국민주택건설용지로 양도한 토지에 대하여 적용한 특별부가세 감면요건 해당여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 1996. 2.27. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 산 ○○번지 外 3필지 임야 21,818㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)을 청구 외 ○○건설(주)에 양도하고 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고 시 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면 규정(조세감면규제법 제66조)을 적용하여 특별부가세 743,820,240원을 감면세액으로 신고하였다. 처분청은 쟁점토지를 매수한 청구 외 ○○건설(주)이 세액감면신청서 제출기한이 경과한 1998. 7.16. 감면신청서를 제출하였으므로 청구법인이 신고한 특별부가세 감면을 배제하여 1999.11. 1. 1996사업연도 법인세(특별부가세) 1,008,992,150원(농어촌특별세는 148,764,040원 감액경정)을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.12.27. 심사청구 하였다.

청구법인은 쟁점토지를 양도하고 특별부가세 감면을 받기 위하여 청구 외 ○○건설(주)의 감면신청과는 별도로 관련 증빙서류인 토지거래계약허가신청서[청구 외 ○○건설(주)이 토지거래허가를 받기 위하여 ○○시청에 제출한 것] 등을 첨부하여 세액감면신청서를 1996사업연도 과세표준 신고기한 내에 제출하였는 바, 청구법인에게는 귀책사유가 전혀 없다 할 것인데도 매수자인 청구 외 ○○건설(주)이 감면신청서를 늦게 제출하였음을 이유로 추징세액을 청구법인에게 결정고지한 처분은 부당하다.

법령상 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면은 양도자가 법인인 경우에는 토지 등을 매수한 주택건설등록업자가 자산 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날까지 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 감면신청을 하는 경우에 한하여 적용하는 것으로 규정되어 있는 바, 쟁점토지의 매수자인 청구 외 ○○건설(주)의 세액감면신청서의 제출기한인 1998. 3.31.을 경과하여 감면신청을 하였으므로 특별부가세 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인이 주택건설사업자에게 국민주택건설용지로 양도한 토지에 대하여 적용한 특별부가세 감면세액을 토지 매수자가 세액감면신청서 제출기한이 경과하여 감면신청을 하였다는 이유로 추징한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 조세감면규제법 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(동조 제1항에서 단서의 규정에 의하여 등록이 면제된 경우를 제외하며, 이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지』로 규정하고, 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제63조 제9항에서 『법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한내에 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.

1. 주택건설등록업자등록증 사본 2. 양수한 토지의 등기부등본 3. 매매계약서 사본 4. 제5항 제3호에 해당하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 서류』로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 사실관계를 살펴보면 청구법인은 1996. 2.27. 쟁점토지를 청구 외 ○○건설(주)에 양도한 후 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면 규정을 적용하여 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고를 하였으며 매수자인 청구 외 ○○건설(주)는 1998. 7.16. 세액감면신청서를 제출하였음이 심리자료에 의하여 확인되고 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 청구법인은 쟁점토지를 양도한 후 특별부가세를 감면받기 위하여 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 세액감면신청서를 제출하였는 바, 청구법인에게는 전혀 귀책사유가 없는데도 매수자인 청구 외 ○○건설(주)가 감면신청서를 늦게 제출하였음을 이유로 특별부가세 감면을 배제하고 추징세액을 청구법인에게 결정고지한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 관련 법령에 의하면 내국법인이 토지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(또는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면하되, 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한(그 기한 내에 세액감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날)내에 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 적용하는 것으로 규정되어 있는 바, 위 규정의 입법취지가 국민주택의 건설에 필요한 토지를 원활하게 공급하여 국민주택의 건설을 촉진하고 지원하려는데 있기는 하나 조세법의 해석에 있어서 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 설사, 청구법인이 과세표준 신고기한 내에 세액감면신청서를 제출하였다고 하나 법령에 의한 감면요건상 세액감면신청서를 제출하여야 하는 쟁점토지의 매수자인 청구 외 ○○건설(주)이 쟁점토지의 양도일이 속하는 1996사업연도 과세표준의 신고기한으로부터 1년이 되는 날인 1998. 3.31.을 경과한 1998. 7.16. 세액감면신청서를 제출하여 이 건 감면요건에 해당되지 않음이 확인되므로 특별부가세 감면을 배제하고 추징세액을 청구법인에게 결정고지한 처분은 정당하다 할 것(같은 뜻: 헌재94헌바7 95.10.26., 대법원95누10556 95.11.21.)이다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.