결손금의 소급공제액에 경정전 조사결과통지로 추가되는 과세표준금액의 포함 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 타일, 위생도기 등을 도ㆍ소매하는 법인으로서, ’98사업연도 법인세과세표준 및 세액신고하면서 소급공제받을 결손금액을 290,947,337원 (이하, “소급공제신청금액” 이라 한다) 으로 하여 소급공제법인세액환급신청하였다. 처분청은 ’98사업연도 법인세과세표준 및 세액신고납부기한인 1999. 6. 11 현재 ’97사업연도 법인세과세표준은 140,252,809원뿐이므로 이를 초과하는 150,694,528원 (이하, “쟁점금액” 이라 한다) 을 소급공제에서 제외하여 ’97사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 법인세 55,940,940원을 1999. 7. 2 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여, 1999. 7. 30 심사청구하였다.

법인세 등 결정전조사결과통지를 받아 ’97사업연도의 법인세과세표준이 증가됨을 알고 난 후에, 그 증가된 과세표준의 범위로 결손금소급공제신청함은 법인세법시행령 제110조 제6항 및 1999년도 법인세신고안내책자 396쪽사례3과 같이 정당함에도, 처분청에서 ’98사업연도 법인세과세표준 및 세액신고기한의 변경일 현재, ’97사업연도분 법인세과세표준과 세액이 경정되기 전이라는 이유로, 증가되지 아니한 당초 신고분 과세표준을 한도로 하여 쟁점금액을 제외한 금액으로 과소 소급공제ㆍ환급함은 부당하다.

법인세법 제60조 의 규정에 의한 법인세과세표준과 세액 신고기한 현재 부과되지 아니한 직전사업연도의 법인세액은 같은법 제72조의 규정에 의한 결손금소급공제환급신청대상세액에 포함되지 아니하므로, (같은뜻: 법인 46012-1255호, ’98. 5. 14) ’98사업연도 법인세과세표준과 세액신고기한인 1999. 6. 11 현재의 ’97사업연도 법인세과세표준을 한도로 하여 결손금소급공제ㆍ환급한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 결손금 소급공제 환급세액 계산시,결손금 소급공제액에 경정되기 전의 결정전조사결과 통지받아 추가되는 과세표준금액을 포함하는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 결손금 소급공제에 의한 환급에 관하여, 법인세법 (’97. 12. 13 법률 제5418호 개정분, 이하 같다) 제38조의 2 제1항에서『대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액 (대통령령이 정하는 법인세액을 말한다) 을 한도로 “대통령이 정하는 바에 따라 계산한 금액” 을 환급신청할 수 있다. (이하 생략)』라고 규정하고 있고, “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액” 에 대하여, 같은법 시행령(’97. 12. 31 대통령령 제15564호 개정분, 이하 같다) 제100조의 2【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】제2항에서『법 제38조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액” 이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 감면세액을 차감하기 전의 직전 사업연도 법인세액

2. 다음의 산식에 의하여 계산한 금액에 법인세율을 적용하여 계산한 금액 〔과세표준금액〕-〔법 제9조 제4항에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 결손금액(과세표준금액한도)〕』 으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 주요일정과 쟁점관련 신고내역을 결정전조사결과통지서와 소급공제법인세액환급신청서 및 납세고지서 등으로 살펴보면,

① 처분청이 청구법인에게 ’97사업연도분 법인세 결정전조사결과통지를 한 날은 1999. 6. 2이고,

② 청구법인은 ’98사업연도분 법인세 과세표준 및 세액 신고납부기한의 변경일인 1999. 6. 11에 위 ①로 통지받은 내용에 따라 추가되는 ’97사업연도분 법인세 과세표준 증액분을 포함한 297,764,625원 중 ’98사업연도에 발생한 결손금 290,947,337원 전액에 대하여 소급공제법인세액환급신청을 하였으며,

③ 처분청은 1999. 7. 2, 청구인에 대한 ’97사업연도 법인세과세표준 및 세액을 경정하면서, 청구법인에서 위 ①의 결정전조사결과통지를 받기 전의 당초 신고한 법인세과세표준 140,252,809원만 소급공제법인세환급결정ㆍ차감하여, 법인세 55,940,940원 고지하였음을 알 수 있다.

(2) 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 계산함에 있어서, 당해 환급세액의 기초가 되는 직전사업연도 법인세액과 과세표준금액은 당해사업연도 법인세과세표준과 세액의 신고기한 종료일 현재의 금액을 한도로 하는 것 (같은뜻: 법인46012-1255호, ’98. 5. 14) 으로서, 당해사업연도 법인세과세표준과 세액의 신고기한 종료일 현재 부과되지 아니한 직전사업연도의 법인세액과 과세표준금액은 결손금 소급공제에 의한 환급대상이 아니라고 할 것이다.

(3) 청구주장에서 근거로 내세운『 법인세법시행령 제110조 제6항 과 1999년도 법인세신고안내책자 396쪽사례3』을 각각 나누어서 살펴보면,

① 청구주장의 근거로 내세운 법인세법시행령 제110조 제6항 은 1998. 12. 31 대통령령 제15970호로 전면개정되어 1999. 1. 1부터 시행된 법령으로서, 1998. 1. 1~12. 31사업연도분인 쟁점금액과는 관련성이 없음을 알 수 있고,

② 1999년도 법인세신고안내책자 396쪽사례3은 결손금소급공제에 의한 법인세신고 후 직전사업연도 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우로서, 당해사업연도 법인세과세표준 및 세액의 신고기한 현재의 직전사업연도 법인세과세표준금액을 초과하여 결손금소급공제신청한 경우에 해당하는 쟁점금액과는 관련성이 없음을 알 수 있다.

(4) 그렇다면, 연장승인받은 ’98사업연도 법인세과세표준 및 세액신고납부기한 1999. 6. 11 현재, 청구법인의 ’97사업연도 법인세과세표준은 140,252,809원임에 따라 ’98사업연도 결손금소급공제신청한 290,947,337원에서 쟁점금액을 제외한 금액으로 소급공제환급하여 ’97사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정ㆍ고지한 당초의 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.