도시재개발사업 특별부가세 면제 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ’85.5.7. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일대 토지 10,240.3㎡에 대한 ○○구역 제○○지구 재개발사업 시행인가를 받아 사업계획 시행에 따라 건축한 건물과 부수토지를 ’95.2.1.~’95.12.18. 양도하고 특별부가세 산출세액 전액을 면제하여 ’95 사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다. 감사원장은 ○○지방국세청에 대한 감사시 청구법인이 위 전액 면제신고한 특별부가세에 대하여 감면 배제대상임을 지적하였고, ○○지방국세청장은 동 지적내용에 따라 법인세 결정결의서를 작성하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 의하여 ’99.6.7. 청구법인에게 ’95 과세연도 법인세 3,875,132,400원을 결정고지(관련 농어촌특별세는 544,949,000원은 환급결정)하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’99.8.25. 심사청구하였다.

’86.12.26. 법률 제3865호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호의 규정에 의하면 도시재개발법에 의하여 결정된 사업계획에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지를 당해 사업시행자가 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 특별부가세를 면제한다고 규정하였다가 ’86.12.26. 법률 제3865호로 개정되면서 동 호의 규정을 삭제하고 같은 법 부칙 제10조에서 제58조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였으며, ’93.12.31. 법률 제4666호로 전면개정시 감면비율을 50%로 축소하면서 동 부칙 제16조에서 이 법 시행전에 종전의 제58조의 규정에 의하여 토지등을 양도 또는 증여한 경우에 세액의 감면 및 추징에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있는바, 위 ’86.12.26. 법률 제3865호로 개정시의 부칙 제10조에서 “제58조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다”고 규정함으로써 이 법 시행일인 ’86.12.31. 이전에 사업의 인가 또는 지정을 받은 자의 경우 개정전의 규정을 적용하도록 하여 기득권 내지 신뢰이익을 보호하고 있음을 알 수 있는데, 청구법인은 ’85.5.7. 재개발사업 시행인가를 받아 사업계획에 따라 사업시행을 완료하고 양도하였기에 ’86.12.26. 법률 제3865호로 개정되기 전의 조세감면규제법을 적용하여야 하므로, 특별부가세를 전액 면제하여야 한다.

청구법인은 ’85.5.7. 재개발사업시행자로 인가받아 ’94년에 건축이 완료되어 ’95.2.1.~’95.12.18. 양도한 경우로서, ’93.12.31. 조세감면규제법에 대한 전면개정(법률 제4666호)시 부칙 제7조에서 특별부가세에 관하여는 시행일(’94.1.1.)이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하여 종전의 법률에 의한 감면규정을 사문화시키면서 개정전 규정에 의하여 감면을 받을 수 있는 경우를 같은법 부칙 제16조에서 한정적으로 열거하고 있으나, 이 건 ’86.12.26. 법류 제3865호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호는 열거하고 있지 않으며, 같은 조항에 대한 법률 제3865호 부칙 제10조 제2항의 규정에 의한 감면에 대하여 별도의 규정을 두지 아니하여 ’94.1.1.이후 도시재개발사업시행자가 양도하는 경우의 감면은 폐지된 것으로 보아야 하므로, 특별부가세 산출세액 전액을 감면배제하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 ’87.1.1. 이전에 재개발사업 시행자로 지정받아 사업시행 후 ’94.1.1.이후에 양도하는 경우 이에 대한 특별부가세 전부에 대하여 면제할 수 있는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) ’86.12.26. 법률 제3865호로 개정되기 전의 조세감면규제법(이하 “구법”이라 한다) 제58조 【도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제】제1항은 『다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. 다만, 당해 재개발사업에 공공시설을 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (생략)

2. 도시재개발법에 의하여 결정된 사업계획에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지를 당해 사업시행자가 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고, 같은 조 제2항은 『제1항의 규정은 도시재개발법에 의한 재개발사업시행의 인가일로부터 당해 재개발사업에 관한 공사완료의 공고일 이후 1년이 되는 날까지의 기간중에 양도한 분에 한하여 이를 적용한다.』라고 규정하였다가,

(2) ’86.12.26. 법률 제3865호로 개정된 조세감면규제법 제58조 【도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제】은 『①도시재개발법에 의한 도시재개발구역 안의 토지 등을 도시재개발사업시행의 인가일(도시재개발법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 사업시행자로 지정된 경우에는 지정일)이후 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. 다만, 당해 재개발사업에 공공시설을 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 삭 제

③ 소관세무서장은 도시재개발사업법에 의하여 지정되거나 인가받은 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한내에 도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 매입자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.』라고 규정하였고, 같은 개정법률인 같은 법 부칙 제10조 【양도소득세등 면제에 관한 적용례】제2항은 『제58조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다.』라고 규정하고 있다.

(3) ’88.12.26. 법률 제4021호로 개정된 조세감면규제법 제58조 【도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제】제1항은 『도시재개발법에 의한 도시재개발구역 안의 토지 등을 도시재개발사업시행의 인가일(도시재개발법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 사업시행자로 지정된 경우에는 지정일)이후 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 당해 재개발사업에 공공시설을 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고, 같은 개정법률인 같은 법 부칙 제10조 【양도소득세등 면제에 관한 적용례】제1항은 『제58조의 개정규정은 1989년7월1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.』라고 규정하였다.

(4) ’89.12.30. 법률 제4165호로 개정된 조세감면규제법 제58조 【도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제】는 『① 도시재개발법에 의한 도시재개발구역 안의 토지 등을 도시재개발사업시행의 인가일(도시재개발법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 사업시행자로 지정된 경우에는 지정일)이후 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 당해 재개발사업에 공공시설을 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② ~③ (생략)

④ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제3항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 제40조의 6 제6항의 규정을 준용한다(’89.12.30. 신설)』라고 규정하고, 같은 개정법률인 같은 법 부칙 제5조 【양도소득세등 면제에 관한 적용례】제3항은 『이 법 시행 당시 종전의 소득세법ㆍ 법인세법 또는 이법의 규정에 의하여 부과(환급ㆍ추징 또는 징수를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.』라고 규정하고 있다.

