대물변제로 상가를 취득하고 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○호에서 부동산 임대업을 영위하는 사업자로 위 사업장 상가 34.48㎡(이하“쟁점상가”라 한다)를 1998.05.25.취득하고 ○○구 ○○가 ○○번지에 사업장을 둔 청구외 ○○토건(주) [이하 “○○토건(주)”라 한다] 으로부터 1997.10.01.일자 공급가액 136,000,000원의 세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라한다)를 수취하여 1997.2기에 매입세액 13,600,000원을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점상가의 사실상 사업주체는 청구외 ○○조합임에도 시공업체인 청구외 ○○토건(주)로부터 사실과 다른세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 1998.12.18 부가가치세 16,320,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.01.07일 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구외 미래○○(주)는 ○○조합으로부터 공사신축비용을 쟁점상가로 대물변제 받았고, 청구인은 청구외 ○○토건(주)로부터 쟁점상가를 1998.05.25 취득하고 세금계산서를 교부받아 1997.2기 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였으므로 관련매입세액은 공제하여야 한다.

쟁점상가의 사실상 건축주가 청구외 ○○조합인 사실이 등기부등본등에 의하여 확인되고 있음에도 세금계산서를 청구외 ○○조합으로부터 수취하지 아니하고 청구외 ○○토건(주) 명의의 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제하였으므로 매입세액 불공제하여 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공사시공업체로부터 받은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제2조 제1항 및 제6조에서 “영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납할 의무가 있다”고 하고, 재화의 공급은 매매계약, 가공계약, 교환계약등 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제16조 및 제17조의 규정을 모아보면, 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 등기부상 쟁점상가의 소유자인 청구외 ○○조합으로부터 취득하였음에도 시공업체에 불과한 청구외 ○○토건(주)로부터 매입세금계산서를 수취하였으므로 사실과 다른세금계산서를 교부받았다는 의견이고, 청구인은 청구외 ○○토건(주)이 ○○조합으로부터 공사신축비용등의 대가로 대물변제 받은 쟁점상가를 청구외 ○○토건(주)로부터 취득하고 세금계산서를 교부받아 1997.2기 부가가치세 신고시 정당하게 신고하였다는 주장 인바, 첫째, 쟁점상가가 소재한 ○○동○○아파트재건축사업승인을 위하여 ○○구청에 제출되어 있는 ○○조합과 청구외 ○○토건(주) 사이에 체결한 아파트공사도급계약서에 의하면, 청구외 ○○조합은 ○○토건(주)와 39세대 아파트 및 상가신축도급공사를 체결하여 아파트 39세대중 20세대는 조합원이 소유하고 나머지 아파트 19세대와 상가는 공사대금 및 기타비용으로 청구외 ○○토건(주)에게 제공하기로 약정하였음이 확인되고, 둘째, ○○토건(주)이 위 아파트 및 상가의 분양에 대하여 ○○토건(주) 명의로 분양안내 한 사실과 상가매수인인 청구외 임○○, 이○○, 청구인의 상가분양대금 중 일부분이 ○○토건(주)의 예금계좌 (계좌번호:000-00-0000-000)로 무통장 입금된 사실이 무통장입금표 등에 의하여 확인되고 있으며, 셋째, 청구외 ○○토건(주)는 상가 및 아파트를 분양후 피분양자가 분양대금을 완납하면 분양대금을 완납한 피분양자 명부를 작성하여 ○○조합에 소유권이전등기를 의뢰하였고 그 명부에 청구인이 포함되어 있었음이 1998.04.02 청구외 ○○토건(주)가 ○○조합에 내용증명우편으로 보낸 상가소유권이전등기 의뢰 서한에 의하여 확인되는 점등으로 미루어 볼때, 청구외 ○○토건(주)는 아파트공사도급계약서에 약정된 바와 같이 공사비용 등의 대가로 아파트 19세대와 쟁점상가 등을 대물변제받아 청구인등에게 분양한 것으로 판단된다. 그렇다면, 등기상 소유자인 청구외 ○○조합 및 ○○토건(주)에 대한 매출누락등을 확인하여 과세하는 것은 별론으로하더라도, 청구인이 청구외 ○○토건(주)로부터 교부받은 세금계산서는 적법한 세금계산서이므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다. 따라서 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.