조세심판원 심사청구 부가가치세

준공검사 전에 사용허가를 받은 날을 용역의 공급시기로 볼 수 있는지 여부

사건번호 심사부가1991-0327 선고일 2001.09.07

가사용승인이 준공검사를 받기 위한 공사진행 중의 하나의 과정에 불과한 경우 용역의 공급시기는 가사용승인일이 아니라 최종준공일로 보는 것임

[주문] 서산세무서장이 1999.03.13 청구법인에게 결정고지한 부가가치세 1996년 1기분 82,917,600원, 1996년 제2기분 1,401,252,710원, 1997년 1기분 2,299,638,370원, 1998년 제1기분 862,442,100원, 합계 4,646,250,780원의 부과처분에 대하여,

1. 1996년 1기분 부가가치세 82,917,600원은 이를 취소하고

2. 나머지 청구는 받아들일 수 없어 이를 기각합니다. [이유]

1. 처분개요

청구법인은 ○○화력발전소 부지를 조성할 목적으로 1992.06.25 충남도지사로부터 충남 태안군 ○○면 ○○리 산4-1번지 일원에 163,726㎡(이하 "1차매립지"라 한다)에 대한 공유수면 매립실시계획승인(충남도지사 제1104호)을 받고, 공사를 진행하던 중 1992.10.24 61,000㎡(이하 "가사용승인면적"이라 한다)를 준공 전 사용허가 받아 도로, 취소로, 염소주입실로 사용하였고 1차매립지 전체면적은 1997.04.23 준공인가를 받았음에도 이때를 용역의 공급시기로 하여 부가가치세를 신고납부하지 아니하였으며, 또한 발전소부지를 조성할 목적으로 1994.03.07 충남도지사로부터 충남태안군 ○○면 ○○리 임야 34-3번지 지선에 2,850,000㎡(이하 "2차매립지"라 한다)에 대한 공슈수면 매립실시계획승인(충남도지사 제94-4호)을 받아 공수를 진행하던 중 1998.01.24 2차 매립지를 1차공구, 2차공고로 나누어 공유수면 매립 실시계획변경인가(충남수산 제1998-1호)를 받은 다음 1998.04.03 1차공구 482,392.5㎡(이하 "2차매립지 1공구"라 한다)에 대해 준공인가를 받았으며, 2공구 2,367,608㎡(이하 "2차매립지 2공구"라 한다)중 1,068,000㎡를 석탄회 투척장소로 사용하기 위해 회사장 제방축조공사)이하 "회사장 축조공사"라 한다)를 1996.08.16 완공하여 1996.10.29 충남도지사로부터 일반폐기물 매립시설 사용개시신고수리(환경 67513-1822호)를 받아, 그 날부터 공유수면 석탄회를 투척하기 시작하였으나 투척시점을 회사장 축조공사에 대한 용역의 공급시기로 하여 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다. 한편, 청구법인은 전원(電源)개발사업 실시계획에 따라 충남 태안군 ○○면 ○○리 118-2 소재 대지 2,506㎡ 지상에 청사 442.42㎡, 숙소 256.52㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 신축하여 1996.09.17 해양수산부에 기부채납하였다. 처분청은 청구법인이 충남도지사로부터 공유수면매립공사 실시계획승인을 받아 매립공사용역을 제공한데 대하여 이를 과세대상인 용역의 공급으로 보아 공급시기를 준공인가일 또는 준공전 실제사용일로 하여 1996년 2기분, 1997년 1기분, 1998년 1기분의 부가가치세와 당초 승인조건에 따라 구역내에 쟁점부동산을 신축하여 기부채납한 것은 대가관계가 있는 것으로 보아 1996년 1기분 부가가치세를 1999.03.13 다음과 같이 청구법인에게 결정고지하였다. 부가가치세 결정내역 ┌──┬────┬────────┬───────┬─────────────────────┐ │세목│ 기분 │과세표준(사업비)│ 고지세액 │ 과 세 이 유 │ ├──┼────┼────────┼───────┼─────────────────────┤ │부가│97년 1기│ 17,689,526,000│ 2,299,638,370│①공유수면매립면허를 받아 공사후 매립지를 │ │ │ │ │ │취득한 것은 국가에 유상으로 용역을 제공한 │ │ │ │ │ │것이므로 과세대상임 │ │ │ │ │ │②1차매립지로서 매립공사 준공인가일인 │ │ │ │ │ │1997.04.23이 공급시기임 │ ├──┼────┼────────┼───────┼─────────────────────┤ │ " │98년 1기│ 6,634,170,000│ 862,442,100│①위와 같음 │ │ │ │ │ │②2차공구 매립지로서 매립공사 준공인가일인│ │ │ │ │ │1998.04.02이 공급시기임 │ ├──┼────┼────────┼───────┼─────────────────────┤ │ " │96년 2기│ 10,778,867,000│ 1,401,252,710│2차매립지 2공구와 관련하여 회사장 제방축조│ │ │ │ │ │공사를 완료하였고 1996.10.29부터 제방경계 │ │ │ │ │ │안에 발전 후 발생하는 석탄회를 투척하였으 │ │ │ │ │ │므로 1996.10.29이 공급시기임 │ ├──┼────┼────────┼───────┼─────────────────────┤ │ " │96년 1기│ 637,827,727│ 82,917,600│1996.03.06 쟁점부동산을 신축하여 해양수산 │ │ │ │ │ │부에 기부채납하고 이는 항만시설운영자인 │ │ │ │ │ │청구법인을 위하여 독점적으로 사용하는 건물│ │ │ │ │ │로서 기부채납하여 무상으로 독점사용하는 │ │ │ │ │ │것은 과세대상임 │ ├──┼────┼────────┼───────┼─────────────────────┤ │ 계 │ │ 35,740,390,727│ 4,646,250,780│ │ └──┴────┴────────┴───────┴─────────────────────┘ 청구법인은 이에 불복하여 1999.05.14 심사청구하였다.

