고유목적사업의 재원을 지출하여 교부받은 세금계산서 상 매입세액을 수익사업의 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

○○세무서장이 1998. 11. 10일 청구법인에게 결정고지한 1993년 2기부터 1998년 1기까지 부가가치세 1,649,678,820원(1993년2기 117,118,960원, 1994.1기분 158,118,890원, 1994년2기 218,792,700원, 1995년1기 176,949,400원, 1995년2기 270,704,210원, 1996년1기 136,005,770원, 1996년2기 186,912,140원, 1997년1기 94,601,570원, 1997년2기 217,254,110원, 1998년1기 73,222,070원)은

1. 1993년 2기부터 1998년 1기까지 전기사업자로 출연받은 안전관리비를 지출하여 자산 등을 구입하고 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 당해과세기간의 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 전기사업법 제48조 의 규정에 의하여 설립되어 전기안전에 관한 조사, 연구 및 홍보업무(이하 “고유목적사업”이라 한다)와 특정전기설비에 대한 점검 및 안전검사업무(이하 “수익사업”이라 한다)를 수행하는 비영리공익법인이며, 고유목적사업은 전기사업자인 ○○공사가 출연하는 출연금 및 안전관리비를 재원으로 하여 운영되는데 그 재원으로 홍보비 및 기자재를 구입하고 교부받은 세금계산서를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 ○○국세청장이 세무조사를 실시하여 통보한 매출누락액 및 매입세액 불공제액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대하여 1998.11.10 다음과 같이 각 과세기간별로 부가가치세를 경정결정 고지하였다. 기분 매출누락금액 매입세액불공제액 고지세액 공급가액 세액 1993년 2기 99,574,639 9,957,463 94,703,877 117,118,960 1994년 1기 143,743,539 158,117,890 1994년 2기 35,154,447 3,615,444 194,747,839 218,792,700 1995년 1기 160,863,098 176,949,400 1995년 2기 25,713,906 2,571,390 243,055,823 270,704,210 1996년 1기 123,641,618 136,005,770 1996년 2기 44,333,937 4,433,393 164,680,668 186,912,140 1997년 1기 86,001,430 94,601,570 1997년 2기 16,812,628 1,681,262 195,516,796 217,254,110 1998년 1기 66,565,519 73,222,070 합계 221,589,557 22,158,555 1,473,520,207 1,649,678,820 청구인은 이에 불복하여 1999.01.04 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점세금계산서는 전기사업법 제52조 청구법인의 정관에 규정된 사업목적에 따라 전기설비의 안전사용에 대한 홍보비 및 전기검사용 계측기기, 검사용 차량, 사옥 등의 취득과 관련된 재화 및 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서로서 부가가치세법에 의한 공급시기에 정당하게 교부받았는데 그 취득자금의 원천이 고유목적사업의 재원이라 하여 매입세액을 불공제한 과세처분은 부당하다.

