수도권안의 투자에 대한 조세감면 배제 사유에 해당하는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구법인이 조세감면규제법 제25조【생산성향상시설투자에 대한 세액공제등】제1항에 규정 의하여 ‘96사업년도 법인세신고시 83,908,491원의 세액을 공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 받아 신고한 사항에 대하여, 처분청은 위 세액공제 신고내용이 조세감면규제법 제47조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】제1항의 규정에 해당되므로 위 세액공제액 적용을 배제하고 1999.7.2 법인세 110,725,640원을 청구법인에게 고지결정 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ‘99. 9. 30. 심사청구를 하였다.

(1) 청구법인은 ‘79년부터 대표이사가 ○○지역을 소재하던 개인사업장을 ’91년도에 포괄적인 양수도로 법인전환 하였고 인수전 사업과 동일한 업종을 현재까지 사업을 영위하고 있기 때문에 ‘89년 12월31일 이전부터 수도권 안에서 계속하여 사업을 영위한 업체에 해당됨에도 불구하고, 처분청은 조세감면규제법 제47조제1항의 ’90.1.1이후 수도권안에서 “창업”한 경우로 보고 쟁점세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

(2) 이건 조세감면 사항에 대하여 ‘97년도 ○○지방국세청의 처분청감사시 제반서류 제시되고 검토되어 문제점이 없는 것으로 판명된 것으로 알고 있으나, 이제 와서 감사원 지적사항 이라 하여 가산세까지 추징함은 행정행위의 일사부재리라는 관점에서 불합리한 처분이므로 가산세 18,426,306원은 취소하여야 한다.

청구법인은 ‘95년 12월에 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 소재의 아파트형 공장을 분양받은 후 동 소재지에 지점법인을 설립하여 생산성향상설비투자를 하였는바, 이는 조세감면규제법 제47조제1항의 “내국인이 ‘90.1.1 이후 수도권 안에서 창업하는 경우 고정자산에 대하여 조세감면 배제 규정에 해당되므로 쟁점세액공제를 배제한 당초처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점세액공제가 조세감면규제법 제47조의 배제규정에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세감면규제법 제25조【생산성향상시설투자에 대한 세액공제등】 제1항에서 『대통령령이 정하는 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 1996년12월31까지 다음 각호의 1에 해당하는 시설중 대통령령이 정하는 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우 당해 시설투자에 대하여는 제10조제1항 및 제3항의 규정을 준용하여 세액공제를 하거나 손금산입을 할 수 있다. 이 경우 중소기업이 제1호의 시설에 투자한 때에는 세액공제율을 100분의 5(대통령령이 정하는 국산투자재를 사용하여 투자하는 경우에는 그투자금액의 100분의 15)로 한다.

4. 공업발전법에 의한 합리화시설』라고 규정하였으며,

○ 조세감면규제법 제47조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】 제1항에서『내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권안에서 창업하는 경우(“생략”) 수도권안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대하여는 … 제25조 … 의 규정을 적용하지 아니한다.』라고 규정하고, 제2항에서『1990년 1월 1일 전부터 수도권안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인이 수도권안에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용고정자산으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여 … 제25조제1항제1호내지 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. “이하생략”』라고 규정하였다.

○ 조세감면규제법 시행령 제47조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】 제1항에서『법 제47조제1항 및 제3항에서 “창업”이라 함은 각각 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다』라고 규정하였으며, 제2항에서 『법 제47조제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 증설투자”라 함은 1990년 1월 1일전부터 증설하여 사업을 영위하는 사업장에 사업용고정자산을 새로이 설치를 위한 투자로서 기존의 사업용고정자산을 대체하기 위한 투자에 해당하지 아니하는 것을 말하다.』라고 규정하였다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ‘96사업년도중에 전자기기 제조에 필요한 기계등 장비를 912,322,306원에 구입하고 이를 대상으로하여 ’96사업년도 법인세 신고시 조세감면규제법 제25조 규정에 의하여 생산성향상시설투자에 대한 세액공제 83,908,491원을 산정하여 신청하고 산출세액에서 그 공제세액을 차감하여 법인세를 신고 납부 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 1979. 9. 5일부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 개인기업체인 청구외 ○○전자 (대표: 박 ○○)를 1991. 8. 1. 사업의 포괄적인 양수도에 의하여 업종전환 없이 법인으로 전환하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지소재에서 사업을 영위하던중, 1995.10.26. 인접지역인 ○○시 ○○구 ○○동○가 ○○번지소재 천강아파트형 공장을 분양취득하고 동 건물에 새로이 지점법인 사업장을 설립하여 전자기기 제조 사업을 1995. 12. 29.부터 현재까지 영위하고 있음이 청구법인 주장 및 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 사실관계 및 청구주장을 모두어 보면, 청구법인은 기존 사업장이 협소하고 사업용 신기계 설치가 어려움이 있어 1995. 10.26. 인근지역인 ○○시 ○○구 ○○동○가 ○○번지(천장아파트형 공장) 소재지에 새로이 제조 사업장을 취득하고 ‘96사업년도중 전자기기 제조기계등 신장비를 912,322,300원에 구매하여 설치투자 것으로 보여지며, 본점이고 기존사업장인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 사업장의 사업용 고정자산을 대체하기 위하여 투자한 것으로 보여지지는 않는다.

(4) 이건 관련 조세감면 배제 규정을 모두어 보면, 생산성향상투자에 대한 세액공제의 배제규정인 조세감면규제법 제47조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】제1항 규정에서 내국법인이 ‘90.1.1.이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치 하여 사업을 개시 하는 경우 수도권 안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대하여는 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용하지 않는다고 하였고, 제2항에서 ’90.1.1. 전부터 계속하여 사업을 영위하는 사업장에 사업용고정자산을 새로이 설치하기 위한 증설투자도 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계와 법령사항이 이러하다면, 청구법인은 1990.1.1 이후 새로이 수도권안에 지점법인이며 제조공장인 사업장을 신설하여 그 지점 사업장에 ‘96사업년도중 기계등 장비를 구매하여 설치한 것을 보여지므로, 처분청이 이건 관련 공제세액을 배제하고 결정고지한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

(6) 청구법인은 예비적 청구로 이건 관련하여 ‘97년도에 ○○지방국세청의 처분청 감사시 검토되고 문제점이 없다 하였음에도 ’99년도 감사원에서 재차 감사하여 부과처분함은 행정행위의 일사부재리 원칙에 부합되지 않는 처분이며 행정처분상의 과실로 인하여 발생된 사항인 만큼 가산세부과 처분을 취소하여야 한다고 주장하나. 세법상 가산세는 개별세법이 과세의 적정을 기하기 위하여 정한 납세의무의 성실한 이행을 확보할 목적으로 납세자가 세법상 정한 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가하여지는 일종의 행정벌적인 성격을 가진 제재이고, 이건 사유와 귀책이 감사공무원 및 관련공무원에게 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 이건 관련하여 가산세 부과한 처분함은 정당하다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조제1항제2호 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.