공장이전에 대한 감면 여부

○○세무서장이 1999.6.10. 청구법인에 고지 결정한 1997년 사업연도 법인세 88,510,110원의 부과 처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 포장지 제조업을 영위하는 영리법인으로, 청구법인 소유의 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 1필지 대지 3,640㎡, 건물 2,100㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 1997.4.20. 양도하고, 구공장의 양도는 구 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 특별부가세 감면대상이라고 1997년 사업년도 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장의 처분청에 대한 정기감사시 청구법인이 구공장을 양도할 당시 구공장은 임대용부동산이므로, 구 조세감면규제법 제42조의 감면 대상이 아니라는 지적에 의하여, 처분청은 감면을 배제하고 1999.6.10. 청구법인에 1997년 사업연도 법인세 88,510,110원을 고지 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 9. 9. 심사청구하였다.

청구법인은 구공장을 지방으로 이전하기 위하여 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 10,051.5㎡, 건물 2,588.84㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 취득하고 신공장에서 1995.9.7.부터 생산을 개시하였고, 구공장의 매각에 상당한 시일이 걸릴것으로 예상되어 매각이 종료되는 즉시 임대가 완료되는 조건으로 구공장을 일시적으로 임대하였으며, 신공장에서 생산을 개시한 날로부터 2년이내인 1997.5.19. 구공장을 양도하고 구 조세감면규제법 제42조 규정에 의하여 적법한 감면 신청을 하였음에도 처분청에서 감면 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

청구법인은 구공장을 임대하다가 지방으로 이전한 후 양도한 경우로서, 대도시내 공장시설을 지방으로 먼저 이전하여 사업을 개시한 후 구공장을 임대하다가 양도한 경우 및 지방으로 이전하기 전에 먼저 임대하다가 지방으로 이전후 양도한 경우에는 구 조세감면규제법 제42조 규정에 의한 “양도차익에 대한 법인세 등의 면제”를 적용받을 수 없는 것이므로, 구공장의 양도에 대하여 감면배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 구공장을 양도하고 감면신청한 것에 대하여 감면배제하여 과세한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 조세감면규제법 제42조(1989.12.30. 개정) 【공장양도차익에 대한 법인세등의 면제】 제1항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세를 면제한다』라고 규정하고 있고,

○ 구 조세감면규제법 제43조(1996.12.30. 개정) 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세등의 면제】 제1항제1호에서 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도하는 경우에는 대도시공장의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받을 수 있다』라고 규정하고 있으며,

○ 같은법 시행령 제41조 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세등의 면제】 제1항제1호에서 『법 제43조의 규정에 의하여 양도소득세등을 감면받을 수 있는 대도시공장의 지방이전은 지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하는 경우로 한다』라고 규정하고 있다.

○ 부칙(1993.12.31. 법률 제4666호) 제16조【양도소득세등에 관한 경과조치】 제7항에서 『대도시안에 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 1998년 12월 31일까지 종전의 제42조의 규정에 적합하게 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하거나, 1998년 12월 31일까지 그 공장을 양도하는 경우 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제42조의 규정에 의한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 대도시안(○○군 ○○읍)의 청구법인 소유 구공장을 지방으로 이전하기 위하여 신공장(○○도 ○○시)을 신축하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 구공장을 양도하고, 구공장 양도에 따른 특별부가세에 대하여 적법하게 면제신청하였음에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청에서는 청구법인이 구공장을 임대용부동산으로 사용하다가 양도하였다하여 감면 배제하였으나, 청구법인은 구공장에서 포장지 제조업을 영위하다가 신공장에서 생산을 개시(1995.9.7)한 이후에 구공장의 임대가 이루어졌고, 신공장에서 생산이 개시된 날로부터 2년 이내에 구공장을 양도(1997.4.20.)하였는바, 청구법인이 구공장을 임대한 것은 구공장의 지방이전 전부터 타인에게 임대한 것이 아니고 신공장에서 생산이 개시된 날 이후에 임대가 이루어진 것이며, 구공장을 임차한 청구외 두○○은 청구법인이 영위하던 포장지 제조업이 아닌 소매업을 영위하였음이 사업자기본사항 조회에 의하여 알 수 있는바, 구공장의 임대가 일시적인지 여부에 관계없이 구공장의 양도는 구 조세감면규제법 제43조 및 부칙(1993.12.31. 법률 제4666호) 제16조제7항의 규정에 의하여 법인세 등이 면제되는 경우에 해당한다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.