비영리법인이 법정신고기한을 경과한 후 신고한 이자소득의 과세 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 없으므로 기각합니다.

청구법인은 비영리내국법인으로서 98사업년도에 발생한 이자소득금액 1,443,188,446원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다.)을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 320,238,280원을 환급하도록 99. 4. 7. 외부조정계산서를 첨부한 법인세 과세표준 및 세액 신고서를 제출한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 98사업년도 법인세 과세표준의 법정신고기한인 99. 3. 31.이 경과하여 법인세 과세표준 및 세액 신고서를 접수하였으므로 쟁점이자소득에 대하여 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 99. 4. 23. 환급을 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99. 6. 22. 심사청구하였다.

청구법인은 90사업년도부터 97사업년도까지 매년 제장부를 비치 기장하여 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 이자소득에 대한 원천납부세액을 법인세 과세표준의 신고를 통하여 환급받아온 법인인데도 단지 법인의 사정에 따라 법인세 과세표준의 신고가 지연되었다는 사실만으로 원천징수방법에 의하여 과세가 종결된 것으로 보아 환급을 거부한 처분은 부당하다.

청구법인이 98사업년도의 법인세 과세표준 및 세액 신고서를 법정신고기한이 경과하여 제출한 것은 법인세법상 적법한 신고가 아니므로 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 환급을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리내국법인이 이자소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액 신고서를 법정 신고기한이 경과하여 제출한 경우 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 분리과세로 종결할 것인지 아니면 신고 시인으로 이자소득에 대한 원천 납부세액을 환급할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 법인세법 제26조 【과세표준의 신고】 제1항에서는『납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』고 규정하고,

○ 같은법 제27조【비영리내국법인의 과세표준 신고】 제1항에서는『비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』고 규정하고 있으며, 제2항에서『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 한국원자력안전기술원법(법률 제4195호)에 의거 원자력의 생산 및 이용에 따른 방사선 재해로부터 국민을 보호하고 환경보전에 이바지 하기 위한 목적으로 90. 2. 14. 설립된 정부출연 연구기관인 비영리법인으로서 정부출연금ㆍ사업자비용부담금ㆍ기타 자체수입으로 운영되고 있는 청구법인은 98사업년도에 발생한 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액을 환급하도록 99. 4. 7. 외부조정계산서를 첨부한 법인세 과세표준 및 세액 신고서를 제출하였으나, 처분청은 법정신고기한이 경과하여 법인세 과세표준 및 세액 신고서가 접수되었으므로 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 99. 4. 23. 환급 거부통지를 하였음이 법인세 과세표준 및 세액 신고서(접수번호: 0000호)와 처분청의 법인세 과세표준 및 세액 신고에 대한 통보 공문(법인00000-000)에 의하여 확인된다. 관련 법령에 의하면 납세의무가 있는 내국법인은 신고기한 이내에 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하도록 되어 있으나 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 않을 수 있으며 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득금액에 대하여는 각사업년도의 소득금액 계산시 이를 포함하지 아니하고 원천징수방법에 의하여 과세하도록 규정되어 있는바, 법인세법상 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우 납세자에게 법인세 과세표준의 신고 여부에 대하여 선택적인 권리를 부여하고 있으므로 만일 신고기한 이내에 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 고유목적사업 준비금도 설정할 수 없을 뿐만 아니라 수정신고 또는 경정청구에 의하여 과세방법을 변경할 수도 없다 할 것(같은 뜻 ; 국심97서816 97.7.7, 법인세법 기본통칙4-1-15…27, 법인46012-638 98.3.14, -136 98.1.16.외)이다. 이건의 경우 청구법인은 법인세 과세표준 및 세액의 법정신고기한이 경과한 후 쟁점이자소득에 대한 법인세 과세표준의 신고서를 제출하여 쟁점이자소득에 대한 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니한 경우에 해당된다 할 것이므로 원천징수방법에 의한 과세를 선택한 것으로 보아 분리과세 종결하고 환급거부 통지한 처분은 법령에 의하여 정당한 것(같은뜻: 법인46012-571 98.3.9,-3326 99.8.23.)으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.