건축물 장부가액과 철거비용을 특별부가세 계산시 토지의 취득가액에 가산 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ‘97년도 중 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 외 토지 8필지 2,466,645m²(이하 “쟁점토지”라 한다)을 양도하고 ’97사업연도 특별부가세를 신고함에 있어 조세감면규제법 제43조 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면】및 동법 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】규정에 의하여 세액감면신청을 하고 법인세를 감면하여 신고납부하였다. 처분청은 특별부가세를 감면받은 세액 중 공장의 지방이전에 대한 특별부가세 감면세액이 감면요건에 해당되지 않음을 확인하여 감면적용을 배제하고 ‘99.11. 1. 청구법인에게 법인세 4,036,062,120원 및 농어촌특별세 149,236,640원을 고지결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ‘99.11.17. 이 건 심사청구를 하였다.

이 건 양도토지는 매수자의 아파트 신축을 위하여 지상 건축물의 철거를 조건으로 매매한 것으로 법인세법기본통칙 7-2-9····59에 의거 토지양도시점에 지상건축물의 철거여부에 불구하고 그 장부가액과 철거비용(발생예상비용 포함)을 양도토지의 취득가액에 포함하여 양도차익을 계산하여야 한다.

이 건 매매계약의 목적물은 토지로 한정되어 있으며, 토지양도 이후에도 동 지상건축물의 소유권은 청구법인에 있고, 매매계약상 지상건축물은 대부분 양도일 이후 2년 이상 경과된 ‘99. 6.30.까지 청구법인이 자신의 사업용도에 계속 사용하는 것을 조건으로 하고 있음으로, 토지 양도차익을 계산함에 있어 지상건물의 금액과 철거비용을 취득가액에 포함하지 않은 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 지상 건축물의 장부가액과 철거비용을 특별부가세 계산 시 취득가액에 가산하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제59조 의 2 【과세표준】 제1항에서 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다』고 정하였고, 제3항에서『제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액 공제한 금액으로 한다, “단서 생략”

1. 취득가액. “단서 생략”

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용』이라고 규정하였으며, 제4항에서 『제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.』고 규정하였다.

○ 법인세법 시행령 제124조 의 2 【특별부가세의 과세표준계산】 제2항에서『법제59조의 2 제3항에서 “취득가액”이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다.』 규정하였고, 법인세법 시행령 제124조 의 5 【기준시가의 산정】제2항에서 『법 제59조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 산식”이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액 x 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가

2. “생략”』라고 규정하였다.

○ 법인세법 기본통칙 7-2-9···59의 2 【지상건물의 철거비용 등의 처리】 『토지만의 양도를 목적으로 당해 토지의 정착된 건물을 철거한 경우에는 철거당시의 당해 건물의 장부상 잔액과 철거비용은 자본적지출에 해당하므로 당해 토지의 취득가액에 포함한다. 이 경우 철거자산의 처분가액(처분예상가액을 포함한다)은 이를 자본적 지출에서 차감하여야 한다.』고 해석하였다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점토지를 <표1>과 같이 양도 후 특별부가세를 신고한 사실과 처분청에서 조세감면규제법 제43조 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면】 규정에 의한 감면세액을 배제한 사항에 대하여는 청구법인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. <표1> 쟁점토지 양도현황 토 지 지 번 면적(m²) 양도일자 양도가액 취득자 비 고

○○시 ○○동 ○○번지 12,615.9

1997. 5.29. 41,740,000,000

○○시멘트(주) 이하 “쟁점토지1”이라 한다

○○시 ○○동 ○○번지 6,797.0

○○시 ○○동 ○○번지 2,463.0

○○시 ○○동 ○○번지 10.0

○○시 ○○동 ○○번지 46,564.0 소 계 68,449.9

○○시 ○○동 ○○번지 3,811.6

1997. 1.06. 4,190,653,500

○○토건(주) 이하 “쟁점토지2”이라 한다.

○○시 ○○동 ○○번지 3,115.1 소 계 6,926.7 합 계 75,376.6 45,930,653,500

(2) 청구법인은 쟁점토지1,2의 양도에 대한 특별부가세 경정 시 양도차익을 계산함에 있어 위 지상 건축물의 장부가액과 철거비용(철거예상비용)을 취득가액에 가산하지 않고 경정결정함은 부당하다고 주장하였다.

(3) 쟁점토지1,2에 대한 매매계약서의 내용을 살펴본다. <쟁점토지1>

① 매도자인 청구법인과 매수자인 청구 외 ○○시멘트(주)는 “쟁점토지1”에 대하여 1997. 4.29.자로 매매대금을 420억원(추후 정산시 41,740,000,000원으로 확정)으로 하여 부동산 매매계약서를 작성하였다.

② 매매계약의 목적물은 쟁점토지1임을 확인된다.

③ 쟁점토지의 지상건물 및 지하시설(별도지면 홍색선 표시 부분)은 매매대금 완불과 동시에 명도하고 철거비용은 매수자가 부담하며, 나머지 지상건물 등은 ‘99. 6. 30. 명도하기로 약정하였고, 단서규정에 그 지상건물 등 시설물은 명도이전에 매도자인 청구법인이 철거하되 매수자가 그 비용을 부담하거나, 매수자가 철거작업을 수행할 수 있다고 약정하였다.

