특별부가세 감면비율 적정여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 토목공사업 등을 영위하고 있는 법인으로서, 1996~1997 사업연도 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 9필지 잡종지 411,894㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 토지수용법에 의하여 사업시행자인 청구외 ○○공단에 양도(수용)하고, 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 법인세 과세표준 및 세액 신고하였는데, 감사원장은 ○○지방국세청에 감사시 쟁점토지의 양도는 특별부가세의 100분의 30(채권보상분의 경우에는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면하여야 한다고 지적하였고, ○○지방국세청장은 동 지적내용에 의한 결정결의서를 작성하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 의하여 1999.4.15. 청구법인에게 1996 사업년도 법인세 890,135,370원, 1997 사업연도 법인세 32,647,470원, 합계 922,782,840원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.7.12. 심사청구하였다.

쟁점토지를 1999.5.2. 취득하여 본래의 사업을 수행코자 하였으나 1992.6.16. 쟁점토지 등 인접지역 일대가 수도권신공항건설 예정지로 지정고시되어 그 목적에 사용하지 못하고 토지수용법 절차에 의하여 사업시행자인 청구외 ○○공단에 양도(수용)하였는바, 수도권신공항건설 예정지역 및 기본계획 고시일인 1992.6.16.이 사업인정고시일이므로, 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면하여 과세함은 부당하다.

1992.6.16. 수도권신공항건설 예정지역 및 기본계획 고시시에는 쟁점토지의 세목과 권리의 명세가 기록되지 않았는바, 쟁점토지의 세목과 권리의 명세가 기록된 수도권신공항 부지조성 사업계획(4차)의 승인고시일인 1996.1.16.을 사입인정고시일로 보아야 하므로, 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액(채권보상분의 경우에는 100분의 45)을 감면하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세의 100분의 30(채권보상분의 경우에는 100분의 45)을 감면하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제32조 【결정과 경정】 제1항은『납세지 관할세무서장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 제1호는『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』를 열거하고 있다.

○ 구 조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정된 것을 말한다) 제63조【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항은『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)』라고 규정하고, 제3호는『토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』을 열거하고 있고, 동 부칙 제1조【시행일】은 『이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략)』라고 규정하고, 제3조【양도소득세 등에 관한 적용례】는『이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다』하고 규정하고 있다.

○ 1993.12.31. 법률 제4666호로 제정된 같은 법 부칙 제16조【양도소득세 등에 관한 경과조치】 제3항은『1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.』라고 규정하고 있다.

○ 수도권신공항건설촉진법 제10조 【토지등의 수용】 제2항은『실시계획의 승인ㆍ고시가 있는 때에는 토지수용법 제14조 및 동법 제16조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결의 신청은 토지수용법 제17조 및 동법 제25조 제2항의 규정에 불구하고 실시계획에서 정하는 사업의 시행기간내에 할 수 있다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 쟁점토지를 토지수용법에 의하여 1996~1997 사업연도중에 수도권신공항 부지조성 사업시행자인 청구외 ○○공단에 양도(수용)하고, 쟁점토지 중 1996년 양도분의 양도가액 22,412,557,000원은 전액 현금으로, 1997년 양도분의 양도가액 1,379,877,490원 중 529,300,000원은 채권으로, 850,577,490원은 현금으로 보상받았음에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 법인세 과세표준 및 세액 신고하였으나, 감사원장은 ○○지방국세청에 대한 정기감사시 쟁점토지의 양도는 특별부가세의 100분의 30(1997 사업년도중 채권으로 지급받은 529,300,000원에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면하여야 한다고 지적하였고, ○○지방국세청장은 동 지적내용에 의한 결정결의서를 작성하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 의하여 1999.4.15. 청구법인에게 1996 사업연도 법인세 890,135,370원, 1997 사업연도 법인세 32,647,470원, 합계 922,782,840원을 결정고지하였음이 신고서, 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (다) 교통부장관은 1992.6.16. 교통부 고시 제0000-00호로 수도권신공항건설 예정지역 및 기본계획 고시하였고, 건설교통부장관은 1996.1.16. 건설교통부 고시 제0000-00호로 수도권신공항 부지조성 사업계획(4차) 승인고시 하였음이 동 고시에서 확인된다.

(2) 판단 이 건 청구의 다툼은 쟁점토지의 사업인정고시일이 1992.6.16.인지 1996.1.16.인지를 가리는 데 있다고 할 것으로서, 쟁점토지의 사업인정고시일을 1992.6.16.으로 보아 전시 1993.12.31. 법률 제4666호로 제정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 “1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등의 양도”에 해당하는 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 특별부가세를 면제하여야 할 것이나, 쟁점토지의 사업인정고시일이 1996.1.16.일 경우에는 1995.12.29. 법률 제5038호로 개정된 구 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 30(채권으로 지급받은 529,300,000원에 대하여는 100분의 45) 상당액을 감면하여야 하는 것인바, 당심에서 수도권신공항건설 주관부서인 건설교통부 신공항계획과(00-000-0000)에 전화로 문의하여 확인한바, 청구법인이 근거로 한 1992.6.16. 교통부 고시 제1992-16호 수도권신공항건설 예정지역 및 기본계획 고시는 단순히 예정지역 및 기본계획의 고시에 불과하여 사업인정고시일에 해당하지 아니한다고 하고, 부지조성 사업계획(4차) 승인고시일인 1996.1.16.이 실시계획승인고시일이라고 하며, 수도권신공항건설 촉진법 제10조 제2항 에서 실시계획의 승인ㆍ고시가 있는 때에는 토지수용법 제14조 및 동법 제16조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 처분청에서 쟁점토지의 실시계획승인고시일인 1999.1.16.을 사업인정고시일로 보아 특별부가세의 100분의 30(채권으로 지급받은 529,300,000원에 대하여는 100분의 45) 상당액만을 감면하여 과세한 당초 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.