법인세 조사결정시 법인이 수입금액을 과다하게 자진신고시 직권으로 감액경정할수있는지 여부

○○세무서장이 1999.7.3. 청구법인에게 결정고지한 1997.1.1-12.31. 사업년도 법인세 15,221,410원 및 1998.1.1-12.31. 사업년도 법인세 73,376,010원의 부과처분은 장기도급공사에 대한 수입금액을 작업진행율에 의하여 재조사하는 것으로 하여 이를 경정합니다

○○세무서장은 철근콘크리트공사 등 하도급공사를 전문으로 하는 청구법인이 1997.1.1-12.31.사업년도와 1998.1.1-12.31.사업년도에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 ’97사업년도에는 노무비 7,720,000원, 가설재에 대한 매입세액불공제액 57,262,352원, 접대비 8,682,900원을 손금에 과다계상하고 감가상각비 30,212,834원을 손금에 과소계상하는 등으로 43,452,418원을 적게 신고하였고, ’98사업년도에는 감가상각비 88,650,000원, 노무비 57,780,000원, 지급수수료 31,660,000원, 접대비 6,471,996원, 외주용역비 950,000원을 손금에 과다계상하는 등으로 218,783,026원을 적게 신고하였다 하여 ’99.6.18. ’97사업년도 법인세 15,221,410원과 ’98사업년도 법인세 73,376,010원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.9.4. 심사청구하였다.

청구법인은 1999.6.18. 처분청이 추가로 납부고지한 ’97사업년도 법인세 15,221,410원과 ’98사업년도 법인세 73,376,010원의 부과처분을 경정할 것을 청구하면서 그 이유로서 청구법인은 위 2개 사업년도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 장기도급공사의 수입금액을 작업진행율에 의한 정당계산금액보다 ’97사업년도의 경우 272,000,800원, ’98사업년도의 경우 564,146,884원을 각각 과다계상하여 신고하였을 뿐 아니라 처분청에서 경정조사시 위 장기도급공사분에 대한 일부 공사원가를 손금에 불산입함에 따라 작업진행율이 변동되어 실제는 ’97사업년도의 경우 290,532,900원, ’98사업년도의 경우 690,969,648원이 과다계상 되었는데도 수입금액을 감액경정하지 아니한 것은 부당하다.

이건 심사청구는 법인세 조사시 적출된 가공경비등 손금불산입 처분에 대한 청구가 아니고, 청구법인이 법인세 신고시 장기도급공사의 공사손익을 작업진행율에 의하여 세무조정하지 아니한 것을 재계산 경정하여 달라는 것이나, 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 국세기본법에 의한 경정청구에 의하여 필요한 처분을 받을 수 있는데도 심사청구를 한 것은 적법한 심사청구가 아니므로 각하하여야 한다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이건 심사청구의 다툼은 법인세 조사결정시 법인이 수입금액을 과다하게 자진신고한 경우 이를 직권으로 감액경정할 수 있는지의 여부에 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법(1998.12.28. 개정전) 제9조【각 사업년도의 소득】 제1항에서 『내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고 있다.

○ 같은법 제32조【결정과 경정】 제32조 제2항에서『납세지 관할세무서장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다』고 규정하고, 그 제1호에서 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』로 규정하고 있다.

○ 같은법 제17조【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 제1항에서 『내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다』고 규정하고 있으며

○ 같은법 시행령 제36조【손익의 귀속사업년도】 제1항에서 『법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도는 다음 각호에 의한다』고 규정하고, 그 제7호에서 『건설 또는 제조에 관하여 계약기간이 1년 이상인 장기도급계약을 체결한 경우에 그 목적물의 건설 또는 제조의 착수일이 속하는 사업년도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업년도까지의 각 사업년도의 손익은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해사업년도의 익금과 손금에 각각 산입한다. 다만, 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업년도의 익금과 손금에 각각 산입한다』고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행규칙 제14조의 3【작업진행율의 계산등】에서 『① 영 제36조 제1항 제7호에서 “총리령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(이하 “작업진행율” 이라 한다)을 말한다. 이 경우 “총공사예정비”라 함은 건설업회계처리기준을 적용하여 도급계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업년도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. 작업진행율=당해 사업년도말까지 발생한 총공사비누적액/총공사예정비

② 영 제36조 제1항 제7호의 규정에 의하여 각 사업년도의 익금과 손금으로 산입하는 금액은 다음 각호의 산식에 의한다.

도급금액×작업진행율-직전사업년도말까지 수입계상액

당해 사업년도에 발생된 총비용

③ 영 제36조 제1항 제7호 단서에서 “총리령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 불충분하여 당해사업년도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 청구법인의 이건 법인세 신고내용과 처분청의 법인세 경정경위를 보면 청구법인은 1998.3.31. ’97사업년도의 법인세를 신고하면서 “○○아파트신축2차(1-B)(2-B)형틀공사″외 1개 장기도급공사의 수입금액을 작업진행율에 의하여 계산한 기성고 1,902,103,200원보다 272,000,800원이 과다한 2,174,104,000원으로 계상하였고 1999.3.31. ’98사업년도의 법인세를 신고하면서도 공사수입금액계 564,146,884원을 과다하게 계상하였다고 주장하는데도 처분청은 청구법인에 대한 위 2개 사업년도의 법인세를 실지조사 결정하면서 공사원가 중 노무비 등을 손금불산입하는 등으로 법인세 과세표준 및 세액을 증액 경정만 하고 청구법인이 과다신고하였다는 공사수입금액을 검토조정하지 아니하고 신고한 내용대로 인정한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다. 법인세법 제9조 제1항 및 같은법 제32조 제2항 제1호에서 『내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고 있고, 정부는 같은법 제26조의 규정에 의한 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있으므로 처분청이 청구법인의 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정할 때에는 누락된 수입금액을 익금에 산입하거나 과다계상한 손금을 부인하는 등으로 과세표준 및 세액을 증액경정만 할 것이 아니라 신고한 익금에 당해 사업년도에 속하지 아니하는 것이 있는 때에는 당연히 이 부분도 익금에서 제외하여 과세표준과 세액을 감액경정하여야 할 것이고 같은법 제17조 제4항과 같은법 시행령 제36조 제1항 제7호 및 같은법 시행규칙 제14조의 3에 장기도급공사의 익금에 산입하는 금액은 도급금액에 작업진행율을 곱한 후 직접사업년도말까지 수입계상액을 차감한 금액으로 하고 손금에 산입하는 금액은 당해 사업년도에 발생된 총 비용으로 계산하도록 되어 있으며, 청구법인은 위 사실관계에서 본 바와 같이 장기도급공사의 수입금액을 위 “작업진행율”에 의하여 계산한 수입금액으로 계상하지 않고 선수금 수령액을 수입금액으로 계상하였다고 주장하므로 처분청이 이 건 과세표준과 세액을 경정결정할 때에는 공사원가중 가공노무비 등을 손금불산입하는 데에만 그칠 것이 아니라 신고된 수입금액이 작업진행율에 의한 수입금액보다 많이 신고되었는지의 여부도 함께 가려서 익금불산입 하는 등 법인세 과세표준 및 세액을 재조정 하였어야 했는데도, 과세표준과 세액을 증액 경정하는데 그치고 수입금액의 과다신고여부를 가려서 재조정하지 아니한 것은 부당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.