관련 부처에 신고하지 아니한 경우 기술 및 인력개발비 세액공제 적용 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 1992~1997사업년도의 법인세 과세표준 및 세액 신고시 연구개발전담부서 관련 지출비용인 인건비 등에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제 101,731,731원(이하 “쟁점세액공제”라 한다)을 적용한 사실이 있으나, 처분청은 청구법인의 연구개발전담부서가 과학기술처등에 신고되지 않았으므로 쟁점세액공제를 배제하여 1999.7.1. 1992~1997사업년도 법인세 10,236,260원 및 농어촌특별세 16,828,410원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.8.31. 심사청구하였다.

청구법인의 연구개발전담부서는 과학기술처장관등의 인정을 요하는 기업부설연구소가 아니라 연구전담요원이 자체기술등을 개발하고 있는 연구개발전담부서로서 조세감면규제법상 연구개발전담부서의 요건을 갖추고 있으며 법령상 강제적으로 신청하여 인정받도록 규정되어 있지 않음에도 과학기술처장관등에게 신고되지 않았다는 사유만으로 연구개발전담부서 운영 관련 지출비용인 인건비등에 대한 쟁점세액공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

쟁점세액공제를 적용할 수 있는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 (현.제4조)의 규정에 따라 ○○협회장등에게 신고서를 제출하여 인정받은 부서를 말하는 것으로서 전담부서로 인정받은 날 이후에 지출하는 인건비등 관련 비용부터 세액공제가 가능한 것이므로 청구법인이 ○○협회장에게 기업부설연구소로 신고한 1998.4.1. 이전에 지출한 비용에 대하여 쟁점세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과학기술처장관등에게 신고되지 않은 연구개발전담부서 운영 관련 지출비용에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 조세감면규제법 제17조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제1항 및 같은법 시행령 제14조 제1항에서 『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세년도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 기술개발비ㆍ기술개발용역비등 대통령령이 정하는 별표6의 기술 및 인력개발비에 대하여는 당해 지출금액의 100분의5 또는 100분의 10에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.』고 규정하고 있으며,

○ 같은법 시행규칙 제6조【기술ㆍ인력개발비 및 시험연구용 시설의 범위】 제1항에서『“재무부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 에 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다.』고 규정하고 있다.

○ 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 제1항에서 『기업의 연구개발전담부서는 영 제13조의2 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서로 한다.』고 규정하고, 제2항에서 『과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1988년 9월 설립하여 자동차용 연료펌프 제조 및 그 제조기술을 수출하고 있는 기술집약형 중소법인으로서 법인세 과세표준 및 세액의 신고시 청구법인이 운영하는 연구개발전담부서 관련 인건비등 지출비용에 대하여 쟁점세액공제를 적용하였으나, 처분청은 청구법인이 운영하는 연구개발전담부서가 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 제1항 에서 규정하는 연구개발전담부서로서 제2항의 연구개발전담부서 신고 규정에 따라 과학기술처장관등에게 신고를 하지 않았으므로 쟁점세액공제를 배제하여 이건 법인세를 결정고지하였는바, 청구법인은 청구법인의 연구개발전담부서가 자연계 분야 전문대학 출신 이상의 자격을 갖춘 6명을 전담요원으로 확보하여 자체기술 등을 개발하고 있으며 법령상 강제적으로 신청하여 인정받도록 규정되어 있지 아니하므로 쟁점세액공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 살피건대, 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제6조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 에서 규정하는 전담부서의 요건(기준요건, 신고요건)을 갖춘 연구개발전담부서에서 지출한 경비 중 제한된 부분에 한하여 적용하는 것이며 연구개발전담부서의 신고 의무를 강제하지는 아니하였으나 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 제2항 에서 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 연구개발전담부서를 갖춘 사실을 신고하도록 규정되어 있으므로 과학기술처장관(위임받은 ○○협회장 포함)에게 신고되지 않는 경우에는 조세감면규제법 시행령 별표6의 연구개발전담부서에 해당되지 않는 것(같은뜻: 재정경제부 조예46019-139, 1998.4.19)이라 할 것인 바, 청구법인의 연구개발전담부서는 1998.4.1 과학기술처 산하 ○○협회에 신고하여 기업부설연구소로 인정받았으며 1998년 3월 이전에는 과학기술처장관등에게 신고되지 아니하였음이 확인되므로 1992~1997사업년도의 연구개발전담부서 관련 인건비등의 지출비용에 대한 쟁점세액공제를 배제하여 과세한 처분내용은 정당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.