비영리법인의 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구법인은 비영리법인으로서 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 신고하면서 비수익사업에서 발생한 이자수익 1996. 3. 1.~1997. 2.28. 사업연도 174, 288,944원, 1997. 3. 1.~1998. 2.28. 사업연도 122,710,691원(이하 “쟁점이자수익”이라 한다)에 대한 원천납부세액 1996. 3. 1.~1997. 2.28. 사업연도 34,679, 300원, 1997. 3. 1.~1998. 2. 28. 사업연도 24,536,610원(이하 “쟁점원천납부세액”이라 한다)을 기납부세액으로 공제하였다. 처분청은 청구법인이 수익사업에 대한 법인세 신고 시 쟁점이자수익을 각 사업연도소득에 포함하지 아니하였다는 이유로 쟁점원천납부세액을 기납부세액에서 제외하여 1999. 7. 7. 청구법인에게 1996. 3. 1.~1997. 2.28. 사업연도 법인세 45, 211,403원, 1997. 3. 1.~1998. 2.28. 사업연도 법인세 28,501,726원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.10. 4. 심사청구하였다.

비영리 내국법인의 이자소득에 대하여는 동 금액의 한도 내에서 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입할 수 있고, 고유목적사업에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 이자수익은 결국 법인세과세표준에서 계상될 소득이 없으므로 법인세 과세표준신고서의 형식요건 불비라는 이유만으로 쟁점원천납부세액을 기납부세액에서 제외하여 법인세를 경정한 것은 부당하다.

비수익사업에서 발생한 이자수익에 대한 원천납부세액은 법인세 신고 시 이자수익을 각 사업연도소득에 포함하여야 기납부세액으로 공제받을 수 있는 것인 바, 청구인은 법인세 신고 시 이자수익을 각 사업연도소득에 포함하여 신고하지 아니하였으므로 쟁점원천납부세액은 기납부세액으로 공제할 수 없다.

• 가. 쟁점 비영리법인이 법인세 신고 시 이자수익을 각 사업연도소득에 포함하지 않은 경우 원천납부세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제26조 【과세표준의 신고】 제1항에서 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 제27조 【비영리내국법인의 과세표준 신고】 제1항에서 『비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영리대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득” 이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』라고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 수익사업에 대한 법인세 신고 시 쟁점이자수익을 각 사업연도소득에 포함하지 아니하고 쟁점원천납부세액을 기납부세액으로 공제한데 대하여는 다툼이 없다. 청구법인은 이자소득에 대하여는 동 금액의 한도 내에서 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입할 수 있어 결국 법인세과세표준에서 계상될 소득은 없으므로 법인세 과세표준신고 시 수입금액에 포함하지 아니하였다고 하여 원천납부세액을 기납부세액에서 제외하는 것은 부당하다고 주장하나, 비영리내국법인이 이자수익에 대하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 경우에는 원천징수의 방법에 의하여 과세하는 것이고, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니하는 것이므로 고유목적사업준비금을 손금에 계상할 수 없는 것(같은 뜻: 법인 46012-638, 1998. 3. 14.)인 바, 법인세 각 사업연도소득에 쟁점이자수익을 포함하지 않고 법인세를 신고한 이건 쟁점원천납부세액을 기납부세액에서 제외하여 법인세를 경정한 당초처분은 정당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.