2. 청구주장

1. 공유수면 매립공사와 관련 매입세액을 불공제하던 기존의 예규를 변경하여 공유수면매립공사가 용역의 유상공급에 해당한다고 새로운 해석(소비 46015-71, 1998.05.09)을 하였는 바, 청구법인의 매립공사는 새로운 해석 이전에 준공되었음에도 과세대상으로 보아 과세한 처분은 소급과세원칙에 위배되며, 설사, 과세대상에 해당된다고 하더라도 1차공유수면매립지 중 발전설비 및 구조물을 시설하기 위해 61,000㎡(1차매립지 준공면적대비 37.47%)의 토지를 1992.10.24 사용허가를 받았으므로 국세청예규 및 심사·심판결정례에 따라 용역의 공급시기를 가사용 승인일인 1992.10.24로 보아야 하고 따라서 국세부과제척기간이 경과하였으므로 이와 관련하여 부가가치세는 취소되어야 한다.

2. 2차매립지 2공구 매립공사 중 회사장 축조공사는 매립공사를 시행하기 위한 매립지 경계공사로, 2공구 매립공사에 대한 준공인가나 가사용승인을 받은 사실이 없고, 행정자치부에서도 태안군수가 회사장 축조공사가 완료된것으로 보아 취득세를 과세한데 대하여 공유수면매립공사의 용역의 공급시기가 미 도래한 것으로 보아 취득세 취소 결정되었으며, 현재도 매립을 계속하고 있으므로 공유수면매립공사의 용역공급시기가 미 도래한 이 건 처분은 부당하다.