④ 일부 토지(별지도면 주황선서 내 부분)는 위③건물 명도시까지 무상으로 임대할 것을 명시하였으며, 매도자가 약정된 명도기일까지 명도하지 않을 시는 매수자는 매도자의 종전의 사용례에 따른 사용목적을 달성할 수 있도록 매수자가 비용으로 장소와 시설을 제공하도록 단서 조건을 명시하였다. <쟁점토지2>

① 양도자인 청구법인과 매수자인 청구 외 ○○토건(주)는 “쟁점토지2”에 대하여 1996.12.04.자로 매매대금을 4,190,653,500원으로 하여 부동산 매매계약서를 작성하였다.

② 매매계약의 목적물은 쟁점토지2임이 확인된다.

③ 쟁점토지의 지상건물 및 구축물을 매도자의 비용으로 철거하고 철거잔존물은 매수자가 처리하며 잔금지급 전까지 거주자의 이주문제를 매도자의 책임으로 해결한다고 규정하였다.

(4) 청구법인의 ‘97사업연도 결산서 및 건물 및 구축물 명세서 당기에 감소된 건물·구축물이 표기되어 있지 않고, 외부 회계법인이 회계감사하고 작성한 ’97사업연도의 감사보고서에도 동 자산이 멸시됨으로 인하여 감소된 사항에 대한 언급이 없다.

(5) 청구법인은 쟁점토지1 위지상에 있는 건축물·구축물증 일부가 청구 외 ○○시멘트건설(주)과의 매매계약의 약정내용에 따라 ‘97. 5.29. 이전에 철거되었고 쟁점토지2 위지상에 있는 건축물은 ’97. 1. 6. 이전에 철거되었다고 주장하며 철거건물명세서(20동 취득가액: 112,457,515원)와 구축물철거명세(57건 취득가액: 380,61 9,675원)에 다음과 같이 이를 입증하는 증빙서를 첨부하여 제시하고 있으나, 위(4) 내용과 같이 공인된 회계감사서류와 공고된 재무제표상에 철거되어 자산이 감소된 사항의 표기가 없고 철거건물은 명세서상 20동, 증빙서류상 15동으로 차이가 있으며, 구축물은 철거확인서내용(이해 관계자의 확인)을 구체적으로 확인할 수 있는 증빙서류의 제시가 없음을 모두어 보아, 쟁점토지 양도일 전에 지상건축물이 철거되었다는 청구주장은 신빙성 있어 보이지 않고 그 철거된 자산의 가액이 불분명하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다. 구분 철거건물 철거 구축물 동수 면적m² 증빙서류 건수 증빙서류 쟁점토지1 12 1,444.02 ｏ건축물철거신고서수리(‘97. 5.21. ○○시 ○○구청장) o건축물멸실처리통보(‘97. 5.30. ○○시 ○○구청장) 57 o '97. 5.29. 이전철거사실확인(2000. 1. ○○시멘트건설(주) ○○소장) 쟁점토지2 3 258.02 o건축물철거멸실확인서(‘97. 1. 8. ○○동장)

(6) 쟁점토지1 지상건물증 15동 24,860,83m²에 대한 건축물 철거신고 수리를 ‘99. 7. 3. ○○시 ○○구청장이 청구 외 ○○시멘트(주)에 통보하였음이 확인된다.

(7) 철거공사 비용은 매수자가 부담한 사실이 확인된다.

(8) 이 건 결의서 및 신고서를 살펴보면, 양도가액은 실거래가액으로 하고, 취득가액은 의제취득일(‘85. 1. 1.)이전 취득분으로 그 가액이 불분명하여 법인세법 시행령 제124조 의 5 【기준시가의 산정】제2항 제1호에 규정을 적용하여 산정하였음을 알 수 있다.

(9) 사실관계 및 관련법규를 모두어 판단하면,

① 토지만의 양도를 목적으로 당해 토지에 정착된 건물을 철거한 경우에는 철거 당시의 당해 건물의 장부상 잔액과 철거비용은 자본적지출에 해당하므로 당해 토지의 취득가액에 포함하는 것이나, (같은 뜻: 법인세법 기본통칙 7-2-9···59의 2, 법인22601-3895, ‘88.12.30.)

② 양도자가 양도시 토지를 그 매수자로부터 다시 임차하여 그 지상에 정착된 자기소유의 건축물 등과 함께 일정기간 사용·수익하다가 약정된 임차기간 만료시 지상정착물을 철거하기로 약정한 경우에는 철거하는 당해 지상정착물 등의 장부상 잔액과 철거비용 등은 이미 양도한 토지의 가치증대와 무관한 것으로 양도자산의 취득가액 또는 양도비용에 포함하지 아니하고, 그 철거일에 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있다. (같은 뜻: 법인46012-2964, ‘98.10.12. 법인46012-3386, ’98.11.07, 법인46012-3439, ‘98. 11.11.)

③ 양도차익을 계산함에 있어 취득가액이 불분명하여 관련법규에 따라 취득가액을 기준시가로 산정하였다면, 자본적지출 등 취득시 필요경비는 기준시가로 계산된 취득가액에 포함되었다 할 것이므로 추가로 자본적지출금액 등을 필요경비로 인정할 수 없는 것으로 판단된다. (같은 뜻: 재일 46014-1302, ‘95. 5.30.) 그렇다면, 처분청에서 이 건 쟁점토지의 양도차익을 계산함에 있어 위지상 건축물의 장부가액을 쟁점토지의 취득가액에 가산하지 않고 결정한 처분은 잘못이 없다할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.