부과제척기간 경과로 손금 인정하지 아니한 처분의 당부

○○세무서장이 1999. 8.16. 청구법인에게 고지 결정한 1995년 사업연도 법인세 83,775,140원, 동 농어촌특별세 4,175,630원, 1997년 사업연도 법인세 198,630, 390원, 동 농어촌특별세 21,766,160원의 부과 처분은, 손금의 귀속시기 차이로 손금 조정한 연구개발비 327,559,811원(1995 사업연도에 174,405,657원, 1997 사업연도에 153,154,154원)은 당초 신고 내용대로 손금 귀속시기를 인정하고, 1997년 사업연도 감가상각비(연구개발비) 부인액 705,768,559원은 손금 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 자동차 소음방지 제품 제조업을 영위하는 영리법인으로, 처분청에서 청구법인에 대한 법인세 조사 시 청구법인이 1993년~1997년 사업연도에 확정된 비용 327,559,811원(이하 "쟁점①금액"이라 한다)을 실제 지급일을 기준으로 세무조정하여 법인세를 신고한 사실을 적출하여 비용이 확정된 사업연도의 손금으로 법인세를 결정하고, 1997년 사업연도에 손금으로 계상한 연구개발비 836,714,536원(이하 "쟁점②금액"이라 한다)을 자산의 취득 및 부대비용으로 보아 즉시상각의제금액 130,945,797원을 차감한 705,768,559원을 손금 불산입하여 1999. 8.16. 청구법인에게 1995년 사업연도 법인세 83,775,140원, 동 농어촌특별세 4,175,630원, 1997년 사업연도 법인세 198,630,390원, 동 농어촌특별세 21,766,160원을 고지 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.11.13. 심사청구 하였다.

• 가. 청구법인은 당기(1993~1997년 사업연도)에 확정된 연구개발비(쟁점①금액)를 실제 지급일 기준으로 세무조정하여 세금의 조기 납부라는 불리한 결과를 가져왔음에도 처분청에서 손금 귀속시기의 오류에 대한 경정결정을 하면서 1993년 사업연도 연구개발비 181,817천원은 부과제척기간 경과를 이유로 손금으로 인정하지 아니함은 부당하다.
• 나. 1997년 사업연도에 손금 계상한 연구개발비 836,714천원(쟁점②금액)은 고정자산을 설치하면서 부수적으로 발생하는 부대비용이 아닌 제품 제조와 관련된 기술 도입으로 인하여 지급한 것으로 이는 연구개발비에 해당함에도 처분청에서 이를 자산의 취득비용으로 보아 손금 불산입한 처분은 부당하다.

• 가. 쟁점①금액 중 1993년 사업연도 손금 해당분은 부과제척기간이 만료되었으며, 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대하여 과세표준을 증감시키는 어떠한 경정 결정도 할 수 없는 것이므로 당초 처분은 정당하다.
• 나. 쟁점②금액(미화 $591,234) 중 영국의 P○○ Ltd(이하 "P○○"라 한다)에 지급한 미화 $195,000은 청구법인의 ○○공장 ○○생산 라인에 대한 설계비 등으로 지급한 것으로 이는 자산의 취득비용에 해당하며, 독일의 P○○/Gmbh(이하 "독일P○○"라 한다)에 지급한 $396,234는 시운전에 필요한 사항을 이전받은 대가로 지급한 것으로 이는 자산의 취득부대 비용에 해당하므로, 즉시상각의제금액을 제외한 손금 불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 부과제척기간 경과를 이유로 1993년 사업연도 손금 해당분을 손금 인정하지 아니한 처분과,

(2) 쟁점②금액을 연구개발비에 해당하지 아니한다고 보아 과세한 처분이 적법한지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호의 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 법인세법 제9조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.

○ 같은 법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 내국법인이 매입 ․ 제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산 ․ 부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적인 공정 ․ 타당하다고 인정되는 기업 회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업 회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산 ․ 부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 같은 법 시행령 제36 【손익의 귀속사업연도】

① 법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다.

8. 제1호 내지 제7호 외의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 재정경제부령이 정하는 바에 의한다.

② 내국인이 법 제17조 제3항에 규정하는 기업 회계기준 또는 관행에 의하여 익금과 손금을 계상하지 아니한 경우에는 당해 익금과 손금의 귀속사업연도 제1항 각 호의 규정에 의한다.

○ 같은 법 시행령 제38조 【이연자산의 평가】

① 법 제17조 제4항의 규정에 의하여 취득가액을 계산하거나 기타 자산 ․ 부채 등을 평가함에 있어서 "이연자산"은 다음 각호의 금액으로서 당해법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.

4. 연구개발비: 신제품 ․ 신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기다할 수 있는 것으로 하되, 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 연구시설취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다.

② 제1항의 이연자산은 다음 각 호의 방법에 의하여 상각한다.

4. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년 이내의 매 사업연도에 균등 액 이상을 상각하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 청구법인은 1993년에 181,817,850원, 1994년에 145,742,231원, 1995년 7,411,923원의 비용이 발생하였음에도 법인세 신고 시 비용이 발생한 사업연도의 손금으로 계상하지 아니하고 비용을 지급한 1995년 및 1997년 사업연도의 손금으로 계상하였으며, 처분청은 비용이 확정된 사업연도의 손금으로 귀속시기를 조정 결정하면서 1993년 사업연도 분에 대하여는 부과제척기간의 경과를 이유로 조정하지 아니하였음에는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다. (나) 청구법인은 1997년 사업연도에 영국의 P○○ Ltd. 지급하여야 할 미화 $195,000과 독일의 P○○ Gmbh.에 지급하여야 할 $396,234는 자동차 부분품 생산에 사용되는 H○○(차량 소음제거장치)의 제조와 관련된 Know-how와 기술이전의 대가로 지급한 것으로, 이는 연구개발비에 해당한다고 하여 위 금액 전부를 1997년 사업연도의 손금으로 계상하여 법인세를 신고하였으며, 처분청은 쟁점②금액(미화 $591,234) 중 영국의 P○○ Ltd에 지급하여야 할 금액은 청구법인의 ○○공장 H○○ 생산 라인에 대한 설계비 등으로 지급한 것으로 이는 자산의 취득비용에 해당하며, 독일의 P○○ Gmbh.에 지급하여야 할 금액은 시운전에 필요한 사항을 이전받은 대가로 지급한 것으로 이는 자산의 취득부대 비용에 해당하므로, 즉시 상각의제금액을 제외한 금액을 손금 불산입하여 과세하였음이 신고서 및 결정 결의서 등에 의하여 알 수 있다.

○ 판단 (가) 부과제척기간 경과를 이유로 1993년 사업연도 손금 해당분을 손금 인정하지 아니한 처분에 대하여 살펴본다. 쟁점①금액을 청구법인이 비용 지급 시 손금을 인식하여 법인세를 신고한 것, 세법에 의한 비용 확정 시 손금을 인식하는 것 및 처분청의 결정에 따른 세액의 효과를 비교하면 아래와 같다. 아 래 1). 청구법인 신고 내용(비용 지급 시 손금인식) (단위: 백만원) 연도별 1993 1994 1995 1996 1997 계 손금금액 0 0 182 0 153 335 세율