최저한세 범위 내에서 추가 감면 여부

○○세무서장이 1999. 7.20. 청구법인에게 결정고지한,

1. 1995. 7. 1. ~ ‘96. 6.30. 사업연도분 법인세 13,438,290원의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 1996. 7. 1. ~ ‘97. 6.30. 사업연도분 법인세 31,669,690원의 부과처분은 구조새감면규제법 제9조의 규정에 의한 감면세액으로서 23,946,374원을 산출세액에서 공제하여 그 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 전자관 등을 제조하는 법인으로서, 구 조세감면규제법 제9조와 같은법 제10조의 규정에 의한 법인세 감면세액으로 ‘95. 7. 1. ~ ’96. 6.30. 사업연도에 113,097,668원을, ‘96. 7. 1. ~ ’97. 6.30. 사업연도에 308,887,977원을 각각 산출하여 세액에서 공제하여 신고·납부하였다. 처분청은 청구법인의 구 조세감면규제법 제10조의 감면신청은 수도권 안의 투자로서 감면대상이 아님에 따라, 관련된 감면신고세액 ‘95. 7. 1. ~ ’96. 6.30. 사업연도분 9,738,604원(이하 “쟁점감면세액1”이라 한다)과 ‘96. 7. 1. ~’97. 6.30. 사업연도분 23,946,374원(이하 “쟁점감면세액2”라 한다)을 감면세액에서 제외하고 대차대조표 공고불이행가산세를 적용하여, 1999. 7.20. 청구법인에게 ‘95. 7. 1. ~’96. 6.30. 사업연도분 법인세 13,438,290원과 ‘96. 7. 1. ~ ’97. 6.30. 사업연도분 법인세 31,669,690원을 각각 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 9.28. 심사청구 하였다.

당초 신고납부시의 감면세액은 최저한세 적용으로 감면신청세액 전체를 감면받지 못하였으며, 그 중 일부가 감면대상이 아님에 따라 경정되더라도 최저한세만큼의 세액을 감면하여야 함에도 감면대상 아닌 감면신청세액 전체를 감면배제하고 과세함은 부당하다.

세액공제 신고오류에 대한 경정결정으로서 수도권 안의 투자금액은 감면대상에 해당하지 아니하므로 당초처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 경정결정으로 감면대상 2항목 중 1항목이 제외된 경우, 감면대상 1항목에 대한 감면세액을 최저한세 범위 내에서 추가로 감면받을 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 최저한세에 대하여, 구 조세감면규제법(‘95.12.29. 법률 제5028호 개정분, 이하 같다) 제118조 제1항에서 『내국법인(괄호 생략)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제53조 제1항 의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(적정유보초과소득에 대한 법인세·특별부가세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정한 세액공제를 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각 호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 12를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다. 1.~2. (생략)

3. 제5조 ․ 제9조 ․ 제10조 ․ 제25조 내지 제27조 ․ 제31조 제9항 ․ 제32조 제8항 ․ 제37조 ․ 제45조 ․ 제51조 제2항 ․ 제88조 ․ 제98조, 이 법 부칙 제14조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의한 세액공제금액.

4. (생략)』라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액 공제】 제1항에서 『제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소금하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 제10조【기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등】 제1항에서 ‘내국인이 기술 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 하거나 손금산입을 할 수 있다. (이하 각 호 생략)』라고 규정하고 있으며, 수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제에 대하여, 같은법 제47조 제1항에서 ‘내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 창업하는 경우(괄호 생략) 수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산에 대하여는 제5조·제10조·제25조 내지 제27조 및 제88조의 규정을 적용하지 아니한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ‘95. 7. 1. ~ ’96. 6.30. 사업연도소득에 대한 법인세 신고 시, 구조세감면규제법 제9조와 같은법 제10조의 감면대상세액은 238,767,548원이나 최저한세 적용으로 125,669,880원을 제외한 113,097,668원을 감면세액으로 하였고, ‘96. 7. 1. ~’97. 6.30. 사업연도소득에 대한 법인세 신고 시, 구 조세감면규제법 제9조와 같은법 제10조의 감면대상세액은 362,627,474원이나 최저한세 적용으로 53,739,497원을 제외한 308,887,977원을 감면세액으로 하여 각각 법인세 신고·납부하였음을, 청구법인의 법인세 신고서 및 그 부속서류에 의하여 알 수 있다. 즉, 최저한세 적용으로 인하여 ‘95. 7. 1. ~ ’96. 6.30. 사업연도에 공제받지 못한 감면세액이 125,669,880원이고 ‘96. 7. 1. ~’97. 6.30. 사업연도에 공제받지 못한 감면세액이 53,739,497원임을 알 수 있다.

(2) 처분청은, 내국인이 구 조세감면규제법 제47조의 규정에 의하여 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우에는 구 조세감면규제법 제10조의 규정에 의한 “기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제”가 적용되지 아니한다는 이유로 쟁점감면세액을 감면배제 한 이 건 부과처분하였음이 처분청의 결정결의서 및 조사서 등 부속서류에 의하여 알 수 있다.

(3) 청구법인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업한 법인임에는 다툼이 없고, 처분청이 구 조세감면규제법 제47조의 규정에 의하여 같은법 제10조 【기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등】의 적용을 배제한 것은 적법하다 할 것이다. 그러나, 앞서 살펴 본바와 같이 최저한세 적용으로 공제받지 못한 감면세액이 있고, 쟁점감면세액을 감면배제하더라도 같은법 제9조의 규정에 의한 감면대상세액이 최저한세 범위를 초과하는 세액이므로 쟁점감면세액을 추가로 감면하여야 할 것(질의회신 ‘94. 4.29. 자 법인46012-1245호와 ’92. 9.28. 자 법인22601-2018호 외 다수 같은 뜻)으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구법인의 주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.