부당행위계산의 부인 규정의 적용 여부

○○세무서장이 1999.5.1 청구법인에게 결정고지한 1994.1.1~12.31 사업년도 법인세 240,420,070원과 농어촌특별세 3,432,380원, 1995.1.1~12.31 사업년도 법인세 410,275,090원과 농어촌특별세 17,942,490원, 1996.1.1~12.31 사업년도 법인세 186,137,120원과 농어촌특별세 35,915,890원, 1997.1.1~12.31 사업년도 법인세 119,264,500원은

1. 업무무관비용으로 보아 손금불산입한 청구법인의 연구소 및 기술개발부 관련 지출비용 ’94사업년도 279,708,529원, ’95사업년도 282,136,195원, ’96사업년도 464,811,099원, ’97사업년도 832,638,074원을 각각 손금에 산입하고,

2. 위 청구법인의 연구소 및 기술개발부 관련 비용중 인건비, ’94사업년도 95,405,855원, ’95사업년도 100,388,080원, ’96사업년도 307,716,841원, ’97사업년도 299,906,262원에 대하여 각각 조세감면규제법 제9조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비 세액공제를 인정하고,

3. ’97사업년도분 과소신고가산세 산출을 위한 정미신고소득계산시 청구법인이 공기구 매출액으로 과세기간을 잘못하여 ’97사업년도의 익금으로 산입한 금액 838,880,000원을 신고서에 기재된 과세표준금액에서 공제되는 자동추인액에서 제외하는 것으로 하여 각각 과세표준과 세액을 경정합니다.

○○세무서장은 ○○지방국세청의 청구법인에 대한 ’94~’97사업연도분 법인세 경정조사결과에 의하여 ①청구법인의 연구소 및 기술개발부 관련비용은 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 (주)○○금속, ○○산업(주), ○○(주), (주)○○(이하 “특수관계법인”이라 한다)이 청구법인과 그 생산품목이 유사하므로 청구법인과 특수관계법인이 연구 및 기술개발 결과를 공유하는 것으로 보아 동 비용을 각 법인의 매출액 기준으로 안분계산하여 특수관계법인 해당분 ’94사업년도 279,708,529원, ’95사업년도 282,136,195원, ’96사업년도 464,811,099원, ’97사업년도 832,638,074원(이하 “쟁점 연구개발비”라 한다)을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하는 동시에 쟁점 연구개발비중 인건비 상당액 ’94사업년도 95,405,855원, ’95사업년도 100,388,080원, ’96사업년도 307,716,841원, ’97사업년도 299,906,262원에 대하여 조세감면규제법 제9조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하고, ②’97사업년도에 청구법인이 공기구 매출액으로 익금산입한 838,880,000원과 동 매출원가로 손금산입한 896,800,000원에 대하여 ’95사업연도분으로 보아 동 사업연도의 익금 및 손금으로 조정하는 동시에 ’97사업연도에는 익금 및 손금에서 제외하고, ③기타 매출누락액, 가지급금 인정이자, 감가상각비, 지급이자 등을 익금산입 또는 손금불산입하여 ’99.5.1 청구법인에게 ’94사업년도 법인세 240,420,070원과 농어촌특별세 3,432,380원, ’95사업년도 법인세 410,275,,090원과 농어촌특별세 17,942,490원, ’96사업년도 법인세 186,138,120원과 농어촌특별세 35,915,890원, ’97사업년도 법인세 119,264,500원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’99.7.31 심사청구하였다.

① 처분청은 청구법인과 특수관계법인의 생산품목이 유사하다는 사유로 특별한 근거도 없이 각 법인의 매출액 기준으로 안분계산하여 쟁점 연구개발비를 손금불산입하고 동시에 인건비에 대하여 기술개발비 세액공제를 배제하였으나, 청구법인과 특수관계 법인은 모두 독자적인 연구소 또는 기술개발부를 두고 있고, 청구법인과 특수관계법인이 기술개발 결과를 공유한 사실이 없으므로 부당하다.

② ’97사업년도에 과소신고가산세 계산을 위한 정미신고소득 계산시 청구법인이 ’97사업연도분으로 잘못 계상한 공기구 매출액 838,880,000원을 신고세에 기재된 과세표준금액에서 공제되는 자동추인액으로 본 것은 부당하다.

