비영리지점법인세 신고지점관할 신고시 적정여부

〇〇세무서장이 1996.6.10 청구법인에게 경정청구 거부 통지한 환급세액 51,527,370원은 이를 경정하여 환급합니다.

청구법인의 지점법인인 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 소재 〇〇관리소(이하 “쟁점법인”이라 한다.)는 1999.3.16. 청구외 〇〇세무서에 ‘98귀속 법인세과세표준신고서를 접수하였으나, 청구외 〇〇세무서로부터 법인00000-000(‘99.4.19.)에 의하여 본점관할세무서에 경정청구 하라는 내용의 ’98귀속 법인세신고서 반송공문을 받고 ‘99.5.21. 처분청에 경정청구를 하였다. 처분청은 쟁점법인의 ’98귀속 이자소득 및 원천법인세액은 당초 청구법인의 법인세과세표준신고시 제외되었으므로, 법인세법제62조 및 동법시행령 제99조의 규정에 따라 1999. 6.10. 청구법인이 경정청구한 환급세액 51,527,370원에 대하여 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 ‘99. 8.11. 이에 불복하여 심사청구를 제기하였다.

처분청이 청구법인이 경정청구한 지점의 이자소득에 대한 환급신청내용은 납세지를 오인하여 본ㆍ지점의 관할세무서에 과세표준신고서를 각각 접수하였던 사항으로 본점의 과세표준에 합산하여 경정청구한 지점의 과세표준의 해당하는 법인세 51,527,370원을 환급하지 않는 것은 부당하다.

청구법인은 이자소득만 있는 비영리법인으로 “내국법인의 납세지는 본점 또는 주사무소의 소재지”로 규정한 법인세법 제7조 의 규정에 의거 지점의 법인세과세표준을 본점의 과세표준에 합산하여 해당이자소득을 고유목적사업 준비금으로 적립한후 본점관할세무서에 신고서를 제출하여야하나 신고의무가 없는 지점관할세무서에 신고서를 제출하여 적법한 신고로 볼 수 없고, 지점 관할세무서에 신고의무가 없는 지점법인의 과세표준신고서로 접수가 반려된 후 본점관할세무서인 당서의 본점의 과세표준에 합산하여 경정청구한 지점의 원천징수당한 법인세액은 법인세법 제27조제1항 및 법인세법기본통칙 4-1-15-...27의 규정에 의거 경정청구의 대상이 아니므로 경정청구에 대한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점법인의 관할세무서에 별도로 신고한 법인세과세표준신고가 적법한지와 본점법인의 이자소득만 본점관할세무서에 신고한 경우, 쟁점법인의 이자소득에 대한 원천징수세액을 합산하여 환급결정할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법제27조 제1항에 “비영리 내국법인은 이자ㆍ할인액 및 이익에 대하여 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며 이 경우 과세표준신고를 하지 아니한 소득은 각 사업년도 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.”라고 되어 있다.

○ 법인세법 통칙 4-1-15...27에서 “비영리 내국법인이 법인세법제27조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우 원천징수된 이자소득중 일부만을 신고할 수 있고 신고하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수 방법으로 과세하는 것이며 수정신고 또는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다.”라고 해석하고 있다.

○ 국세기본법제43조 제1항에 “과세표준신고는 그 신고당시 당해국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다”로, 동조제2항에 “제1항의 세무서장 이외의 세무서장에게 제출된 경우에도 당해 신고의 효력에는 영향이 없다.” 라고 규정하고 있다.

○ 국세기본법시행령제24조 제1항에 “법제43조제1항에 규정하는 세무서장 이외의 세무서장에게 제출되는 과세표준신고서에 대하여는 관할세무서를 밝혀 그세무서장에게 제출하도록하여야 한다” 라고, 제2항에 “제1항의 경우에 당해 과세표준신고서를 관할세무서장에게 지체없이 송부하고 그 뜻을 기재한 문서로 당해 납세자에게 통지하여야 한다.”라고 규정되어 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점법인은 1999.3.16. 청구외 〇〇세무서에 ‘98귀속 법인세과세표준신고서를 접수하였으나, 청구외 〇〇세무서로부터 법인00000-000 (‘99.4.19.)에 의하여 본점관할세무서에 경정청구를 하라는 내용의 ’98귀속 법인세신고서 반송공문을 받고 청구법인의 법인과세표준신고서에 합산하여 ‘99.5.21. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 비영리법인인 청구법인의 경우 구 법인세법 제27조제1항 및 제2항에 의거 이자소득에 대하여 분리과세 또는 합산과세방법을 선택하여 신고할 수 있다. 비영리 내국법인이 구 법인세법 제27조제1항 의 규정에 의하여 과세표준 신고를 하는 경우 원천징수된 이자소득중 일부만을 신고할 수 있고, 신고하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수 방법으로 과세하는 것이며 수정신고 또는 경정청구에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없는 것으로 (법인세법통칙 4-1-15...27)해석하고 있지만, 청구인의 경우 〇〇세무서를 방문하여 법인세신고방법에 대하여 상담을 하고 〇〇세무서에 법인세신고를 하라는 신고지도에 따라 당초 신고 한 것이며, 과세표준신고는 그 신고당시 당해국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다라고 국세기본법제43조제1항에 규정하고 있고, 동조제2항에서 제1항의 세무서장 이외의 세무서장에게 제출된 경우에도 당해 신고의 효력에는 영향이 없다고 규정하고 있으며, 국세기본법시행령제24조제1항에서는 법제43조제1항에 규정하는 세무서장이외의 세무서장에게 제출되는 과세표준신고서에 대하여는 관할세무서를 밝혀 그 세무서장에게 제출하도록하여야 한다라고 규정하고 있고, 동법시행령동조제2항에는 제1항의 경우에 당해 과세표준신고서를 관할세무서장에게 지체없이 송부하고 그 뜻을 기재한 문서로 당해 납세자에게 통지하여야 한다라고 규정하고 있다. 청구외 〇〇세무서장이 잘못된 신고지도에 따라 쟁점법인 과세표준신고서를 접수한 경우에는 이를 반려할 것이 아니라 국세기본법시행령제24조제2항에 의거 청구인의 관할세무서인 처분청에 즉시 송부하여 처분청에 본점발생분만 별도로 신고한 과세표준신고서와 합산하여 과세 또는 환급결정 하도록 조치 하였어야 함에도 불구하고 이를 반려하므로서 청구법인이 경정청구절차를 따로 밟도록 하였는 바 쟁점법인분 발생 이자소득에 대하여 청구외 ○○세무서장의 신고지도착오로 청구외 ○○세무서에 제출하였지만 관할세무서를 위반하여 신고한 과세 표준신고서의 효력에는 영향이 없다고 보여지므로 쟁점법인분 법인세과세표준신고서와 당초 처분청에 신고한 과세표준신고서를 합산하여 환급결정하는 것이 과세의 합목적성에 비추어 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.