종합토지세와 이자를 손금불산입하고, 분양대금을 익금산입하며 분양대금의 공급시기를 매수자의 입주일로 보아 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 중소기업협동조합법에 의거 설립된 당기순이익과세법인으로서, 국세청장은 처분청에 대한 감사시 청구법인이 전기이전 지출한 종합토지세 1,158,218,110원(이하 “쟁점종합토지세”라 한다)과 지급이자 732,512,752원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 당기비용인 각 전기오류수정손실과 매출원가로 계상한 데 대하여 당기비용으로 계상할 수 없다고 지적하였고, 또한 청구외 (주)○○은행에 분양한 상가건물의 잔금 1,288,000,000원(이하 “쟁점분양대금)에 대하여 1997.6.26. 매수인이 입주한 날을 재화의 공급시기로 보아야 한다고 지적하였으며, 처분청은 이에 의하여 1999.6.21. 청구법인에게 1997 사업연도 법인세 200,004,050원, 농어촌특별세 66,546,830원, 1997년 제1기분 부가가치세 24,495,200원, 합계 291,046,080원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.9.18. 심사청구하였다.

• 가. 당기순이익 과세법인은 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무제표상의 당기순이익을 세무조정함이 없이 과세표준으로 신고하는 것인바, 기업회계기준 제58조 제2항에서 전기오류수정손실을 특별손실에 포함시키도록 되어 있으므로, 전기오류수정손실로 계상한 쟁점종합토지세는 당기의 비용으로 인정되어야 하고,
• 나. 기업회계기준 제65조 제2항에서 건설이 장기간 소요되는 경우에 당해 자산의 제작 등에 사용된 차입금에 대하여 당해 자산의 취득 완료시까지 발생된 이자비용은 당해 자산의 취득원가에 산입한다고 규정하고 있는바, 쟁점이자는 당해 자산의 취득완료 전에 발생한 것으로서, 재고자산의 취득원가로 계상되었다가 당해 자산의 분양으로 인한 수익실현시점인 1997 사업연도의 대응원가로 인정되어야 하며,
• 다. 청구법인이 청구외 (주)○○은행에 상가건물을 분양시 잔금은 “개점시(단. 소유권이전서류 교부시)” 지급하기로 되어 있어 소유권이전서류 교부가 이 건 거래의 가장 중요한 조건이라고 할 것인바, 현재까지 잔금(쟁점분양대금)을 받지 못하였고 소유권이전도 되지 않았으며, 건물시공회사가 청구법인의 대지를 압류하고 있어 청구외 (주)○○은행이 계약 해지통보 후 계약금과 중도금 및 위약금을 배상하라는 소를 제기한 상태임에도, 단순히 개점시점을 공급시기로 보아 법인세와 농어촌특별세 및 부가가치세를 과세함은 부당하다.

• 가. 전기이전에 지급한 쟁점종합토지세는 그 손금이 확정된 사업연도의 비용이므로 전기오류수정손실로 처리하여 당기의 손금으로 할 수 없고,
• 나. 재고자산의 건설에 장기간이 소요되는 경우 당해 건설에 사용된 차입금에 대한 이자비용을 당해 자산의 취득원가에 산입한다는 기업회계기준 제65조 제2항은 1996.3.30. 신설되어 1997 사업연도부터 적용되는바, 1996.12.31. 이전에 지출한 쟁점이자는 지출 당시의 비용으로 처리하여야 하며,
• 다. 매수자가 계약금과 1차ㆍ2차 중도금을 납부하고 잔금을 미납한 상태에서 1997.6.26. ○○은행 ○○지점을 개점하여 입주하였기에, 매수자가 입주한 시점을 공급시기로 보아 신고누락된 쟁점분양대금에 대하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점종합토지세와 쟁점이자를 손금불산입하고 쟁점분양대금을 익금가산하여 법인세를 과세하고, 쟁점분양대금의 공급시기를 매수자의 입주일로 하여 부가가치세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있고, 제3항은 “내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제37조의 2【기업회계기준의 적용배제 등】 제1항은 “법 제17조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 및 조세감면규제법에 의한 준비금ㆍ충당금외의 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우

2. 제1호외에 법(법 제17조를 제외한다) 및 조세감면규제법에서 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 기업회계기준 또는 관행과 달리 규정하고 있는 경우

3. 제36조 제1항 제7호의 규정에 의하지 아니하고 장기도급계약에 의한 건설 또는 제조의 손익을 계상하는 경우

4. 제37조의 3ㆍ제37조의 4ㆍ제38조 및 제38조의 2의 규정에 의하지 아니하고 자산등을 평가하는 경우. 다만, 총리령이 정하는 외화부채등의 평가에 대하여는 그러하지 아니하다.

5. 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우

6. 제19조 제3항에 규정하는 금융기관등의 손익귀속등 기타 기업회계기준 또는 관행의 적용을 배제할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 총리령이 정하는 경우“라고 규정하고 있다.

○ 기업회계기준 제40조【손익계산서 작성기준】은 “손익계산서는 다음 각호에 따라 작성하여야 한다.

1. 모든 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 정당하게 배분되도록 처리하여야 한다. 다만, 수익은 실현시기를 기준으로 계상하고 미실현수익은 당기의 손익계산에 산입하지 아니함을 원칙으로 한다. (2호~4호 생략)”라고 규정하고 있다.