① 청구법인과 특수관계법인이 생산하는 품목과 청구법인의 연구소 등의 조직도와 PART별 업무내역표에 의하면 쟁점 연구개발비는 특수관계법인이 부담해야 할 것임에도 청구법인이 부담한 것은 법인세법시행령 제46조 제2항 제7호 에서 규정한 “출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때”에 해당하는 바, 이는 부당행위계산 부인대상이므로(처분청은 당초 업무무관비용으로 보아 과세하였으나, 이 건 심사청구 의견은 부당행위계산 부인대상으로 과세근거를 들고 있다.) 각 법인의 매출액 기준으로 안분계산하여 쟁점 연구개발비를 손금불산입하고, 인건비에 대하여 기술개발비 세액공제를 배제한 것은 정당하다.

② ’97사업연도 과소신고가산세는 당초 청구법인이 ‘97사업년도에 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있어 이를 공제한 금액을 청구법인의 신고소득금액으로 보아 과소신고가산세를 부과하였는 바, 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 ①쟁점 연구개발비에 대하여 손금불산입 및 기술개발비 세액공제를 배제한 처분이 정당한지 여부, ②처분청의 과소신고가산세 계산의 적정성 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고, 같은법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】제2항에서 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.』고 규정하면서, 그 제7호에서『출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때』를, 그 제9호에서『기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여했다고 인정되는 것이 있을 때』를 각각 규정하고 있다. 구 조세감면규제법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항에서 『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제9조 제2항에서 『법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다』고 규정하고 있다. 청구법인은 (주)○○과 관련하여 ○○협회장이 발행한 기업부설연구소 인정서ㆍ기구조직도ㆍ연구소 및 연구개발전담부서현황표 등을, (주)○○금속과 관련하여 ○○협회장이 발행한 기업부설연구소인정서ㆍ기술부 조직 및 인원배치표ㆍ기술부 개인별 업무분장표 등을, ○○산업(주)에 대하여는 기술개발팀의 업무분장규정 등을, ○○(주)에 대하여는 기구조직표ㆍ기술개발부의 업무내용이 기재된 개인별 업무분장표 등을 각각 제시하므로 이에 대하여 살펴보면, (주)○○에 대한 기업부설연구소인정서(신고일자: ’93.8.17)에는 ○○협회장이 기술개발촉진법 제16조 및 같은법 시행령 제27조 제1항의 규정에 의한 과학기술처장관의 권한위탁에 따라 같은법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소로 인정한다는 내용이 있고, 동 법인의 연구원현황표에 의하면 연구전담요원의 출신학교, 전공학과, 학위 및 병역사항과 전출입일자가 상세하게 기록되어 있는 점으로 볼 때 자체적으로 기술연구소가 있는 것으로 인정되고, (주)○○금속에 대하여도 기업부설연구소인정서(신고일자: ’91.4.26)를 제시하고 있고, 동 법인의 기술부조직도 및 개인별 업무분장표에는 기술부 종사직원의 직급별, 경력별 인원현황과 업무내용이 나타나있는 점으로 볼 때 역시 자체적으로 기술연구소가 있는 것으로 인정되며, ○○산업(주)의 기술개발팀 업무분장규정을 살펴보면 부품개발PART, 신소재개발PART, 원가PART, 기술영업PART, 생산기술PART로 되어 있으며 이건 심사청구와 관련하여 ○○산업(주)에 전화로 사실여부를 조회한 결과 기술개발팀이 운영되고 있는 것으로 확인되므로 동 법인도 자체적으로 기술개발을 하고 있는 것으로 인정되며, ○○(주)의 기구조직표 및 기술개발부의 개인별 업무분장표에는 기술개발 종사원의 소속과 직위, 성명 및 업무내용이 구체적으로 나타나 있는 것으로 보아 동 법인도 역시 자체적으로 기술개발을 하고 있는 것으로 인정된다. 연구 및 기술개발은 기업이 현재 또는 미래에 생산하거나 생산할 계획을 가지고 있는 품목의 부가가치 및 기술경쟁력을 높이기 위하여 하는 것으로서 그 연구 및 기술개발 대상이 오직 당해 법인이 현재 생산하고 있는 품목에 한정되어야 하는 것은 아니며, 다른 법인이 생산하고 있는 품목에 대하여도 장차 당해 법인이 생산할 계획을 가지고 새로운 소재를 개발하거나 그 제품성능을 향상시키기 위하여 연구 및 기술개발을 할 수 있는 것이므로 청구법인 소속의 연구원에 의하여 기술개발이 이루어지고 그 인건비 등이 포함된 쟁점 연구개발비가 청구법인 책임하에 지출되었으며, 위와 같이 특수관계법인 모두 자체적으로 기술연구소 또는 기술개발전담부서를 두고 기술개발을 하고 있다면, 청구법인이 특별히 특수관계법인의 의뢰를 받거나 또는 특수관계법인과 공동으로 연구 및 기술개발을 하지 않는 이상 막연히 청구법인과 특수관계법인의 생산품목의 유사성을 이유로 각 법인의 매출액 기준으로 청구법인의 연구개발비를 안분계산하여 특수관계법인 해당분을 손금으로 인정하지 아니한 것은 부당하다. 따라서, 청구법인이 그 연구결과를 특정 특수관계법인에게 배타적으로 지원하거나 또는 청구법인과 공동으로 그 연구결과를 공유하는 사실이 명백히 확인되는 경우에는 그 부분에 한정하여 청구법인이 당해 특수관계법인을 부당하게 지원한 것으로 보아 과세할 수는 있겠으나, 이 건의 경우 그러한 사실이 명백히 나타나지 않으므로 처분청이 각 법인의 매출액 기준으로 안분계산하여 쟁점 연구개발비를 손금불산입하고, 그 중 연구원 등의 인건비에 대하여 기술개발비 세액공제를 배제한 것은 부당하다고 판단된다.

