토지의 양도시 경락대금을 양도가액으로 하여 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 보호관찰등에관한법률에 의하여 설립된 비영리내국법인으로서 국고보조금 및 기금 운용수입 등으로 갱생보호사업을 수행하고 있는데, 당초 국유지이던 ○○도 ○○시

○○구 ○○동 ○○번지 외 5필지 전 9,194㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 1956.2.4. 불하받아 농지법에 의거 청구외 박○○, 차○○, 윤○○ 등의 명의로 등기하여 보유하던 중 ○○지소장이던 청구외 윤○○가 이 사건 토지를 담보로 금융기관에서 대출받고 도주하여 이 사건 토지가 임의경매되었던바, 1997.3.21. 경락대금 701,160,000원 중 228,042,033원을 배당금으로 수령한 후 수령한 228,042,033원을 이 사건 토지의 양도가액으로 하여 특별부가세 신고납부를 하였는데(법인세 각사업연도소득으로는 신고않음),

○○지방국세청장은 처분청에 대한 감사시 이 사건 토지의 양도가액은 경락대금인 701,160,000원이라며 청구법인의 법인세 및 특별부가세 과소신고납부 사실을 지적하였고, 처분청은 이에 의하여 1999.5.10. 청구법인에게 1997 사업연도 법인세 283,104,770원(특별부가세 71,640,880원 포함)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.7.29. 심사청구하였다.

청구법인이 수령한 배당금 228,042,033원에 의하여 특별부가세를 신고납부하였음에도 불구하고 총 경락대금에 의하여 283,104,770원의 세액을 과세한다는 것은 영리를 목적으로 하는 법인이라 하더라도 조세형평상 과다한 것이고, 청구법인의 세액납부 재원은 국고보조금으로서 이를 법무부에 신청하여 국세청에 납부하여야 하므로 국세행정의 불합리 등을 파악하지 못하고 과세한 부당한 처분이며, 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 토지에 대하여 법인세 등을 면제한다 함은 불필요한 부동산 또는 투기목적의 부동산을 취득ㆍ보유하지 말아야 한다는 취지일 뿐인바, 청구법인의 경우 갱생보호사업이라는 고유목적사업에 직접 사용키 위하여 취득ㆍ관리하여 오다가 청구법인의 의지와는 무관하게 양도된 부동산이고, 수령 배당금을 갱생보호사업 고유목적에 직접 사용하기 위하여 기금으로 예치하여 관리하고 있음에도, 과세에만 목적을 두고 이 건 과세함은 부당하다.

비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 고정자산(당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 제외)의 처분으로 인한 수입에 대하여 법인세 납세의무가 있는바, 이 사건 토지는 청구법인이 이를 취득한 후인 1966.6.23.부터 경락배당금 수령일인 1997.3.21.까지 청구외 이○○이 ○○요업공장으로 점유 사용하던 부동산으로서 고유목적사업에 직접 사용하지 않았음을 알 수 있으므로, 이 사건 토지의 양도에 대하여 경락대금을 양도가액으로 하여 법인세를 과세하고, 이 사건 토지의 양도차익 중 신고누락된 금액인 284,650,274원에 대하여 특별부가세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 사건 토지의 양도에 대하여 경락대금을 양도가액으로 하여 법인세와 특별부가세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제1조 【납세의무】 제1항은『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.』라고 규정하고, 제6호에서『고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입』을 열거하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제2조【수익사업의 범위】 제2항은『법 제1조 제1항 제6에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 고정자산을 말한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제9조【각 사업연도의 소득】 제1항은『내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.』라고 규정하고, 제2항은『제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제59조의 2【과세표준】 제1항은『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분한 경우에는 그 처분으로 인한 수입은 법인세 납부의무가 없는 것이나, 그에 해당하지 않는 고정자산의 처분으로 인한 수입은 법인세를 납부할 의무가 있는 것으로서, 이 건 청구의 쟁점은, 국고보조금 및 기금 운용수입 등으로 갱생보호사업을 수행하고 있는 청구법인이, 고유목적사업에 직접 사용키 위하여 이 사건 토지를 취득ㆍ관리하여 오다가 청구법인의 의지와는 무관하게 양도되었고 양도대금 중 일부만을 지급받았을 경우에도 법인세 납부의무가 있는지와, 납부의무가 있다면 이 사건 토지의 경락대금과 수령 배당금 중 어느 것을 양도가액으로 보아야 하는지에 있다 할 것이므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 먼저, 이 사건 토지의 양도에 대하여 법인세 납부의무가 있는지를 보면, 이 사건 토지는 청구법인이 취득한 후 1966.6.23.부터 경락배당금 수령일인 1997.3.21.까지 청구외 이○○이 ○○요업공장으로 사용하던 부동산임을 청구법인이 “○○지부 ○○동 토지 소유권 확인 등 소송관계”란 제목하에 작성한 문서에서 알 수 있고 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없어, 이 사건 토지의 양도는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분한 경우에 해당하지 않는다고 할 것인바, 비록 청구법인이 국고보조금으로 갱생보호사업을 수행하는 공공법인이라 하더라도 그 사유만으로는 이 사건 토지의 양도에 대하여 법인세를 면제할 수는 없는 것이므로, 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(3) 다음으로, 이 사건 토지의 경락대금과 수령 배당금 중 어느 것을 양도가액으로 보아야 하는지를 보면, 이 사건 토지의 경락대금은 701,160,000원으로서, 경락대금 중 청구법인이 수령한 배당금은 228,042,033원에 불과하나, 1995.4.27. 청구법인은 청구외 윤○○가 이 사건 토지를 담보로 금융기관에서 대출받은 사실을 발견하여, 1995.8.4. 청구외 윤○○ 소유 부동산에 가압류신청 소송을 ○○지방법원에 제기하였고, 1996.5.10. 청구외 윤○○는 청구법인에게 350,000,000원을 지급하라는 내용의 판결을 받아낸 점으로 보아, 경락대금 중 청구법인이 수령하지 못한 나머지 금액 473,117,967원은 미수금 등의 채권으로 계상하여 추후 회수하여야 할 금액일 뿐 이 사건 토지의 양도가액은 경락대금인 701,160,000원이라고 할 것인바, 이 사건 토지의 양도를 법인세 과세대상으로 보아 경락대금을 양도가액으로 하여 법인세와 특별부가세를 과세한 처분청의 당초 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.