3. 발전소 건설계획 당시 전원(電源)개발사업 실시계획승인에 따른 관계부처 협의내용 및 조치계획에 따라 쟁점부동산을 기부채납하였을 뿐이고, 그 대가로 항만사용료 등을 면제받은 사실이 없으며, 또한 항만사용료를 1998년 6월까지 납부해오다가 ○○화력본부의 부두 기부채납관련 대산지방해양수산청이 ○○화력본부 제2부두 총사업지 보존책으로 1998.07 이후 항만사용료를 ○○화력본부 제2부두 총사업비와 상계처리하였을 뿐, 쟁점부동산을 국가에 무상으로 기부 채납하였음에도 유상의 대가관계가 있는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

1. 청구법인은 공유수면 매립허가를 받아 매립 후 공유수면매립법 제38조 의 규정에 의거 매립지를 취득하였는 바, 이는 국가와 경제적·실질적 대가관계가 있으므로 공사용역은 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 유상공급에 해당되고, 새로운 해석이전에도 부가가치세 과세대상(대법 95누15308, 1996.03.12)으로 보아 왔으며, 청구법인의 건설가계정 등을 보면 사용허가를 받은 이후에도 용역제공이 계속 진행 중이었으므로 사실상 용역의 완료일인 준공인가일을 공유수면매립공사의 용역 공급시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

2. 청구법인은 2차매립지 2공구는 석탄회 처리목적으로 매립허가를 받았으며, 1993.07.01 대전지방환경청으로부터 동 해수면에 폐기물처리시설로 승인을 받고, 1996.10.29 동 해수면에 제방공사를 완료한 상태에서 석탄회를 투척하고 있는 바, 이는 유지를 취득한 것으로 보아야 하므로 공유수면매립공사의 용역제공이 완료된 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 청구법인이 원료하역을 위하여 사업상 목적으로 취득한 쟁점부동산을 국가에 기부채납하고 그 대가로 독점적으로 유연탄 통관 및 항만관리용역을 무상으로 사용하고 있으며, 청구법인이 지급한 사용료는 기부채납 제외 항만시설인 돌핀 및 석회석부두 사용료로 쟁점부동산과는 관계가 없다고 할 것이다. 따라서 쟁점부동산을 국가에 기부채납하고 항만관리용역을 무상으로 사용하고 있으므로 대가관계가 있는 용역의 공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

1. 준공검사 전에 사용허가를 받은 경우, 그 날을 용역의 공급시기로 볼 수 있는지 여부

2. 2차매립지 2공구의 경계공사인 회사장 축조공사가 완료된 경우 그 부분만을 따로 떼어서 용역이 완료되었다고 볼 수 있는지 여부

3. 쟁점부동산을 신축하여 무상으로 국가에 기부채납 하였는지 여부를 가리는데 있다.

  • 나. 관계법령 ■ 부가가치세법 제1조 [과세대상]

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다. ■ 부가가치세법 제7조 [용역의 공급]

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. ■ 부가가치세법 제9조 [용역의 공급시기]

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ■ 부가가치세법시행령 제22조 [용역의 공급시기]

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때(1999.12.31 개정) ■ 국세기본법 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지]

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. ■ 국세기본법 제26조의2 [국세부과의 제척기간]

2. 소득세·법인세·토지초과이득세·재평가세·부당이득세·부가가치세·증권거래세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (1994.12.22 개정전) ■ 구 공유수면매립법 제13조 [매립지의 사용]

① 매립의 면허를 받은 자는 제12조(준공인가)의 규정에 의한 인가전에 그 매립지를 사용할 수 있다. 다만, 매립에 관한 공사용이 아닌 공작물을 설치하고자 할 때에는 건설부장관에게 허가를 받아야 한다. ■ 공유수면매립법 제38조 [국가등이 시행하는 매립]

① 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 해양수산부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 규정에 따라 매립을 협의하거나 승인을 얻은 기관은 제3항의 규정에 따라 준공인가를 받기 전에 국가·지방자치단체 또는 정부투가기관 외의 자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 없다.

④ 제1항의 규정에 의하여 매립공사를 시행한 기관은 제3항의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다. 다만, 공용 또는 공공의 용에 필요한 매립지는 그러하지 아니하다.

