미처분이익잉여금의 세액공제에 대한 당부

○○세무서장이 1999. 7.10 청구법인에게 결정고지한 1994사업연도 법인세 301,429,570원은 취소합니다.

청구법인은 1994.1.1~1994.12.31사업연도(이하 “1994사업연도”라 한다) 법인세 과세표준 및 세액을 신고납부함에 있어 임시투자세액공제액 81,292,260원과 중소기업투자세액공제액 114,238,080원을 세무조정하여 법인세를 신고납부하였다.

○○세무서장은 청구법인이 1997.1.1~1997.12.31사업연도(이하 “1997사업연도”라 한다) 결산 확정시 미처분 이익잉여금이 충분히 있는데도 세무조정으로 적립하여야 할 기업합리화적립금 195,530,340원을 적립하지 아니한 것은 조세감면규제법제123조(감면세액의 추징)의 규정에 위배된다는 이유로 적립하여야 할 금액에 상당하는 공제감면세액 195,530,340원(이하 “쟁점공제감면세액”이라 한다)의 세액공제를 부인하고 이자상당액 84,273,575원을 가산하여 1999.7.10 청구법인에게 1994사업연도 법인세 301,429,,570원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 7.23 심사청구하였다.

기업합리화적립금의 적립은 공제ㆍ감면받은 세액상당액을 기업내에 유보시켜 법정용도에만 사용하도록 함으로써 자본의 충실을 기하는데 있는 것으로 공제감면의 사전요건이 아닌 사후요건이라고 할 것인 바, 1997사업연도 결산을 확정한 1998.3.15 쟁점공제감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였으나 이익잉여금을 사외유출한 바 없고, 과세처분이 있기 전인 1999.7.5 임시주주총회를 개최하여 이를 추가로 적립하고 1999.7.6 수정신고를 하였으며, 기업합리화적립금을 당해 사업연도 결산시 적립하지 아니하였다는 사유로 공제감면세액을 추징하는 것은 부당하다.

청구법인은 1997사업연도 결산 확정시 쟁점공제감면세액에 상당하는 미처분이익잉여금이 있었는데도 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였으므로 세액공제를 적용하지 아니하여 법인세를 경정고지한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 기업합리화적립금으로 적립할 금액을 결산시 적립하지 아니하고 이후 임시주주총회를 개최하여 적립하고 수정신고한 경우 감면세액을 추징한 처분이 정당한지 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세감면규제법 제123조【기업합리화적립금의 적립】제1항에서 『제5조(중소기업투자세액공제)ㆍ제27조(임시투자세액공제) 의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.』고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정하고 있다.

○ 같은법시행령 제108조【기업합리화적립금의 적립 등】 제1항에서 『법 제123조제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조제1항 의 결산확정일을 말한다)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 ’94, ’95, ’96사업년도 결손금 발생으로 인하여 기업합리화적립금을 적립하지 못하였으나 ’97사업년도 자산재평가를 실시하여 결손금을 충당함으로써 처분이익이 발생하였으나 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없으며 청구인은 1998.3.15 정기주주총회에서 1997사업년도 결산 대차대조표, 손익계산서 및 이익잉여금 처분(안)에 대하여 확정하였는 바, 이익잉여금 처분(안)에 의하면 946,463,286원의 이익이 발생하였으나 ’97사업년도 임시 투자세액공제 관련 기업합리화적립금 54,531,813원을 적립하고, ‘94사업년도 이월분 기업합리화적립금 195,530,340원을 적립하지 아니하고, 차기이월이익 잉여금으로 891,931,473원을 계상하였으며, 법인세 신고시 임시투자세액공제액 등 68,165,614원을 세무조정하여 법인세를 신고납부한 사실이 확인되고, 1998.3.15 정기주주총회에서 확정한 1997사업연도 이익잉여금처분(안)에 의하면 이익잉여금에서 기업합리화적립금 54,531,813원을 적립하였을 뿐 배당 등 사외유출한 금액은 없는 것으로 확인된다. 청구법인의 1999.7.5 임시주주총회 의사록에 의하면 당기순이익 946,463,286원에서 기업합리화적립금 추가 적립할 금액 195,530,340원과 기적립한 54,531,813원 합계 250,062,153원을 적립하기로 의결하고 696,401,133원은 차기이월이익잉여금으로 1997사업연도의 이익잉여금처분계산서를 수정한 사실이 확인된다. 청구법인은 1994사업연도 법인세 신고시 세액공제를 받고 공제세액 상당액을 최초 처분가능이익이 발생한 1997사업연도 법인 결산시까지 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였으나 이익잉여금을 사외유출한 바 없고, 과세처분이 있기 전에 임시주주총회를 개최하여 기업합리화적립금을 적립하였으므로 감면세액을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 조세감면규제법 제123조 및 같은법시행령 제108조에서 세액공제나 세액감면(소득공제의 경우에는 그 공제받은 금액에 대한 법인세 상당액)받은 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 한 것은 동 세액공제에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 기업합리화적립금으로 적립하였다가 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해 기업의 재무구조를 개선하고 견실화하기 위한 것(같은 뜻: 98중1059, 1998.10.20 외 다수)이며, 기업합리화적립금의 적립은 감면이나 소득공제 등의 사전요건이 아니라 사후요건이라 할 것(같은 뜻: 대법원 85누190, 1985.9.10외 다수)인 바, 청구법인은 1994사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제 및 중소기업투자세액공제 등의 세무조정으로 적립하여야 할 기업합리화적립금을 1997사업연도 법인 결산일인 1998.3.15까지 적립하지 아니하였으나 과세처분이 있기 전인 1999.7.5 임시주주총회를 개최하여 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하였으며, 1997사업연도 이익잉여금처분계산서에 이월이익잉여금으로 891,931,473원이 계상되어 있으나 기업합리화적립금을 추가로 적립할 때까지 사외에 유출시킨 바 없음이 확인되므로 처분이익잉여금을 사외유출한 바 없고 과세처분이 있기 전에 임시주주총회를 거쳐 기업합리화적립금을 적립한 이건 ‘97사업년도 결산시 단지 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다는 사유로 조세감면을 배제하여 법인세를 경정한 당초처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 청구주장은 이유있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.