쟁점매입액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 관련매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 목공사 건설업을 영위하는 영리법인으로, 처분청에서 청구법인이 1996년 사업연도 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 ○○(주)(이하 “청구외 법인”이라 한다)로부터 실물거래없이 공급가액 45,052,200원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)의 세금계산서만을 수취하여 매입세액으로 공제하였고, 또한 결산시에 이를 원가로 계상한 사실을 적출하여 쟁점매입액을 손금불산입 및 쟁점매입액의 매입세액을 불공제하여 청구법인에 1998.12.15. 1996년 사업연도 법인세 12,852,870원, 1996년 1기 부가가치세 4,674,280원, 1996년 2기 부가가치세 1,182,480원을 고지 결정하였으며, 쟁점매입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 청구법인의 대표자에게 상여 처분하여 소득금액변동 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.3.12. 이의신청을 거쳐 1999.7.31. 심사청구하였다.

청구법인은 1996년도 중 의장설비공사에 필요한 목재 중 일부를 청구외 ○○목재를 통하여 청구외법인으로부터 구입하였으며, 세금계산서도 청구외법인으로부터 수취하였고 대금은 청구법인이 어음 및 당좌거래를 하지 아니하여 현금으로 청구외 ○○목재에 지급하였음에도 처분청에서 쟁점매입액을 가공거래로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고, 쟁점매입액를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분과 쟁점매입액에 부가가치세를 합산한 금액을 청구법인의 대표자에게 상여 처분한 것은 부당하다.

청구법인이 청구외법인으로부터 1996년도 중에 수취한 세금계산서는 실물거래없이 세금계산서만 수취한 것이며, 쟁점매입액에 대한 대금 지급을 청구외 ○○목재에 지급하였다고 주장하나 이와 관련된 어떠한 증빙의 제시가 없고, 쟁점매입액이 가공거래라는 확인서를 작성한 사실이 있으며, 정상적으로 물건을 매매하고 이에 대한 세금계산서를 교부하면서 매매대금의 결재는 제3자끼리 하였다는 것은 있을 수 없는 점 등으로 보아 쟁점매입액을 손금불산입하고 관련매입세액을 불공제하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제9조 【각 사업년도의 소득】 제1항에 의하면 “내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제3항에서는 “제1항에서 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.”라고 규정하였으며,

○ 같은법 시행령 제12조 【수익과 손비의 정의】 제2항에서는 “법 제9조 제3항에서 손비라 함은 법 및 이 령에 의하여 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액.

2. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용. 3.~16(생략).”이라고 규정하고 있다.

○ 같은법 제32조 【결정과 경정】 제5항에서는 “법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.”고 규정하고,

○ 같은법 시행령 제94조의2【소득처분】 제1항에서 “법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타 사외 유출로 처분한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”고 규정하고, 나목에서 “귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다.”고 열거하고 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하면서, 제1의2호에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액”을 열거하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 의장설비공사에 필요한 목재 중 일부를 청구외 ○○목재를 통하여 청구외법인으로부터 구입하였으며, 세금계산서도 청구외법인으로부터 수취하였고 대금은 청구법인이 어음 및 당좌거래를 하지 아니하여 현금으로 청구외 ○○목재에 지급하였으므로, 쟁점매입액을 손금불산입하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 취소함이 타당하며, 쟁점매입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 청구법인의 대표자에게 상여 처분함은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인이 1996년도에 청구외법인으로부터 수취한 세금계산서(8매, 공급가액 45,052,200원)는 실물거래없이 세금계산서만 수취한 것이며, 쟁점매입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액은 대표이사 개인 용도로 지출하였다고 청구법인의 대표이사인 청구외 김○○가 1998.12.9. 작성한 확인서에 의하여 알 수 있으므로 청구 주장은 사실과 다르다 할 것이다. 또한, 세금계산서는 실물거래에 수반되어야 하는바, 실제 물품을 공급한 자가 따로 있다면 그와 거래사실이 있음을 증명하여야 하는데, 청구법인은 쟁점매입액에 상당하는 원자재(목재)를 실지 구입하였다고 주장하나, 실지 매입한 원자재 종류 및 실지 구입처에 대한 증거자료와 대금 지급관계를 입증할 수 있는 금융자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 청구주장을 받아들일 수 없으므로, 처분청에서 쟁점매입액을 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하여 법인세 및 부가가치세를 과세하고 쟁점매입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 청구법인의 대표자에게 상여 처분한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.