연구전담부서를 설치하지 않은경우 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 않은 것은 정당함
연구전담부서를 설치하지 않은경우 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 않은 것은 정당함
이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 번지에서 철강압연 제조업을 영위하는 법인으로서, 1993~1997 사업연도까지의 법인세과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제9조에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액(이하 “쟁점세액” 이라한다)을 법인세 산출세액에서 공제세액으로 하여 신고 납부하였다. 처분청은 위 사업연도 기간 중에 청구법인이 연구개발전담부서에 대하여 ○○협회장에게 신고한 사실이 없으므로, 각사업연도에 공제받은 세액을 배제하여 1999.3.15 청구법인에게 1993~1997 사업연도 법인세 189,849,768원(1993년 26,909,568원, 1994년 50,494,358원, 1995년 65,574,445원, 1996년 27,943,705원, 1997년 18,927,692원)을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.5.11 이의신청을 거쳐 1999.8.24 심사청구를 하였다.
청구법인은 80년대 후반부터 기술개발에 관할 활동을 적극 추진하기 위하여 청구 법인내에 기술개발에 관한 연구개발업무를 전담하는 ‘연구개발부’를 자체적으로 신설 운영하여 왔으며, 조세감면규제법 제9조에 의하여 연구개발에 지출한 비용에 대한 쟁점세액공제를 받아 왔던 바, ’98.3.21 개정된 조세감면규제법 시행규칙 제7조 제1항에서 공제가능한 연구개발전담부서를 과학기술부장관에게 신고하는 전담부서를 뜻하는 것으로 규정하였는데, 처분청이 청구법인의 연구전담부서 설치신고를 1998.4.17 하였기에 개정전 (98.3.21) 공제받은 쟁점세액공제를 배제하고 소급적용하여 법인세를 결정고지한 것은 부당하다.
○○협회장에게 신고서를 제출하고 인정받는 연구개발전담부서의 범위는 98.3.21 개정된 법령에 의한 것이 아니고 동 세액공제의 모법인 조세감면규제법 제9조에 따른 시행령과 시행규칙이 연도별로 보완개정된 것으로 전담부서의 범위가 개정내용에 의해 결정된 것이 아니며 청구법인의 1998.4.30일자 ○○협회장이 발급한 기업의연구개발전담부서확인서에 의하면 연구개발전담부서를 1998.4.17에 신고한 사실이 확인되는 바, 98.4.17 이전 사업연도의 쟁점세액공제를 배제하고 법인세를 결정고지한 당초처분은 정당하다.
○ 조세감면규제법 제9조(1996.12.30 법률 제5195호로 개정)【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제1항에『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술 및 인력개발비” 라고 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하거나, 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 5 (중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.』라고 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고
○ 같은법 시행령 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제2항에 『법 제9조 1항에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 각과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다.』라고 규정하고 있으며
○ 같은법 시행규칙 제7조【기술ㆍ인력개발비 및 시험연구용 시설의 범위】 제1항에 『영 별표 3의 1.기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서” 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정하는 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)를 말한다.』라고 규정하고 있다.
○ 같은법 시행령 별표4【기술ㆍ인력개발 세액공제를 적용받는 비용】구분란 1.기술개발란 가. 자체기술개발에서 『①전담부서에서 근무하는 연구요원으로서 총리령이 정하는 자의 인건비 ②전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 시험연구비 ③전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구용물품ㆍ기자재ㆍ장비ㆍ시설의 임차에 필요한 비용 ④(생략)』이라고 규정하고 있고
○ 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항에서『영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서” 라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다. 1~3호 (생략)』라고 규정하고, 제2항에서『과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.』라고 규정하고 있다. 1994.11.4 과학기술처 고시 제1994-16호(기업부설연구소와 기업내 연구개발전담부서 및 과학기술 분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령) 제4조(전담부서의 신고 사항 등) 제1항에서 『규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호에 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 한다. 1.연구사업의 개요 2.전담부서의 조직 및 직원의 현황 3.연구시설의 명세서』라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 설치 운영하는 ‘연구개발부’가 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항 에서 규정하는 연구개발전담부서의 요건을 갖추었다는 사실과 제2항의 연구개발전담부서의 신고규정에 따른 설치신고를 1998.4.17 이행하고 98.4.30 ○○협회장의 ‘기업의연구개발전담부서확인서’를 받았다는 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없음이 관련서류에 의하여 알 수 있다.
(2) ’98.3.21 개정된 조세감면규제법 시행규칙 제7조 제1항에서 공제가능한 연구개발전담부서를 과학기술부장관에게 신고하는 전담부서를 뜻하는 것으로 규정하였는데, 청구법인이 연구개발전담부서 설치신고를 1998.4.17 하였기에, 개정전 (98.3.21) 청구법인의 연구개발과 관련되어 공제받은 쟁점세액공제를 배제하고 소급적용하여 결정고지한 처분은 부당하다는 주장에 대하여 살펴보면,
○○협회장에게 신고서를 제출하고 인정받는 연구개발전담부서의 범위는 98.3.21 개정된 법령에 의한 것이 아니고, 동 세액공제의 모법인 조세감면규제법 제9조에 따른 시행령과 시행규칙이 연도별로 보완개정된 것으로 전담부서의 범위가 개정내용에 의해 결정된 것이 아니며 위 관련법령에서 본 조세감면규제법 시행규칙 제7조에서 연구개발 전담부서라함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서를 말한다고 규정하고, 같은규칙 제5조 제2항에서 연구개발전담부서를 갖춘 자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 연구개발전담부서를 갖춘 사실을 신고하도록 규정하고 있으므로 전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나, 조세의 지원이 필요한 경우에는 과학기술처장관(위임받은 ○○협회장)에게 신고하도록 고시하였으므로 연구개발전담부서를 신고하지 아니한 경우에는 조세감면규제법 시행령 별표4의 전담부서에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다. (같은 뜻: 법인 22601-1517호 1992.7.11,법인 22601-474호 1995.2.22) 위에서의 관련법령 및 사실관계를 모두어 볼 때 청구법인의 경우 소급입법에 의하여 과세한 것이 아니고, 연구개발전담부서의 신고를 하지 아니한 기간동안의 쟁점세액공제를 배제하고 법인세를 부과처분한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
- 라. 결론 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.