청구법인은 고유목적사업과 수익사업의 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 구분경리하는 비영리법인이므로 이를 각각 독립된 회계주체로 보아야 하고, 쟁점매입세액은 청구법인이 고유목적사업을 수행하기 위하여 그 재원을 지출하여 취득한 자산 또는 비용에 관한 매입세액으로 수익사업과 관련이 없으므로 이를 수익사업의 매출세액에서 불공제한 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 고유목적사업의 재원을 지출하여 교부받은 세금계산서상 매입세액을 수익사업의 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제2조 【납세의무자】에서 『① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인과 법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타단체를 포함한다』라고 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항 및 제2항에서 『① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액』이라고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 제4항에서 『비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이경우 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다(1994.12.31 개정)』라고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제24조 【구분경리의 정의】 제1항에서 『영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수익별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분경리하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예의로 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 청구법인은 전기사업법 제48조 의 규정에 의하여 전기로 인한 위해를 예방하고 전기안전에 관한 조사ㆍ연구ㆍ기술개발ㆍ홍보업무와 전기설비에 대한 검사ㆍ점검업무를 수행하기 위하여 안전관리전문기관으로 설립된 비영리공익법인으로 고유목적사업과 수익사업을 수행하고 있다. 고유목적사업의 재원은 청구법인이 전기사업법 제49조 에 의하여 매년 산업자원부장관에게 사업계획 및 분기별 예산집행계획서를 제출하면 산업자원부장관은 이를 심의하여 전기사업자인 ○○공사가 청구법인에게 지원할 출연금ㆍ안전관리비의 지원규모를 확정하여 통보하고, 그 통보내용 및 관련규정에 따라 ○○공사로부터 재원을 출연받아 출연금은 전기안전관리를 위한 조사, 연구, 기술개발 및 홍보비용으로 사용하고 안전관리비는 전기설비검사에 필요한 계측기 및 장비, 지방 사업소의 사옥취득에 사용한 사실이 관련 공문서 및 거래증빙에 의하여 확인할 수 있으며, 이 때 교부받은 세금계산서상 매입세액을 수익사업의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고한 사실이 부가가치세 경정결의서 및 조사복명서에 의하여 확인된다. 한편, 본 건의 과세경위를 보면, ○○국세청은 세무조사과정에서 청구법인이 1993년 2기부터 1998년 1기까지 부가가치세를 신고누락한 매출액 221,589,557원을 적출하여 과세표준을 경정하고, 같은 기간중 안전관리비를 제원으로 하여 차량, 계측기기, 사옥을 구입하고 수수한 세금계산서상 매입세액(이하 “안전관리비”라 한다) 및 출연금을 재원으로 하여 지출한 홍보비 관련 세금계산서상 매입세액(이하 “홍보비”라 한다)을 적출하여 매입세액을 불공제하는 것으로 경정하였고, 이에 대하여 청구법인은 매출누락액에 대하여는 이의를 제기하지 아니하고 매입세액의 불공제에 대하여 업무와의 관련성을 들어 본 심사청구를 제기하였다. 처분청이 매입세액을 불공제한 사유를 보면, 청구법인이 고유목적사업과 수익사업의 자산ㆍ부채 및 손익을 법인세법에 의하여 엄격히 구분경리하고 있으므로 이를 각각 독립된 회계주체로 보아야 하고, 안전관리비를 재원으로 하여 취득한 계측기 등은 설사 수익사업에서 사용ㆍ수익하였다 하더라도 이는 회계주체가 다른 수익사업의 매출세액에서 공제할 수 없는 것이고, 홍보비는 청구법인의 고유목적사업을 수행하고 지출한 비용으로 수익사업과 관련성이 적다하여 이를 불공제한 사실이 처분청의 조사복명서 및 결정결의서에 의하여 확인된다. 살피건데, 부가가치세법 제17조 제2항 에서 매출세액에서 공제되는 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이라고 규정하고 있고, 청구법인이 안전관리비를 재원으로 하여 취득한 계측기기, 사옥, 차량 등과 관련된 매입세액은 위에서 살펴본 바와 같이 부가가치를 창출하는 부가가치세 과세사업에 직접적으로 사용된 사실을 거래증빙에 의하여 알 수 있고, 청구법인이 법인세 과세소득을 계산하기 위하여 법인세법에 의하여 구분경리한 것은 사실이지만 부가가치세법상 단일 사업자로 사업자등록증을 교부받아 부가가치세 납세의무를 이행하고 있으므로 이를 하나의 사업자로 보아야 하며, 매입세액의 공제여부는 취득한 자산이 자기의 사업을 위하여 사용되었는지 여부에 있는 것이지 취득자금의 원천에 따라 공제ㆍ불공제 여부가 결정된다고 볼 수 없으므로(국심 95서2739, 1996.07.03, 같은뜻) 처분청이 이를 매입세액불공제한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 한편, 홍보비 관련 매입세액은 전기로 인한 재해를 예방하기 위하여 전기이용자가 실천할 사항 또는 전기기기의 안전사용방법, 정기적인 안전점검을 받자는 내용을 신문, 잡지, 텔레비젼, 라디오 등 언론매체를 이용하여 홍보하고 수수한 세금계산서상 매입세액으로 이는 청구법인의 부가가치세 과세사업인 전기설비에 대한 점검 및 안전검사업무를 홍보하는 기능도 있지만 그 관련성이 적고 이는 본질적으로 청구법인의 정관에서 규정한 고유목적사업을 수행한 것이므로 이를 과세사업의 매출세액에서 불공제한 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장의 일부가 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.