”고 하고, 재화의 공급은 매매계약, 가공계약, 교환계약등 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 규정하고 있고, 또한, 같은 법 제16조 및 제17조의 규정을 보면, 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 국세기본법 제14조 제2항 에서 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 등기부상 쟁점상가의 소유자인 청구외 ○○조합으로부터 취득하였음에도 시공업체에 불과한 청구외 ○○토건(주)로부터 매입세금계산서를 수취하였으므로 사실과 다른세금계산서를 교부받았다는 의견이고, 청구인은 청구외 ○○토건(주)이 ○○조합으로부터 공사신축비용등의 대가로 대물변제 받은 쟁점상가를 청구외 ○○토건(주)로부터 취득하고 세금계산서를 교부받아 1998.1기예정분 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였다는 주장인 바, 첫째, 쟁점상가가 소재한 ○○동○○아파트 재건축사업승인을 위하여 ○○구청에 제출되어 있는 ○○조합과 청구외 ○○토건(주) 사이에 체결한 아파트공사도급계약서에 의하면, 청구외 ○○조합은 ○○토건(주)와 39세대 아파트 및 상가신축도급공사를 체결하여 아파트 39세대중 20세대는 조합원이 소유하고 나머지 아파트 19세대와 상가는 공사대금 및 기타비용으로 청구외 ○○토건(주)에게 제공하기로 약정하였음이 확인되고, 둘째, ○○토건(주)이 위 아파트 및 상가의 분양에 대하여 ○○토건(주) 명의로 분양안내한 사실과 분양대금을 ○○토건(주)의 예금계좌 (계좌번호:000-00-0000-000)로 입금받은 사실이 청구외 임○○, 이○○, 이○○등 일부 상가매수인이 소지하고 있는 무통장입금표 등에 의하여 확인되며, 셋째, 청구외 ○○토건(주)는 상가 및 아파트를 분양후 피분양자가 분양대금을 완납하면 분양대금을 완납한 피분양자 명부를 작성하여 ○○조합에 소유권이전등기를 의뢰하였고 그 명부에 청구인이 포함되어 있었음이 1998.04.02 청구외 ○○토건(주)가 ○○조합에 내용증명우편으로 보낸 상가소유권이전등기 의뢰서한에 의하여 확인되는 점등으로 미루어 볼때, 청구외 ○○토건(주)는 아파트공사도급계약서에 약정된 바와 같이 공사비용 등의 대가로 아파트 19세대와 쟁점상가 등을 ○○조합으로부터 대물변제받아 청구인등에게 분양한 것으로 판단된다.

(2) 1998.02.10자에 쟁점상가의 분양대금 총액을 공급가액으로하여 발행된 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지를 본다. 청구인이 제시한 분양계약서에 의하면, 쟁점상가의 분양대금은 178,000,000원(부가가치세 별도)이고 이에 대한 대금은 계약일인 1996.01.15 계약금을 납부하기로 약정하였고, 중도금은 1996.04.30등 4회에 걸쳐 분할 납부하기로 약정하였으며, 잔금은 입주시 납부하기로 약정하여 중간지급조건부 거래임을 알 수 있다. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 거래에 있어서 계약금과 중도금을 지급한 후, 동 재화의 인수시점에서 총금액에 대하여 세금계산서를 교부받은 경우 계약금과 중도금에 대하여는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액을 공제 받을 수 없는 것이나, 잔금부분에 대하여는 사실과 다른 세금계산서라 볼 수 없으므로 동 잔금에 해당하는 매입세액은 공제받을 수 있는 것인 바,(재무부 조법 1265-1275, 1985.10.29) 이 건의 경우 쟁점세금계산서의 공급가액 176,534,000원 중 계약금(1996.01.15) 및 중도금(1996.04.01~1997.10.20)에 해당하는 금액은 공급시기를 달리한 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액이라고 할 것이다. 한편, 청구인은 쟁점상가의 잔금을 입주시 납부하기로 약정하였으나 입주후 1998.03.27 26,480,000원(공급대가)을 납부하였고, 쟁점세금계산서가 당초 약정한 분양대금 178,000,000원으로부터 1,446,000원이 차감된 176,534,000원을 공급가액으로 하여 발행되었고, 입주후 납부한 잔금 24,072,727원이 입주시 납부할 잔금에 해당한다고 할 것인 바, 이에 해당하는 매입세액 2,407,273원이 공제받을 수 있는 매입세액에 해당하는 지 살펴본다. 쟁점상가에 입주시 잔금을 청산하지 아니하고 입주하는 경우는 입주하는 때가 공급시기가 되는 것(같은 뜻, 부가 1265.2-1380, 1983.07.12)인 바, 청구인이 입주후 1998.03.27 잔금 24,072,727원을 청산하였으나, 1998.02.10 공급시기로 하여 쟁점세금계산서를 교부받은 사실이 확인된다. 청구인은 쟁점상가를 사업장으로한 부동산 임대사업을 하기 위해 처분청에 1998.02.06. 사업자등록한 사실이 확인되고, 1998.02.28부터 청구외 김○○에게 임대하여 이에 대한 부동산 임대수입금액을 부가가치세 신고한 사실이 관계서류에 하여 이에 대한 부동산 임대수입금액을 부가가치세 신고한 사실이 관계서류에 의하여 확인된다. 청구인은 부동산 임대사업의 개시전에 사업자등록을 한 것으로 보이므로, 잔금에 해당하는 부분의 공급시기는 쟁점세금계산서가 발행 교부된 날인 1998.02.10로 볼 수 있다고 할 것이다. 이와 같은 내용을 종합하여 살펴보면, 쟁점상가의 등기부등본상 소유자 겸 사업시행자인 청구외 ○○조합과 ○○토건에 대하여 상가분양 수입금액의 매출누락액 등을 확인하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 청구인이 쟁점상가를 분양하고 분양대금을 수령한 청구외 ○○토건으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것은 적법하다고 보여지고, 공급가액 중 잔금에 해당하는 24,072,727원의 매입세액 2,407,272원은 1998.1기 부가가치세 예정신고서의 매출세액에서 공제되어야 한다고 판단된다. 따라서, 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.