  • 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 공유수면매립공사용역을 부가가치세 과세대상으로 보고 제1차매립지 준공인가일을 용역의 공급시기로 하여 과세한데 대하여, 청구법인은 매립공사 용역을 부가가치세 과세대상으로 한 것은 1998.05.09 새로운 해석(소비 46015-71)에 의한 것이며, 그 이전에는 토지에 대한 자본적지출로서 면세로 해석하여 왔는 바, 이 건 준공인가는 새로운 해석이 생산되기 전에 이루어졌음에도 새로운 해석을 적용하여 과세대상으로 보아 과세한 처분은 소급과세원칙에 위반되고, 설사 과세대상거래로 본다 하더라도 1차매립지 중 61,000㎡는 1992.10.24 가사용승인을 받았으므로 그 날을 공급시기로 보아야 하고 따라서 그 부분은 부과제척기간이 경과하였다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인이 1차매립지, 2차매립지 1공구, 2공구 공유수면매립공사와 관련 매입세액을 전액공제 받은 사실에 대하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 발전소 부지조성목적으로 1992.06.25 충남도지사로부터 1차매립지에 대한 공유수면 매립실시계획승인을 받고, 공사를 진행하던 중 1992.10.24 61,000㎡를 충남도지사(치수 1107호)로부터 사용허가를 받아 취수로 38,200㎡, 도로 21,800㎡, 염소주입실 1,000㎡로 사용한 사실이 확인되고, 1차매립지 전체면적은 1997.04.23 준공인가를 받았음이 허가관청인 충청남도(수산 제97-2호) 공문서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인이 공유수면매립공사가 부가가치세 과세대상인지 여부를 문의하거나 이에 대한 회신을 과세관청이나 재정경제부로부터 직접 받은 사실이 없고, 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립허가를 받아 공사용역을 제공하고 그 대가로 매립지를 취득하는 경우에 대하여 과세관청이 용역의 제공으로 보는 것이 대법원의 일관된 법 해석이었으며, 또한 청구법인 스스로 관련 매입세액을 전액 공제한 점으로 보아 이는 토지관련 자본적지출이 아니라 과세대상인 용역의 공급에 해당하는 것으로 인지하였음을 알 수 있으므로 공유수면매립 공사용역을 새로운 예규에 의해 고세대상으로 한 것은 소급과세원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(5) 청구인은 1차매립지 중 가사용승인일을 용역의 공급시기로 보아야 한다고 주장하나 공유수면매립과 관련 공사용역의 공급시기는 동 용역의 제공이 완료되는 때로 하고 용역제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일 또는 준공인가일로 하는 것이나 준공인가 전에 가사용승인을 용역의 공급시기로 보는 것은 당해 가사용승인에 의하여 매립지를 매립목적(이 건은 발전소부지 조성)에 사용하는 것을 허가함을 말하는데 이 건의 경우 매립목적의 발전소부지로 사용하는 것이 아니라 1차 매립지 중 일부에 공작물 즉 도로·취수로·염소주입실을 설치하기 위하여 구 공유수면매립법 제13조 의 규정에 의해 사용허가를 받은 것으로서, 이는 1차 매립지 준공검사를 받기 위한 공사진행중의 하나의 과정에 불과한 사실임이 청구법인의 건설가계정 집행내역, 준공보고서 등에 의하여 확인되며, 또한 공유수면매립은 장기간이 소요되는 공사로서 일부면적에 대한 가사용승인을 용역의 공급시기로 볼 경우 승인면적에 대한 사업지산정이 어려운 점을 감안하여 2001.07.01부터 용역의 공급시기(준공인가일)가 도래하기 전에 매립지의 일부에 대해 가사용승인을 받았다 하더라도 최종 준공일을 공급시기로 보도록 예규를 변경한 점에 비춰보아도 이 건 1차 매립지 준공인가일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 달리 그 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 회사장 축조공사는 2차매립지 2공구 매립공사를 시행하기 위한 매립지 경계공사로 현재도 매립을 계속하고 있어 아직 용역의 공급시기가 도래하지 아니하였다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인이 2차매립지 2공구내에 회사장 축조공사를 한 경위를 보면, 발전소 1·2호기 가동시 발생되는 석탄회를 투척하여 발전소 운영에 기하고 회처리장으로 사용하여 매립이 완료된 후에는 저탄장 부지로 활용할 계획이며, 2차매립지 2공구 공유수면 매립공사의 준공예정일이 2008.12.30로 예정되어 있는데 반해, 2차 공구내에 설치된 회처리장에 석탄회 매립 년한이 2029년까지로 되어 있는 사실 등이 청구법인이 작성한 회처리장 사후관리계획서 등 관련서류에 의해 알 수 있고 청구법인이 작성한 회처리장 사후관리계획서 등 관련서류에 의해 알 수 있고 회사장을 축조하여 폐기처리시설로 사용할 것임을 1993.07.01 대전지방환경청장으로부터 승인을 받은 사실, 1996.10.29 충남도지사로부터 일반폐기물 매립시설로 사용하도록 수리된 사실, 회처리장 축조공사 이후에는 추가로 공사원가가 소요되지 않는 것으로 보이는 사실(석탄회는 슬러거 상태로 운반하기 때문에 오히려 경비가 절감된 것으로 판단됨) 등을 종합하여 볼 때, 회처리장 축조공사는 단순히 공유수면매립공사와는 뚜렷이 구분되는 별도의 석탄회 처리장으로 사용하기 위해 공사를 한 것으로 보인다.

