경정청구에 의한 환급이 가능한지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하고 있으며 부동산 임대와 이자수입의 수익사업과 언론관련 연구 및 출판사업 등을 지원하고 있는 비수익사업을 영위하는 비영리법인으로서, 1997.1.1~12.31 사업연도의 법인세과세표준과 세액신고시 법인세 차가감납부할 세액을 환급세액 499,654,719원으로 하여 1998.3.31 신고하였으며, 그 후 같은 사업연도의 원천징수영수증의 제출누락으로 인하여 선납한 이자수입 원천징수납부세액의 누락세액 50,093,430원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)이 발생하였기에 동 쟁점세액의 환급을 요구하는 경정청구서를 1999.3.29 처분청에 제출하였다. 처분청은 위 경정청구에 대하여 당초 법인세 과세표준에 포함하지 않은 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며 이를 과세표준에 포함할 수 없으므로 쟁점세액의 환급 경정청구를 거부한다는 처분을 청구법인에게 1999.7.16 회신하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.9.8 심사청구하였다.

청구법인은 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 의거 당초 법인세과세표준 신고시 누락된 이자소득의 원천징수영수증의 납부세액을 환급하여야 함에도 처분청이 이를 거부함은 부당하다.

청구법인이 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 의거 신고시 누락된 이자소득의 원천징수세액에 대하여 환급을 요구하나, 국세기본법 제3조 의 세법등과의 관계규정에 의하면 각 세법에 특례규정을 두고 있는 경우는 그 세법에 규정에 의한다라고 규정하고 있는바, 이와 관련하여 구 법인세법 제27조 및 법인통칙 4-1-5…27호의 이자소득과 수익사업소득이 함께 있는 비영리법인이 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 과세표준에 포함하지 않은 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며 이를 과세표준에 포함할 수 없으므로 쟁점세액의 환급 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리법인의 쟁점세액을 경정청구에 의하여 환급이 가능한지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 법인세법 제12조 의 2(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전) 【고유목적준비금의 손금산입】 제1항에 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 1호. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 2호~3호 생략 4호. 제1호 내지 제3호외에 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액』이라고 규정하고

○ 같은법 제26조 【과세표준의 신고】 제1항에 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있으며

○ 같은법 제27조 【비영리내국법인의 과세표준신고】 제1항에 『비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득” 이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』라고 규정하고 제2항에 『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수방법에 의하여 과세한다.』라고 규정하고 있으며 또한, 법인통칙 4-1-5…27호 【비영리내국법인의 이자소득 신고방법】에 「비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우에 원천징수된 이자소득 중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 영위하는 비영리법인으로서 1997.1.1~12.31 사업연도 법인세 과세표준과 세액신고시 법인세 차가감납부할 세액을 환급세액 499,654,719원으로 하여 1998.3.31 신고하였는데, 신고 후 ○○종합금융(주)에서 받은 이자금액 3건 249,826,828원 원천납부법인세 49,965,350원과 ○○은행 ○○지점에서 받은 이자금액 8건 640,550원 원천납부법인세 128,080원의 원천징수영수증을 서로 수수한 것으로 착각하여 제출누락함으로 인하여, 쟁점세액이 당초 신고시 환급세액에서 누락됨에 따라 이자금액 상당액의 고유목적사업준비금을 추가로 설정하고 쟁점세액의 환급을 요구하는 1997.1.1~12.31 사업연도 법인세 경정청구 수정신고서를 1999.3.27 처분청에 제출한 사실을 관련서류에 의해 알 수 있다.

(2) 이에 처분청은 위 관련법령의 규정에 의해 환급을 거부한다는 뜻의 법인세경정청구에 대한 회신을 1999.7.16 청구법인에게 발송한 사실 또한 관련서류에서 알 수 있다.

(3) 비영리법인이 법인세법 규정에 의하여 과세표준에 산입한 이자소득금액(비영업대금의 이익은 제외에 대하여 그 법인의 고유목적사업준비금 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 전액을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 산입할 수 있으며, 손금에 산입한 고유목적사업준비금은 그 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하여야 하며, 미사용잔액은 5년이 되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하도록 규정하고 있는데, 이는 비영리법인 고유의 공익목적에 많은 금액을 사용하여 설립목적에 부합되도록 유도하는 조세지원 제도인바, 고유목적사업준비금의 손금산입제도는 법인이 결산확정에 의하여 손금에 계상하여야만 세법에서 손금으로 인정하는 결산조정항목으로서 비영리법인이 이자소득금액을 각 사업연도 소득금액에 산입하지 아니한 경우에는 이를 고유목적사업준비금으로 하여 손금으로 계상할 여지가 없기 때문에 고유목적준비금을 설정할 수 없는 것으로 해석하고 있다.(예규법인 46012-2548호, 1996.9.11 같은뜻) 따라서, 이자소득과 수익사업소득이 함께 있는 비영리법인이 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 과세표준에 포함하지 않은 이자소득에 대하여는 분리과세 방법을 선택한 것으로 보아야 하므로 수정신고 또는 경정청구에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없으므로 쟁점세액의 환급은 불가능한 것이기에 청구법인의 환급 경정청구를 거부한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.