국세부가 제척기간이 경과된 사채인수수수료에 대한 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구법인은 ’90~’92 사업년도에 회사채 발행시 회사채의 표시이자율과 시장이자율과의 차이에 상당하는 금액을 사채인수수수료 명목으로 지급하고 사채발행비로 계상하고 균등상각하여 결산조정한 후 이를 월할 재계산하여 산출한 금액과의 차이 ’93 ~’95사업년도 사채인수수수료 3,302,777,590원(이하 “쟁점사채인수수수료”이라 한다)을 각 사업년도 소득금액 계산시 추가손금으로 계상하고, 사채인수수수료를 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산한 금액을 손금불산입하여 ’99. 1.28. 법인세과세표준 수정신고 환급신청하였다. 청구법인이 추가로 손금산입한 사채인수수수료의 연도별 내역은 다음과 같다. (금액: 원) 사업년도 계 1993 1994 1995 사채인수수수료 3,302,777,590 1,298,588,889 1,929,958,319 74,230,382 처분청은 청구법인이 재계산한 쟁점 사채인수수수료를 각사업년도 소득금액 계산시 손금산입하여 수정신고 환급신청한 데 대하여 이를 인정하지 아니하고 국세부과제척기간이 경과되지 아니한 사채인수수수료만을 재계산하여 각 사업년도의 손금으로 산입하고 동 사채인수수수료를 지급이자로 보아 타법인주식등에 관련한 지급이자를 재계산하여 ’93사업년도 법인세 366,785,690원, ’94사업년도 법인세 714,573,690원 및 농어촌특별세 30,577,940원, ’96사업년도 법인세 102,557,870원 및 농어촌특별세 4,976,350원을 ’99.3.15. 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’99. 6.14. 심사청구하였다.

청구법인은 법인세과세표준 수정신고시 ’90~’92 사업년도에 발생한 사채인수수수료도 사채할인발행차금으로 보아 손금불산입되는 지급이자를 재계산하여 법인세를 수정신고납부 하여야 하나 국세부과제척기간 경과로 법인세과세표준 수정신고를 할 수 없었던 것으로 ’93~’95 사업년도 법인세과세표준 수정신고시 ’90~’92사업년도에 발생한 사채인수수수료중 ’93년 이후 사업년도로 이연처리하여 ’90~’92사업년도 소득금액 계산상 청구법인이 손금산입하지 못하였던 사채인수수수료를 손금산입하였는 바, 이를 처분청이 인정하지 아니한 것은 부당하다는 주장이다.

사채인수수수료는 사채할인발행차금으로 보아 손금불산입한 하여 법인세과세표준 수정신고를 하여야 하나 국세부과제척기간 경과로 법인세과세표준 수정신고나 법인세과세표준의 경정결정등 어떠한 처분도 할 수 없는 것인 바, 청구법인이 ’90~’92사업년도에 발생한 쟁점사채인수수수료를 ’93~’95사업년도에 손금산입하여 수정신고한 내용을 인정하지 아니하고 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 국세부과제척기간이 경과된 “사채인수수수료”에 대하여 손익귀속시기를 재계산하여 수정신고 환급신청한 것을 인정하지 아니하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】 제1항에서『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.』라고 규정하고, 같은항 제1호에『소득세ㆍ법인세ㆍ토지초과이득세ㆍ상속세ㆍ증여세ㆍ재평가세ㆍ부당이득세ㆍ부가가치세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간.(이하 “생략”)』이라 규정하고 있으며,

○ 법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】에서 『①내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다.

② ~③ (생략)

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업년도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』 라고 규정하고,

○ 같은법 시행령 제38조【이연자산의 평가】에서는 『①법 제17조 제4항의 규정에 의하여 취득가액을 계산하거나 기타 자산ㆍ부채 등을 평가함에 있어서 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다. 1.창업비 2.개업비 3.신주발행비 4.시험연구비 5.사채발행비 6.사채할인발행차금(’94.12.31.개정전의 것)

② 제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각한다.

법인설립일이 속하는 사업년도부터 5년 이내의 매사업년도에 균등액 이상을 상각하여야 한다.

개업일이 속하는 사업년도부터 3년 이내의 매사업년도에 균등액 이상을 상각하여야 한다.

신주발행일이 속하는 사업년도부터 3년 이내의 매사업년도에 균등액 이상을 상각하여야 한다.

시험연구비로 계상한 사업년도부터 5년 이내의 매사업년도에 균등액 이상을 상각하여야 한다.

사채발행일이 속하는 사업년도부터 3년 이내의 매사업년도에 균등액 이상을 상각하여야 한다. 다만, 사채상환기간이 3년 미만인 경우에는 당해 기간내에 균등액 이상을 상각하여야 한다.(’96.12.31.개정전의 것)

6. 사채할인발행차금(’94.12.31.개정전의 것) 사채발행기간내의 매사업년도에 균등액을 상각하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사채를 액면가액으로 발행함에 있어 표면금리가 시장금리에 미달하는 경우 발행법인이 사채총액을 액면가액으로 인수하는 주간회사에 지급하는 사채인수수수료중 표면금리와 시장금리와 차액을 보전하여 주기 위한 금액은 구 법인세법 시행령 제38조 제1항 제6호 의 사채할인발행차금에 해당하고(법인46012-3301, ’93.11.1), 동 사채할인발행차금의 상각액은 지급이자 손금불산입계산 대상 지급이자에 해당되는 것(법인22601-3304, ’88.11.5.외)으로서 처분청과 청구법인간에는 다툼이 없다.