(3) 따라서 동 해수면에 제방공가를 완료한 상태에서 석탄회를 투척한 시점에 공유수면매립공사의 용역이 완료된 것으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 신축하여 무상으로 국가에 기부채납하였는지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 처분청은 쟁점부동산을 국가에 기부채납하고 항만관리용역을 무상으로 사용하고 있는 것으로 즉 대가관계가 있는 것으로 보아 부가가치세를 과세하였으나 청구법인은 항만사용료를 1998년 6월까지 납부하여 오다 청구법인은 전원(電源)개발사업 실시계획승인에 따라 쟁점부동산을 신축하여 1996.09.17 해양수산부에 기부채납하였고 대산지방해양수산청장은 쟁점부동산을 태안항 입출항선박, 선원업무, 민원업무를 수행하기 위한 대산지방해양수산청 태안분실로 사용하고, 일부건물은 청구외 (합)○○선박에 임대하고 있는 사실이 대산지방해양수산청장의 공문서에 의하여 확인되며, 둘째, 쟁점부동산을 국가에 기부채납하고 항만사용료를 면제받는다는 계약상 특약사항도 없을 뿐만 아니라 항만을 무상으로 사용한 사실도 없어 쟁점부동산을 국가에 기부채납한 것은 대가관계가 없음을 알 수 있다. 셋째, 청구법인과 같은 계열회사인 ○○화력본부의 부두 기부채납 관련하여 국가가 ○○화력본부 제2부두 총사업비 보존책으로 98년 78월부터 청구법인의 항만사용료를 ○○화력본부 제2부두 총사업비와 상계처리 되었음에도 이러한 사실을 확인하지 아니하고 쟁점부동산을 기부채납하고 항만사용료를 납부하지 않았다 하여 대가관계가 있는 것으로 본 것은 사실조사를 소홀히 한 것으로 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산을 국가에 기부채납한 것을 대가관계가 있는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

  • 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제1조 / 부가가치세법 제7조 / 부가가치세법 제9조 / 부가가치세법시행령 제22조 / 국세기본법 제18조 / 국세기본법 제26조의2 /구 공유수면매립법 제13조 / 공유수면매립법 제38조 /

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)