수도권안의 투자에 대한 조세감면여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 〇〇도 〇〇시 〇〇동 〇〇번지 소재 내륙컨테이너기지내에서 1992.5.1. 개업하여 운송ㆍ보관ㆍ하역업 등을 영위하고 있는 법인으로서, 조세감면규제법 제5조의 규정에 의거 중소기업투자세액공제 68,124,734원(이하 “쟁점투자세액공제”라 한다)을 산출세액에서 공제하여 1996 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으나, 처분청은 조세감면규제법 제47조의 규정에 의거 쟁점투자세액공제는 수도권안의 투자에 대한 조세감면(세액공제)이라 하여 감면을 배제하고 가산세를 가산하여, 1999.5.11. 청구법인에게 1996 사업연도 법인세 88,936,840원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.8.16. 심사청구하였다.

청구법인의 소재지인 〇〇도 〇〇시 〇〇동 〇〇번지는 당초 〇〇(〇〇)철도화물기지로서 동 철도화물기지는 양회기지와 컨테이너기지 및 무연탄기지가 있었으나, 그 중 건테이너기지와 미사용중인 무연탄기지를 내륙컨테이너기지로 변경하기로 1991.5.31. 국무회의에서 의결하여 내륙컨테이너기지로 변경 개발완료되었으며, 청구법인은 동운영을 위하여 1992.5월 설립되었는바, 조감법 시행령 별표 1 비고란에서 “도시계획법에 의하여 철도청이 건설하는 〇〇철도화물기지” 등은 수도권의 범위에서 제외하도록 규정하고 있는데, 수도권 인주집중억제책으로 수도권내의 투자에 대한 중소기업투자세액공제를 배제하면서 굳이 각 지역의 공업단지와 도시계획법에 의하여 철도청이 건설하는 〇〇철도화물기지에 대하여는 예외로 중소기업투자세액공제를 허용하고 개발제한구역내에서까지 〇〇철도화물기지의 설치를 허가하게 된 원인은, 수송수용증가로 인한 화물의 수도권운행을 제한하기 위하여 화물기지를 도심외곽지역으로 분산 거점화하기 위한 것으로서, 정부 각 부처간의 수차례의 심의 및 그 결과에 대한 그간의 정황과 각 지역의 지정공업단지도 어느 특정업종에 국한하기보다는 특정지정지역이 그 대상이었음을 볼 때, 동 법조문의 입법취지와 합목적성에 비추어 수도권으로 보지 않는 지역을 무연탄기지만으로 한정할 것이 아니라 철도청화물기지 자체로 보아야 하므로, 쟁점투자세액공제를 배제하여 이 건 과세함은 부당하다.

조세감면규제법 시행령 별표 1 비고란 및 같은 법 시행규칙 제6조의 규정에서, ○○철도화물기지 중 철도청장이 지정하는 무연탄기지만을 수도권의 범위에서 제외하도록 규정하고 있어 내륙컨테이너기지는 수도권에 해당하는바, 쟁점투자세액공제는 수도권안의 투자에 대한 조세감면에 해당하므로, 동 세액공제에 대하여 감면을 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점투자세액공제를 수도권안의 투자에 대한 조세감면으로 보아 감면을 배제하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제32조 【결정과 경정】 제1항은『납세지 관할세무서장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 제1호는『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』를 열거하고 있다.

○ 조세감면규제법 제5조【중소기업투자세액공제】 제1항은『중소기업이 사업용자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자한 경우에는 그 투자금액의 100분의 5)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다)또는 법인세에서 공제한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제47조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】 제1항은『내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권안에서 창업하는 경우(수도권외의 지역에 소재하는 기업이 수도권안에서 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다)수도권안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대하여는 제5조ㆍ제10조ㆍ제25조 내지 제27조 및 제88조의 규정을 적용하지 아니한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 별표 1【대도시권의 지역】 제1호에서 의왕시를 수도권의 범위에 포함하고 있고, 동 비고란의 제1호에서『제1호의 경우에 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 건설교통부장관이 지정한 반월특수지역과 아산국가공업단지중 포승단지 및 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 건설교통부장관의 승인을 얻어 인천광역시장이 지정한 인천주물지방공업단지, 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 통상산업부장관이 지정한 인천광역시 남동유치지역 및 도시계획법에 의하여 철도청이 건설하는 서울남부철도화물기지중 총리령이 정하는 지역을 제외한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행규칙 제6조【대도시의 범위】는 『영 별표 1 비고란의 제1호에서 “총리령이 정하는 지역”이라 함은 철도청장이 고시하는 무연탄기지를 말한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구주장은, 조세감면규제법 등 법조문의 입법취지와 합목적성에 비추어 수도권으로 보지 않는 지역을 무연탄기지만으로 한정할 것이 아니라 철도청화물기지 자체로 보아야 하므로, 쟁점투자세액공제를 배제하여 과세함은 부당하다고 주장하나,

(2) 전시 조세감면규제법 시행령 별표 제1호에서 〇〇시를 수도권의 범위에 포함하고 있고, 동 비고란의 제1호에서 도시계획법에 의하여 철도청이 건설하는 ○○철도화물기지중 총리령이 정하는 지역을 수도권의 범위에서 제외한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제6조에서는 “총리령이 정하는 지역”이라 함은 철도청장이 고시하는 무연탄기지를 말한다고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(3) 청구법인은 〇〇도 〇〇시 〇〇동 〇〇번지 일대가 내륙컨테이너기지로 변경 개발 완료한 이후인 1992.5월중 동 내륙컨테이너기지의 운영을 위하여 설립되었으며, 쟁점투자세액공제는 철도청장이 고시하는 무연탄기지가 아닌 위 내륙컨테이너기지내에서, 컨테이너의 이동 및 하역 등을 위하여 투자한 사업용고정자산에 대하여 세액공제를 한것임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없는바,

(4) 쟁점투자세액공제는 1990년 1월 1일 이후 수도권안에서 창업하여 수도권안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대한 조세감면(세액공제)이라 할 것이므로, 처분청에 쟁점투자세액공제를 수도권안의 투자에 대한 조세감면으로 보아 감면을 배제하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못을 발견할 수 없다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.