(5) ’93.12.31. 법률 제4666호로 전면개정된 조세감면규제법 제63조 【공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세등 감면】은 『① 다음 각호에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 매입자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년이내에 당해 공공사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한내에 도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우』라고 규정하고, 같은 개정법률인 같은 법 부칙 제1조 【시행일】은 『이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.』라고 규정하고, 같은 부칙 제16조 【양도소득세등에 관한 경과조치】는 『① 이 법 시행전에 종전의 제40조의 6ㆍ제42조ㆍ제42조의 2ㆍ제44조ㆍ제45조ㆍ제45조의2ㆍ제57조 제1항 제1호ㆍ제58조ㆍ제60조 제1항 제7호ㆍ제62조ㆍ제67조의 3ㆍ제67조의 6ㆍ제67조의7ㆍ제67조의 8ㆍ제67조의 11ㆍ제67조의 12ㆍ제67조의 13ㆍ제67조의 14 및 제67조의 15의 규정에 의하여 토지 등을 양도 또는 증여하는 경우에 세액의 감면 및 추징에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

② (생 략)

③ 1992년 12월31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, ′73.9.5. 건설부고시 제367호로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일대 토지 10,240.3㎡가 ○○구역 제00지구 재개발구역으로 지정되었고, ′77.4.30. ○○부고시 제00호로 사업계획 결정되었으며, ′84.8.9. ○○시고시 제000호로 사업계획변경결정되었고, ’85.5.7. ○○시고시 제000호로 토지소유자들로 구성된 재개발조합을 사업시행자로 하여 재개발사업시행인가를 받았다가, ′88.12.20. 재개발조합의 신청에 의거 ○○시고시 제000호에 의하여 청구법인을 재개발사업시행자로 하여 재개발사업 시행계획 변경인가되었음이 관련서류에 의하여 확인되며, 위 ○○구역 제○○지구 재개발구역의 사업시행인가일이 ’85.5.7.임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 다음으로, 청구법인은 ’85.5.7. 재개발사업시행자로 인가받아 ’94년에 건축이 완료되어 ’95.2.1.~’95.12.18. 양도한 경우로서, ’86.12.26. 법률 제3865호로 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호 및 제2항의 도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제 규정이 삭제되었다 하더라도 ’86.12.31. 이전에 도시재개발사업시행의 인가 또는 지정받은 자가 ’87.1.1.이후 양도하는 분에 대하여는 종전 법률에 의하여 특별부가세 산출세액 전액을 면제하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 조세법규는 그 것이 과세요건이든 면제요건이든 엄격하게 해석하여야 하는 것이 원칙이고, 이 건 ’86.12.26. 개정(법률 제3865호)으로 삭제된 조세감면규제법 제58조 제2항의 규정과 관련하여 도시재개발법에 의한 재개발사업시행자가 사업시행인가를 득하고 사업시행 완료후의 양도한 경우에는 보는 바와 같이 종전의 조세감면이 축소 또는 폐지되는 결과 기왕의 법령시행당시 사업시행인가를 득하고 사업시행 완료후 양도한 사업시행자의 기대이익을 충족시키지 못하는 면이 있다 하더라도, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지하지 아니한 이상, 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 확장해석한다든가 유추해석할 수 없는 것(같은 뜻: 대법원 ’94.5.24선고 93누5666판결ㆍ대법원 ’95.8.22선고 95누825판결)인바, 조세감면규제법 제58조 【도시재개발사업에 대한 양도소득세등 면제】의 개정규정(’86.12.26. 법률 제3865호, 제58조 제1항 제2호 및 제2항의 규정은 삭제)은 양도소득세등 면제에 관한 경과규정인 부칙 제10조 제2항에서 『’87.1.1.이후 최초로 도시재개발법에 규정에 의하여 사업시행 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다.』라고 규정하고 있는 것으로, 이는 ’86.12.31. 이전에 도시재개발사업시행의 인가 또는 지정받은 사업시행자가 사업완료후에 양도하는 분에 대하여 개정부칙에 『이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여… 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예(또는 규정)에 의한다』라는 소급적용하는 별도의 규정을 두지 아니하였으므로 구 조세감면규제법 제58조 제2항(’86.12.26. 법률 제3865호 개정으로 삭제되기 전의 것)의 규정과 관련하여 도시재개발 사업시행자가 양도하는 경우의 감면규정은 폐지된 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, ’93.12.31. 전면개정 법률(법률 제4666호)인 조세감면규제법에 대한 부칙 제7조에서도 특별부가세에 관하여는 시행일(’94.1.1.)이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하여 종전의 법률에 의한 감면규정을 사문화시키면서, 개정전 규정에 의하여 감면을 받을 수 있는 경우를 같은법 부칙 제16조에서 한정적으로 열거하고 있으나, 이건 구 조세감면규제법 제58조 제1항 제2호는 열거하고 있지 않으며, 같은조항에 대한 법률 제3865호 부칙 제10조 제2항의 규정에 의한 감면에 대하여 별도의 규정을 두지 아니하였으므로 ’94.1.1. 이후 도시재개발사업시행자가 양도하는 경우의 감면은 폐지된 것으로 보아야 한다고 판단되므로(같은 뜻: 심사 법인 99-185, ’99.9.17. 같은 뜻), 청구법인이 특별부가세 산출세액 전부에 대하여 면제신고한 것을 배제하고 과세한 처분청의 당초처분은 정당하다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.