특별부가세 감면여부.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각 합니다.

산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지의 사업시행자인 청구법인은 당해 산업단지안에서 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다.)을 적용함에 있어서 ‘97 ~ ’98사업년도 중 양도한 토지에 대하여 각각 ‘98.3.30. 및 ’99. 3. 27. 조세감면규제법 제64조 제1항 제4호의 규정에 의거 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 신고ㆍ납부한 후 ‘99. 3.27 및 ’99. 5. 8. 구 법인세법 부칙 제16조 및 구 조세감면규제법 부칙 제5조 제3항의 비과세 경과조항에 따라 구 법인세법 제59조의3 제1항 제14호 의 특별부가세 비과세 규정을 적용하여 법인세 특별부가세 7,724,338,162원을 환급하라는 경정청구를 하였으나 처분청은 ’99. 5. 24. 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99. 8. 20. 이건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 법인세법상 쟁점감면 조항이 88. 12. 26. 비과세에서 특별부가세의 50%감면으로 개정되면서 산업기지개발촉진법에 의하여 89. 1. 1. 이전에 지정된 지구의 조성 토지를 양도한 경우에는 종전 규정을 적용하여 비과세하도록 규정한 구 법인세법 부칙 제16조의 경과조치가 삭제ㆍ폐지되지 아니하였므로 구 법인세법의 규정을 적용하여 비과세하여야 한다는 주장이다.

산업기지개발촉진법에 따라 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지를 90. 1. 1. 이후 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 개정 조세감면규제법에 의하여 특별부가세의 50%를 감면하는 것이므로 처분내용은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 산업기지개발촉진법에 따라 89. 1. 1. 이전에 지정된 지구의 조성 토지를 90. 1. 1. 이후 양도한 경우 특별부가세 비과세 당부
• 나. 관계법령

○ 구 법인세법 제59조 의 3 【비과세 및 면제】 제1항 제14호에는『산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다.』고 규정되어 있으나 88. 12. 26. 동호가 삭제되고 동조 제2항 제4호로 변경되면서『위 소득에 대하여는 그 세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제한다.』로 개정되었으며, 89. 12. 30. 위 법 제59조의3 제2항 제4호가 삭제되면서 구 조세감면규제법 제59조【개발사업시행자에 대한 양도소득세등 감면】제5호로 변경되었고 93. 12. 31 조세감면규제법 전면 개정시 동법 제64조 제1항 제4호에 변경 규정되었다.

• 다. 사실관계 및 판단 이건 심사청구는 산업기지개발촉진법에 의하여 89. 1. 1. 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지를 90. 1. 1. 이후 양도한 경우 특별부가세를 비과세하여야 하는지를 가리는데 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인은 ’98 ~ ’99사업년도중 양도한 토지에 대하여 쟁점감면을 적용함에 있어서 각각 ‘98. 3. 30. 및 99. 3. 27. 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 신고ㆍ납부한 후 각각 ’99. 3. 27 및 ‘99. 5. 8. 특별부가세를 비과세하여 기납부한 특별부가세를 환급하라는 경정청구를 하였으나 처분청은 98. 5. 24. 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 경정청구를 거부하는 통지를 하였음이 과세표준 및 세액의 경정청구서, 법인세과세표준 및 세액신고서, 처분청의 경정청구 결정통보 공문(법인00000-000, 99.5.24)에 의하여 확인된다.

88. 12. 26. 개정된 법인세법 부칙 제12조에서는 특별부가세에 대한 쟁점 감면의 개정규정은 89. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으나 제16조【산업기지개발촉진법에 의하여 조성된 토지 등의 양도에 관한 경과조치】에서는 이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의하여 비과세한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 위 부칙 제16조의 비과세 경과조항이 삭제 또는 폐지되지 아니하였므로 89. 1. 1. 이전 지정된 지구의 경우에는 90. 1. 1. 이후 양도분에 대하여도 특별부가세를 비과세하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 89. 12. 30. 개정된 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서 특별부가세에 대한 쟁점감면의 개정규정은 90. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 동조 제3항에서 이 법 시행당시 종전 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정한 것은 위 조세감면규제법의 시행일인 90. 1. 1. 이전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법을 적용하고 90. 1. 1. 이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 비과세 경과조항은 구 법인세법상 쟁점감면 조항을 전제로 하는 것이나 구 법인세법상 쟁점감면 조항이 위 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항에 의하여 삭제되었으며, 구 법인세법 부칙 제16조를 삭제하지 아니하여 비과세 경과조항과 위 조세감면규제법상 쟁점감면 조항이 서로 모순ㆍ저촉하게 되나 이 경우 신법 우선의 원칙에 따라 위 조세감면규제법상 쟁점감면 조항이 우선적으로 적용되는 것이므로 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 개정된 조세감면규제법에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구법인이 89. 1. 1. 이전에 지정된 지구의 토지를 양도하였더라도 90. 1. 1. 이후에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것이 타당하다 할 것이다. 또한, 이건 ‘97 ~ ’98사업년도에 양도한 토지에 대한 특별부가세 감면에 적용할법령은 93. 12. 31. 전면 개정된 조세감면규제법 제64조 제1항 제4호의 규정으로서 그 부칙에서 특별부가세에 관한 개정규정은 시행일인 94. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있어 구 법인세법의 규정을 적용할 여지가 없다 할 것이므로 청구주장은 인정할 수 없는 것으로 판단된다. 따라서, 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.