○ 기업회계기준 제58조【전기오류수정손익】 제1항은 “전기오류수정손익은 전기이전에 발생한 사유로서 전기이전 재무제표에 대한 오류의 수정사항에 속하는 손익항목을 말한다.”라고 규정하고 있고, 제2항은 “제1항의 전기오류수정손익의 대상이 되는 회계상의 오류는 회계기준 적용의 오류, 추정의 오류, 계정분류의 오류, 계산상의 오류, 사실의 누락 및 사실의 오용 등으로 한다.”라고 규정하고 있다.

○ 1996.3.30. 신설된 기업회계기준 제65조【재고자산의 평가】 제2항은 “재고자산의 제조 또는 건설에 장기간이 소요되는 경우에 당해 자산의 제작 등에 사용된 차입금에 대하여 당해 자산의 제조 또는 취득완료시까지 발생된 이자비용 기타 이와 유사한 금융비용은 당해 자산의 취득원가에 산입하고 그 금액과 내용을 주석으로 기재한다.(단서 생략)”라고 규정하고 있고,

○ 동 부칙 제1항【시행일】은 “이 기준은 1996년 3월 30일부터 시행한다.”라고 규정하고 있으며, 제2항【일반적 적용례】는 “이 기준은 이 기준 시행일 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용한다.”라고 규정하고 있다.

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】 제1항은 “재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때”라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제21조【재화의 공급시기】 제1항은 “법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.”라고 규정하고, 제4호에서 “완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때”를 열거하고 있다.

○ 같은 법 시행규칙 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】 는 “영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.”라고 규정하고, 제1호에서 “재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우”를 열거하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 청구주장 “가”의 쟁점종합토지세에 대하여 전시 법인세법 시행령 제37조 의 2 제1항 제5호는, 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우 기업회계기준 적용을 배제한다고 규정하고 있는바, 결산재무제표상 당기순이익을 법인세 과세표준으로 하는 공공법인이 조세회피 목적으로 전기 이전의 회계상 오류를 전기손익수정손실로 계상한 경우, 당초 발생한 사업연도 과세표준에서 가감하는 것으로서(법인46012-2688, 1997.10.18. 같은 뜻), 상가신축분양시의 토지에 대한 종합소득세 등은 기업회계기준상 세금과공과금에 해당하여 지급의무가 확정된 사업연도의 비용으로 처리하여야 할 것이므로, 전기이전 사업연도에 지급하였음에는 다툼이 없는 쟁점종합토지세를 당기의 비용(전기오류수정손실)으로 처리함은 잘못이라고 판단된다.

○ 청구주장 “나”의 쟁점이자에 대하여 전시 법인세법 제17조 제3항 에서, 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다고 규정하고 있는데, 재고자산의 건설에 장기간이 소요되는 경우 당해 건설에 사용된 차입금에 대한 이자비용을 당해 자산의 취득원가에 산입한다는 기업회계기준 제65조 제2항은 1996.3.30. 신설되어 이 기준 시행일 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용한다고 규정하고 있어, 청구법인의 경우 1997.1.1.~1997.12.31. 사업연도부터 적용하여야 할 것인바, 1996.12.31. 이전에 지출한 지급이자는 지출 당시의 비용으로 처리하여야 할 것이므로, 1996.12.31. 이전에 지출한 쟁점이자를 1997.1.1.~1997.12.31. 사업연도의 재고자산 취득원가에 포함 할 수는 없다고 보여진다.

○ 청구주장 “다”의 쟁점분양대금에 대하여 청구법인이 청구외 (주)○○은행과 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 11필지 제○공구 편의 ○동 지상 1층 ○호 토지 724㎡, 건물 904.02㎡의 매매와 관련하여 작성한 분양계약서를 보면, 계약일인 1996.10.9. 계약금 772,800,000원, 1997.1.31. 1차 중도금 1,545,600,000원, 1997.3.20. 2차 중도금 1,545,600,000원, 개점시(단, 소유권이전서류 교부시) 잔금 1,288,000,000원을 지급하는 것으로 되어 있는데, 청구법인은 계약금과 1,2차 중도금을 수령하여 부가가치세를 신고납부하였으며, 잔금 미수령 상태에서 1997.6.26. 청구외 (주)○○은행이 ○○지점을 개점하여 입주하였고, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 전시 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 에서 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때를 공급시기로 규정하고 있는바, 청구인과 청구외 (주)○○은행간에 체결한 상가분양계약은 부가가치세법 시행규칙 제9조 제1호 의 중간지급조건부 계약이라고 할 것으로서, 중간지급조건부로 공급하기로 계약을 하고 소유권이전 및 잔금지급전에 이를 이용가능하게 한 경우의 공급시기는 당해 건물이 이용가능하게 되는 때이므로(부가22601-1456, 1988.8.20. 같은 뜻), 매수자인 청구외 (주)○○은행이 입주하여 영업을 개시한 때를 공급시기로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 위 내용을 종합하면, 쟁점종합토지세와 쟁점이자는 각각 지급의무가 확정된 사업연도의 비용으로 처리하여야 할 것이고, 쟁점분양대금은 매수자가 입주하여 영업을 개시한 때를 공급시기로 보아야 하므로, 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.