(2) 법인세과세표준 확정신고서 및 수정신고서에 의하면 청구법인이 각사업년도에 상각하여 손금에 산입한 사채발행인수수수료에 대하여 아래 당초신고내용과 수정 신고내용에서 보는 바와 같이 ’90~’92사업년도중에 발생한 사채인수수수료에 대해 이연자산 상각비를 계산하여 ’93년 이후 사업년도의 손금으로 추가산입하는 경우에는 그 추가 손금산입한 금액만큼 중복계상하는 결과가 됨을 알 수 있다. 청구법인의 각사업년도 법인세과세표준에 대한 당초신고내용과 수정신고내용은 다음과 같다. 〔당초신고 내용〕 (단위: 원) 회사채발행 회사회사처리(’90~’94년 년간균등, ’95년 이후 월할계상) 년도 인 수 수수료 ’90~’92 ’93 ’94 ’95 ’96 ’97 ’98 ’99이후 ’90 5,645,000,000 5,645,000,000 ’91 33,044,726,500 22,899,484,334 10,145,242,167 ’92 13,384,000,000 9,304,400,000 2,039,800,000 2,309,800,000 ’93 14,394,200,000 6,806,733,733 3,793,733,333 3,793,733,333 ’94 8,122,100,000 2,842,033,333 2,640,033,333 2,640,033,333 ’95 15,799,000,000 3,859,833,194 5,468,906,389 3,566,464,583 2,654,595,833 249,200,000 ’96 16,964,600,000 5,844,781,944 7,069,477,778 3,413,658,333 636,681,944 ’97 23,745,690,000 13,380,309,444 8,290,383,333 2,074,997,222 참고 부과제척 기간 경과 〔수정신고 내용〕 (단위: 원) 회사채발행 세무상계산(’90~’94년 월할, ’95년 이후 일할계상) 년도 인 수 수수료 ’90~’92 ’93 ’94 ’95 ’96 ’97 ’98 ’99이후 ’90 5,645,000,000 5,239,444,444 405,555,556 ’91 33,044,726,500 19,739,466,291 10,145,242,167 3,160,018,042 ’92 13,384,000,000 7,675,333,333 3,439,316,667 2,039,800,000 229,550,000 ’93 14,394,200,000 6,300,250,000 3,800,400,000 3,793,733,333 499,816,667 ’94 8,122,100,000 1,605,306,944 2,825,200,000 2,640,033,333 1,051,559,722 ’95 15,799,000,000 3,519,346,910 5,592,307,171 3,603,114,684 2,833,647,766 250,583,470 ’96 16,964,600,000 5,411,970,103 7,305,925,092 3,557,445,720 682,259,084 ’97 23,745,690,000 12,375,417,108 8,950,132,715 2,420,140,176 참고 부과제척 기간 경과 청구법인은 법인세과세표준 수정신고 환급신청한 내역이 국세기본법 등에 위배되지 않음에도 불구하고 처분청은 ’92년 이전에 발생한 사채인수수수료의 연도별 상각금액에 대해 이를 재계산하여 손금이연한 금액을 국세부과제척기간이 경과되지 아니한 ’93~’95사업년도의 소득금액 계산상 손금산입한 내용을 인정하지 않고 ’93년 이후 사업년도에 발생한 사채인수수수료에 대한 상각금액만 선택적으로 수정하여 과세한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 국세부과제척기간은 국세징수권의 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 부과제척기간이 만료한 이후에는 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(또는 경정)도 할 수 없는 것으로서 국세부과제척기간이 경과한 이후에는 과대(소) 익금 또는 손금산입되었다 하더라도 각사업년도의 소득금액을 조정할 수 없다 할 것이고, 설사 국세부과제척기간이 경과되지 아니한 사채인수수수료가 있다면 그 사채인수수수료만을 재계산하여 손금산입 또는 손금불산입하면 되는 것인바, 이건의 경우 청구법인이 국세부과제척기간이 만료된 ’90~’92사업년도에 계상한 사채인수수수료까지 재계산하여 산출한 쟁점 사채인수수수료를 손금이연하여 ’93~’95사업년도의 손금으로 계상하고, 동 사채인수수수료를 타법인주식등 손금불산입되는 지급이자를 재계산하여 손금불산입하여 수정신고 환급신청함으로써 다음 사업년도의 법인세과세표준을 감액시킨 것은 국세부과제척기간의 법리를 오해한 것으로 처분청이 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 사채인수수수료만을 기초로 재계산하여 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 또한 ’90~’92사업년도에 손금산입한 쟁점사채인수수수료를 ’93이후 사업년도의 손금으로 계상한다면 그 추가로 손금산입한 금액만큼 중복계상하는 결과가 되므로 청구주장을 인정할 수 없다 하겠다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.