○ 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 법인세법 제41조 【가산세】제1항에서 『납세지 관할세무서장은 제38조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.(이하생략)』고 규정하고, 그 제2호에서『법 제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액(제22조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다)의 100분의 10에 상당하는 금액(이하생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제113조의2【가산세의 적용례】에서 『법 제41조 제1항 제2호의 적용에 있어서 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준금액으로 한다.』고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙 제58조【가산세의 적용례】제5항에서 『각 사업년도의 소득금액계산상 익금에 산입한 금액에 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우에는 법 제41조 제1항 제2호의 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.』고 규정하고 있다 이 건은 청구법인이 장부가액 896,800,000원의 공기구 등을 특수관계자인 ○○(주)에 ’95사업년도에 양도하고도 장부에는 ’97사업년도에 838,880,000원에 양도한 것으로 기장하였으므로 처분청에서는 이를 특수관계자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 것으로 보아 ’95사업년도는 공기구 매출누락 896,800,000원을 익금에 산입하고 같은 금액을 손금에 산입하는 한편, ’97사업년도는 공기구매출원가로 계상한 896,800,000원을 익금에 산입하고, 공기구 매출액으로 계상한 838,880,000원을 손금에 산입하였는 바, 위 공기구 매출과 관련한 청구법인의 회계처리에 의하여 ’97사업년도에 세무계산상 57,920,000원이 과소신고되었다. 처분청은 청구법인의 ’97사업년도 법인세 과소신고가산세 계산시 신고서에 기재된 과세표준에서 공제되는 자동추인액에 위 공기구에 대한 전기감가상각부인액 414,859,226원, 산업재산권등 감가상각비 460,653원과, 청구법인이 익금에 잘못 산입한 공기구매출액 838,880,000원을 합한 1,254,199,879원을 공제한 것은 정당하다고 주장하고 있으나, 과소신고가산세 계산시 신고서에 기재된 과세표준에서 공제되는 자동추인액이라 함은 직전 사업연도 이전에 익금산입 또는 손금불산입된 것으로서 당해 사업연도에 자동적으로 익금불산입 또는 손금산입되는 금액을 말하는 것으로서 이 건의 경우와 같이 ’97사업연도의 익금으로 잘못 신고함에 따라 처분청의 경정에 의하여 동 금액을 ’97사업년도에 손금산입하는 경우는 자동추인액 대상이 아니다. 한편, 처분청은 동 공기구 매출액 838,880,000원은 과대익금가산액으로서 역시 자동추인액과 같이 신고서에 기재된 과세표준에서 공제되어야 한다고 주장하나, 법인세법시행령 제113조의2에서 『법 제41조 제1항 제2호의 과소신고 가산세를 적용함에 있어서 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준금액으로 한다』고 규정하고 있는 취지는 이월결손금ㆍ비과세소득 등과 같이 당연히 공제하여야 할 금액을 고의로 공제하지 아니하거나 가공수익을 계상함으로써 법인세 경정시 과소신고가산세를 줄이려는 조작을 방지하기 위한 것으로 볼 수 있는 바, 법인세법 제41조 제1항 제2호 의 규정을 적용함에 있어 과소신고금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 익금에 산입한 금액에서 그 익금과 직접 대응하는 손금을 공제하는 금액으로 하는 것이므로(같은 취지: 법인세법 시행규칙 제58조, 법인 46012-119, ’96.1.15.)청구법인이 ’97사업연도에 잘못 익금산입한 공기구 매출액에 대응하는 공기구 매출원가로 896,800,000원을 동시에 신고하였으므로 결국 이로 인하여 과대익금가산액도 없는 것으로 인정되므로 처분청이 가산세 부과를 위한 정미신고소득금액 계산시 838,880,000원을 공제한 것은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.