법인전환 후 전환법인에서 창업중소기업 세액감면 적용 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 청구법인의 대표이사인 진○○가 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 ○호에서 개인사업체로 영위하던 위성송ㆍ수신기를 제조업을 1995. 7. 15에 법인으로 전환한 후 1996. 11. 16 사업장을 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지로 이전한 법인으로서, 청구법인의 대표자 진○○가 개인으로 사업할 때 적용받던 창업중소기업감면을 청구법인으로 전환한 후에도 계속 감면적용하여 ’96~’98사업연도 법인세과세표준과세액을 신고하였다. 처분청은 개인에서 법인으로 전환한 것은 창업에 해당하지 아니함을 이유로 하여 청구법인의 ’96~’98사업연도 법인세 신고내역 중 창업중소기업감면세액 ’96사업연도분 58,274,293원과 ’97사업연도분 237,062,4810원 및 ’98사업연도분 224,133,236원을 감면배제(계 519,470,010원으로, 이하 “쟁점감면세액” 이라 한다)하여 그 과세표준과세액을 경정하고, 1999. 6. 12 법인세 ’96사업연도분 76,636,520원과 ’97사업연도분 278,975,120원 및 ’98사업연도분 246,546,550원을 각각 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 9. 6 심사청구하였다.

• 가. 개인사업자가 창업중소기업으로 사업소득세 감면대상이었으나 결손으로 감면받지 못하다가 3년차에 법인전환하였으므로 이어서 5년동안 전환법인에서 법인세를 감면하여야 함에도(예규 법인 22601-2427호, ’91. 12. 20 같은뜻), 감면배제함은 부당하고,
• 나. 창업중소기업감면이 배제되더라도, 농공단지내의 공장으로 이전하였으므로, 농공단지 입주기업으로라도 법인세를 감면하여야 한다.

• 가. 청구법인은 1993. 5. 26 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 개인으로 창업하여 1995. 3. 20 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지로 사업장 이전하였다가 1995. 7. 15 법인전환한 법인으로서, 중소기업창업지원법시행령 제2조 의 규정에 의거 창업중소기업에 해당하지 아니하므로 창업중소기업감면을 배제함이 정당하며, 설령 구 조세감면규제법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세 등의 감면】규정을 적용한다 하더라도 같은법 시행령 제29조 제2항과 제28조 제2항 제2호에서 규정하는 요건, 즉『개인에서 법인전환한 기업의 자본금이 법인전환일 현재 순자산가액(’97. 12. 31 개정전에는 법인전환일 직전 1년간 평균 순자산가액) 이상일 것』에 부적합하므로 역시 창업중소기업감면을 배제하여야 함은 정당하고,
• 나. 청구법인은 현 공장을 공장부지 매입하여 공장을 신축하지 아니하고 ○○지방법원 ○○지원에서 기존의 공장건물과 부속토지를 경락받은 것으로서, 이는 농어촌소득원개발촉진법 제10조 의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 농공지구 안에서 공장을 새로이 설치하여 사업을 영위하지 아니하여, 농공단지 입주기업으로서의 감면대상에 해당하지 아니하므로 농공단지 입주기업으로서 감면하지 아니한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 창업중소기업으로 사업소득세 감면대상이었으나 결손으로 감면받지 못하다가 3년 차에 법인으로 전환한 경우, 전환법인에서 이어서 5동안 창업중소기업으로서 법인세를 감면받을 수 있는지 여부와

(2) 경락받은 농공단지내 공장으로 이전시, 농공단지 입주기업으로서의 감면 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련 법령 창업중소기업 등에 대한 세액감면에 대하여, 구 조세감면규제법(’95. 12. 29 법률 제5038호 개정분, 이하 같다) 제6조 제1항에서『대통령령이 정하는 농어촌지역에서 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다』라고 규정하고 있고, 창업의 범위에 대하여, 중소기업창지원법시행령(’95. 12. 30 대통령령 제14887호 개정분, 이하 같다) 제2조 제1에서『법 제2조 제1호의 규정에 의한 창업의 범위는 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 것으로서 법 제3조 및 이 영 제3조의 규정에 의한 업종의 사업을 새로이 개시하는 것을 말한다.

1. (생략)

2. 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업 형태를 변경하여 변경전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우

3. (생략)』라고 규정하고 있다. 농공단지 입주기업 등에 대한 세액가면에 대하여, 같은법 제50조 제1항에서『농공단지 안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인과 지역 균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제9조 및 동법 제50조의 규정에 의한 개발촉진지구 및 지방중소기업 특별지원지역으로서 대통령령이 정하는 지역 안에서 사업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다』라고 규정하고 있고, 농공단지 입주기업 판정에 대하여, 같은법 기본통칙 2-11의 2-1…40의 4호에서『다음 각 호의 경우에는 법 제40조의 4의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 농공단지 안의 기존공장을 매입하여 사업을 영위하는 경우

2. 공장을 설치하여 사업을 개시한 날 이후 새로이 농공단지로 지정되는 경우』라고 규정하고 있다. 또한, 중복지원의 배제에 대하여, 같은법 제117조 제7항에서『내국인이 동일한 공장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조와 제50조(이하 생략)의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 창업중소기업으로 사업소득세 감면대상이었으나 결손으로 감면받지 못하다가 3년 차에 법인으로 전환한 경우, 전환법인에서 이어서 5동안 창업중소기업으로서 법인세를 감면받을 수 있는지를 살펴본다.

① 창업중소기업인 개인사업자로부터 사업양수도하면서 법인전환한 경우에는 중소기업창업지원법시행령 제2조 규정에 의한 창업에 해당하지 아니하므로, 전환법인이 창업중소기업으로서는 그 법인세를 감면받을 수 없음을 앞서 관계법령에서 살펴본 바와 같고, 청구주장에서 근거로 한 예규 법인 22601-2427호(’91. 12. 20)는 법인이 농어촌 지역으로 이전한 경우의 조세특례의 승계에 대한 예규로써, 이 건 부과처분과는 관련성이 없다고 할 것이다.

② 개인사업자와 인격이 다른 전환법인이 사업양수전의 개인사업자에 대한 조세특례를 승계받을 수 있는 별도의 규정이 없으므로, 쟁점감면세액을 감면배제하고 과세한 처분청의 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 농공단지 입주기업으로서의 법인세 감면대상인지를 살펴보면, 청구법인은 농공단지내의 기존 공장을 경락으로 취득하여 공장이전한 경우로서, 농공단지 입주기업으로서의 법인세 감면대상이 아님을 앞서 관계법령에서 살펴본 바와 같다.

(3) 그렇다면, 창업중소기업에 대한 사업소득세 감면대상이었던 소득세와 달리, 청구법인에 대한 법인세를 창업중소기업으로 보지 아니하여 감면배제하면서 농공단지 입주기업으로서도 감면하지 아니한 당초의 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.